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问题 WGCNAcor相关系数的选择

老师你好,我想问下做WGCNA分析的时候,我的样本信息特征是处理时间一样,请问cor相关系数该选择("pearson", "kendall", "spearman")哪一个?

文章 CentOS 7 清理删除卸 Docker 环境

...m -rf /var/lib/dockershim# rm -rf /var/lib/docker     如果发现删除掉,需要先 umount,如 # umount /var/lib/docker/devicemapper 6. 卸 docker     查看已安装的 docker 包 # yum list installed | grep docker     卸相关包 # yum remove docker-engine docker...

文章 Bio-Linux中的生物信息学软件

...-Linux是功能齐全的、强大的、可定制的、易于维护的生物分析工作站。Bio-Linux基于Ubuntu提供500多个生物分析程序,由一个 图形化的菜单进行管理,能方便地访问到其生物分析文档系统及对测试程序有用的样本数据。用于处理新...

文章 IF=4.2 | 杏黄李关键耐寒代谢途径的转录组代谢组联合分析

...ld tolerance in Prunus salicina × armeniaca”的转录组-代谢组联合分析文章。” 01 — 研究背景 杏黄李(Prunus salicina × armeniaca)是李与杏的种间杂交果树,兼具优良风味与经济价值,主栽于中国新疆等冬季严寒地区。繁的极端低...

文章 linux给用户添加sudo权限

...加sudo权限 首先需要切换到root, su - (注意有- ,这和su是同的,在用命令"su"的时候只是切换到root,但没有把root的环境变量传过去,还是当前用乎的环境变量,用"su -"命令将环境变量也一起带过去,就象和root登录一样)chmod u+w /e...

文章 如何绘制一份韦恩图

如表,表如图,一图胜千言。见多了散点图,柱形图,折线图等这类代表数值大小及变化趋势的图。今天给大家介绍一类代表包含关系的图,那就是韦恩图。 韦恩图(Venn diagram) 又称为文氏图,是关系型图表,通过图形...

文章 anaconda快速搭建python学习环境-windows

...包且对包能够进行管理,同时对环境可以统一管理的发行版本。Anaconda包含了conda、Python在内的超过180个科学包及其依赖项。 其包含的科学包包括:conda, numpy, scipy, ipython , jupyter notebook等等,因此安装anaconda一些常用的包就一并...

问题 蛋白序列多序列比对问题

请问做完蛋白质全长多序列比对分析后用genedoc画图时显示我的基因家族结构域WRKY好像太保守,有什么方法能改进吗,还是这个已经可以了?

文章 IF=6.68| HCC肝癌单细胞数据挖掘实践

... 首先小编简单介绍下这篇被二次挖掘多次的单细胞数据分析的原文,这篇文章的主要内容如下: 作者选取了10个肝癌病人共21个样本,取样类型包括:primary tumor (T)、portal vein tumor thrombus (P)、metastatic lymph node (L)、non-tumor liver (N...

问题 运行perl script/mRNAid_to_geneid.pl PigeonPea_V5.0.gene.gff mRNA2geneID.txt出现以下错误

问题 基因家族的成员选择

老师您好,请问下:基因家族成员中某一成员的蛋白序列起始氨基酸是甲硫氨酸,请问下这样的成员还要列入该家族中吗?是需要将该基因进行后续分析了? 谢谢老师的解答

问题 MEGA建树的问题

做毕业设计:在对比分析完开始建树会出现下面图片的错误,对比了7个物种的同一个酶的基因,我自己实在知道咋办,6条序列是ncbi下的,有一条是测序序列,非常感谢

文章 如何下TCGA中指定Primary Site的样本数据

在我们的《TCGA差异表达分析》课程中,我们介绍了采用TCGAbiolinks 去下GDC上的TCGA数据。但是最近有学员想基于“Primary Site” 筛选一下样本,只对其中的一种类型进行分析。 如下图所示: 我查看了一下TCGAbiolinks的文档,发现...

问题 关于genecode的ID提取

...是v22,现在文章用的也都一样,懂这些差距对于后续分析的影响大吗。 然后我用R提取了v28的ensemble ID ,gene symbol 和biotyoe。 lncRNA是没问题的,都能正常与老师提供的对应上 对于mRNA的信息有点出入,知道如何择选的,因...

文章 宏基因组的基因组binning-BASALT 介绍和用法

...lity-check QUALITY_CHECK                          选择CheckM版本,默认`checkm`,可指定`checkm2`,例如:                          `-qc checkm2`用于质量检查。    --min-cpn MIN_COMPLETENESS                          过滤保留bin的最小...