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文章 按物种拆分blast本地库

...omy id:708403)的分类数据时,发现第一种方法提取的序列全,知道什么情况。 方法二:使用blastdb_aliastool创建数据库别名 blastdb_aliastool -db nr -seqidlist Viruses_nr.acc -out Viruses -title "Viruses_nr" 三、用分库 简单的比对,省事...

问题 基因组数据该下那个呢

老师,您好!我在茄科数据库下烟草基因组数据,有chr和scf两种,我该下哪一个版本呢?

文章 大数据挖掘解决老年痴呆症百年难题

...书,但是最近神经领域权威杂志《Neuron》上的一篇大数据分析文章发现,其实老年痴呆很可能与病毒感染有关,这将完全颠覆我们的认知,同时这也突显了生物信息数据挖掘在生命医学中的重要性。下面我们来简单看看这篇文章...

文章 华为是如何绝地反击,强势崛起的?(2)

...机业务的掌门人。 用看待一般中国企业的眼光去看待和分析华为,要被打脸。媒体和网友以为余承东在吹牛,可诸位没意识到华为几十年来一直在高科技通讯行业PK各路高手,而且越战越勇,在通讯和网络设备市场成为了最强...

问题 请问mcscanX比对时,这种情况是运行结束了么?

...命令nohup  blastall -i Ssu_Sm.fa -d Ssu_Sm.fa -e 1e-10  -p blastp  -b 5 -v 5 -m 8 -o Ssu_Sm.blast& 输出了Ssu_Sm.blast文件,但是nohup.out输出文件为0,jobs查看命令显示[1]  + running    nohup blastall -i Ssu_Sm.fa -d Ssu_Sm.fa -e 1e-10 -p blastp -b 5 -v 5 -m 8 -o 我...

问题 IGV的bam文件如何获得

老师,您好,请问一下我想在windows版本的IGV中导入谷子的基因组,请问谷子的bam文件怎么获得呢? 谢谢老师!

问题 获取选择区域的基因

老师您好,在GWAS分析后是基于SNP附近10K获取相关的基因,那么选择清除分析需要吗?脚本里两个是有区别的。 #筛选候选区域基因 ################################################## cd  $workdir/05.select_sweep #以Fst top 5%的区域作为候选区域...

文章 gdc-client 下TCGA数据

...话,可以学习我们的TCGA相关课程。 《TCGA-基因差异表达分析》 《TCGA-生存分析》 《TCGA-转录因子调控》 《TCGA-ceRNA调控网络分析

问题 MEGAX 比对后的gaps删除

老师您好! 现在用MEGAX建树,在比对完成后能像以前版本的mega,直接手动选中要删除的位置。请问应该如何手动删除gaps?

问题 CNV拷贝数变异

老师您好,我在按照课程进行CNV拷贝数变异分析时,在CNV结果可视化这一步报了如下图错,plotrdbaf.py 的第 51 行,该行代码似乎试图对一个 'TObject' 对象进行迭代操作,但是 'TObject' 对象支持迭代,该怎么解决呢?

问题 泛基因家族成员鉴定

老师,在泛基因家族分析中,家族成员鉴定部分,得到了112个基因型的所有成员,并经NCBI等网站验证结构域后得到了可靠成员列表直接相加就可以吗,需要去冗余吗?cat *.WRKYgene.list > maize.WRKYgene.list

文章 使用Mfuzz进行转录组基因表达模式聚类分析

Mfuzz是用来进行同时间点转录组数据表达模式聚类分析的R包,使用起来非常方便,直接输入同样本归一化后的counts或者FPKM及TPM值就可进行聚类。输入文件的格式很简单: 输入数据: 行为基因,列为样本,保存为制表符...

文章 R markdown 常用设置

...R的大于号提示符开始, 用选项prompt=TRUE。 如果希望结果用井号保护, 使用选项comment=''。 3.tidy=TRUE可以自动重新排列代码段, 使得代码段格式更符合规范. 4.collapse=TRUE:一个代码块的代码、输出通常被分解为多个原样文本块中...

问题 到amazing super circos

我的TBtools版本显示的是v0.665,version显示的是最新,可是找到amazing super circos这一项,只有amazing simple circos

问题 eggnog_file_process.r好像就是将同一功能下同基因直接相加

...t;- unlist(strsplit(df$GID[i], ";"))   # 在cf表格的第一列中查找匹配的行索引   match_rows <- cf$X.ID %in% element_vector   match_data <- cf[match_rows, -1]   # 计算结果并转置为数据框   result <- as.data.frame(t(colSums(match_data)))   # 将结果与df...