文章 NCBI中SRA数据库简介

...以包含以下子内容：  (1)研究内容(study)。 在 SRA 数据库中， 研究课题的检索号(accession number)以前缀 DRP， ERP 或S R P 开头。   (2)样本信息(sample)。 样本的检索号以前缀 DRS， ERS 或 SRS开头。 样本信息可以包括物种信息、 菌株(...

文章 Biopython之序列输入

....to_dict()将 SeqRecord迭代器（或列表）转换为字典（在内存中）： from Bio import SeqIO record_dict = SeqIO.to_dict(SeqIO.parse("test.fa", "fasta")) print(record_dict["AT1G32510.1"]) # use any record ID ID: AT1G32510.1 Name: AT1G32510.1 Description: AT1G32510.1 cds chromosome:T...

文章 docker 镜像 中plink 出现报错 segmentation fault

解决办法：1.加大docker的内存：https://www.omicsclass.com/article/1413  2.可能由于编译plink软件的系统和运行软件的系统不同，也就是内核不同可能导致segmentation fault，  这种原因是系统原因的问题只能换个电脑试试；

文章 Hierarchical clustering主要聚类方法与R语言中聚类函数的应用

...短距离法（single linkage)— 最长距离法 （complete linkage)— 中间距离法 （median method)— 可变距离法 （flexible median)— 重心法 （centroid)— 类平均法 （average)— 可变类平均法 （flexible average)— Ward 最小方差法 （Ward's minimum variance) 在...

文章 KEGG数据库-pathway注释信息下载

前面我们介绍KEGG数据库下载中前两部分： 1. KEGG 中蛋白序列的下载 2. 蛋白对应的pathway 相关注释 有了这两部分，我们就可以对不同物种的氨基酸序列进行注释分析。如果要对蛋白在pathway上进行可视化标注，那就需要下载pathwa...

问题 基因家族分析的过程中对于蛋白结构有没有什么值得描述挖掘的信息呢？

老师： 您好！基因家族分析的过程中对于蛋白结构有没有什么值得写或值得分析的内容；RCSB（https://www.rcsb.org/）这个网站数据蛮全，能搜到相应的蛋白结构，但不知道有没有可以写的东西，有没有相应的参考文献呢？ 例如...

问题 WGCNA分析，前期数据载入Rstudio中出现“error reading from connection”，这该怎么解决？我看到官方网站就是这样的代码。

...据与模块数据进行联合分析来识别高度关联的模块的过程中，界面不小心关掉了，我想将前期保存的数据进行调进来进行分析。但是在第二部建立模块的数据调入过程中，总出现“error reading from connection”，这需要怎么解决？

问题 做基因家族分析中的染色体定位图，发现有基因定位在contig上，怎么办？

做基因家族分析中的染色体定位图，发现有一个基因定位在contig上，这种情况下怎么做mapchart前准备文件？直接不做这个基因的染色体定位图可以吗？

文章 stack的利用

Python中可以使用栈（stack）数据结构来分析数据。下面是一个使用栈来判断一个字符串中的括号是否匹配的例子： def is_matching_parentheses(string): stack = [] for char in string: if char == '(': stack.append(char) elif char ...

问题 请问老师植物叶绿体基因组数据GFF和CDS等怎么下载？

请问老师做叶绿体共线性分析可以用组学上基因家族分析上的物种间的共线性分析方法做吗？请问老师下面这个图的共线性分析用什么方法做的？

文章 【Linux】查看文件中的某几行（中间几行）

...行。 3、grep命令 grep -C 5 Error filename  # 显示file文件中匹配Error字符串那行以及上下5行 grep -B 5 Error filename  # 显示Error及前5行 grep -A 5 Error filename  # 显示Error及后5行

问题 无参转录组结果中为什么好多unigene下有多个CDS序列呢？

问题 请问，TCGA数据库中下载的数据如何区分癌组织和癌旁呢？

问题 如何从种类繁多的GO和KEGG富集条目中找到自己关注的？

问题 BSR-seq 结果中的曼哈顿图怎么看？

请问老师从曼哈顿图中怎么确定阈值区间？这个图是否可以确定候选染色体？