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文章 ImmuCellAI 免疫细胞估算，RNA-seq 和芯片数据

...计开发了一种T细胞亚型丰度预测算法 ImmuCellAI (Immune Cell Abundance Identifier)，并于2020年4月发表在AdvancedScience 杂志上 (IF = 15.8)。 在该分析方法中，ImmuCellAI能够基于RNA-Seq或芯片的转录组数据，准确地估计18种T细胞和6种其他类型...

文章 perl语言——正则表达式

正则表达式(regular expression)描述了一种字符串匹配的模式，可以用来检查一个串是否含有某种子串、将匹配的子串做替换或者从某个串中取出符合某个条件的子串等。 Perl语言的正则表达式功能非常强大，基本上是常用语言中最...

问题 用R语言绘制旭日图但无法控制配色

...和绘图结果如下： mypalette<-c("#8C8C8C","#87CEFA","#FF00FF","#B22222","#EE9A49","#858585","#080808","#836FFF","#87CEFF","#7FFFD4","#008B8B","#CD661D","#CDC9A5","#0000FF","#00FF00","#EDEDED","#FAEBD7","#666666","#EE0000","#8E388E","#C1FFC1") ggplot(data, aes(x=size, y=per,fill=species))+...

文章 基因组组装GC 含量与深度图：

library("argparse")#############################################################################北京组学生物科技有限公司#author huangls#date 2022.07.10#version 1.0#学习R课程：#R 语言入门与基础绘图：# https://zzw.h5.xeknow.com/s/2G8tHr#R 语言绘图ggplot等等：# https:/...

文章 pip安装python模块

python模块安装还是非常简单的，只要把pip安装好之后，一切都用一条命令搞定。 如果你使用的是从 python.org 下载的Python 2 &gt;=2.7.9 或者Python 3 &gt;=3.4，那么pip是已经安装了。 1. pip安装首先需要下载并安装setuptools，否则提示：...

文章 神论文！浙大博士写130页论文，教大家怎样挑西瓜....

...？作为吃瓜大国的吃瓜群众，学霸姐姐也经常被挑西瓜这个技术活儿难倒，有人说要敲一下，听声音，清音、浊音、鼓音、实音、过清音......头头是道！还是饶了我吧，真心听不出来;还有人说，要看西瓜的纹路和颜色，绿色为...

问题 WGCNA分析中模块与性状相关性与MM vs GS相反？

WGCNA分析中，在某红色格子里成负相关(p<0.05)，然后在做Module membership vs. gene significance时，结果反而为正相关，也有意义，可以帮我解释一下吗？性状都是二分类，0，1. 谢谢！

问题 您好，alpha和beta多样性分析sampling-depth 16900如何确定？

###alpha和beta多样性分析 qiime diversity core-metrics-phylogenetic \   --p-sampling-depth 16900 \ 这个16900是怎么确认的？云课堂视频课程这部分被剪掉了，跳了3分钟

问题 老师您好，我线下上过您的基因家族培训课程，目前在尝试用大豆基因组进行分析，但我发现从ENSEMBLEPLANT下载的基因组序列格式跟拟南芥的注释格式不一样，我已经尝试着进行了 一些编辑，但还是无法统一ID，麻烦您帮我解决一下这种基因组注释格式修改问题

下面这几个文件是从ensembleplant 网站下载的，Glycine_max.Glycine_max_v2.1.43.chr.gff3 ，  Glycine_max.Glycine_max_v2.1.cds.all.fa ， Glycine_max.Glycine_max_v2.1.pep.all.fa ，格式信息如截图所示（我在基因家族培训QQ群里发布的那张图是我自己尝试编辑修...

文章 openssl 安装

查找当前安装的OpenSSL版本 rpm -qa|grep ssl 代码语言：javascript复制#指定对应版本进行卸载 yum -y remove openssl-1.1.1g-15.el8_3.x86_64 代码语言：javascript复制#可以去该地址下载自己想要的版本的OpenSSl https://www.openssl.org/source/old/1.0.2/openssl...

文章 群体进化和GWAS文章没那么难发！

...越来越多的研究者开始利用全基因组重测序技术来分析一个物种的遗传多样性，并进行GWAS关联分析。但是要做好一篇GWAS文章，其投入也是不菲的，少则几十万，多则上百万。有人就说了，这么大的投入能得到与之匹配的产出么...

文章 IF=5|干眼症微生物多样性分析案例解析

最新研究证实，人体体表与体内共生着约100000亿个细菌、病毒及真菌等微生物，这些微生物的数量是人体自身细胞的10倍，它们独特编码的基因数量比人体自身的基因组多100倍，有1000到1150种细菌定植在肠道内，其中约160种是人...

问题 使用plotQ绘制structuretu图的问题

在带有GROUP信息的structure图当中，每一个K值柱状图下面的样品顺序都是相同的，能不能直接在最下面或者最上面显示样品名而不是在每个图下面显示，代码因该如何修改 这个是绘图的代码 p<-plotQ(qlist,imgoutput="join",#showlegend=T,r...

文章 awk统计文件某列中某关键词出现次数

...用sort | uniq -c，那用awk怎么操作呢? 示例文件test.txt a 00 b 01 c 00 d 02 1、统计文件test.txt中第2列不同值出现的次数 awk '{sum[$2]+=1}END{for(i in sum)print i"\t"sum[i]}' test.txt 运行结果： 00 201 102 1 2、只统计文件test.txt中第2列"00"或"01"...

文章 lasso_cox.r lasso_cox 模型优化分析

使用说明： Rscript $scriptdir/lasso_cox.r -h usage: /work/my_stad_immu/scripts/lasso_cox.r [-h] -i data -t time -e event -v variate [variate ...] [-s seed] [-l lambda] [-P predict.time] ...