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文章 单细胞转录组-infer CNV拷贝数变异分析介绍

...数)或缺失(减少拷贝数)。这些变异可能覆盖几千到几百万个碱基对。而肿瘤恶性细胞通常伴随着拷贝数变异，通过影响相关基因的表达促进肿瘤发生。在肿瘤单细胞数据分析过程中，肿瘤细胞类型的注释可通过tumor related marker gen...

文章 单拷贝直系同源基因构建系统发育树以及分歧时间

... expansion analysis Together with L.edodes, 26 fungal species assigned to Basidiomycota or Ascomycota were used in the phylogenetic analysis. The protein sequences of these 26 fungi were compared by BLASTP with e-value < 1e-5 and hit number < 500. Then, the BLASTP result was analyzed by Or...

文章 开学了，你的细胞房需要彻底的除菌了！

...全、又彻底、时间又短的除菌方法呢?答案是——有的! Procell细胞房安全卫士——绿色、高效，完美替代各种杀菌剂!　 细胞房的角落或者室内墙壁上很容易有霉菌滋生， Procell自主研发的Room SafeGuard(细胞房安全卫士，货号：P-CC-...

文章 堂堂院士也抄袭？《Science》发文：学术抄袭哪国强？

这几天，学霸姐姐处在一个“震惊”的状态， 这个震惊是：什么？院士居然也抄袭？ 来看看这个头衔： 中国工程院院士、国务院学位委员会学科评议组成员、全国政协委员、主任医师、教授、博士生导师..... 享受特殊津贴...

问题 请问各位老师，WGCNA分析中没有性状数据，但分析了两份基因表达数据，我想要得到Module-module relationships的图，应该怎样修改这部分打的代码呢？

...ts###################################### # Define numbers of genes and samples nGenes = ncol(datExpr0) nSamples = nrow(datExpr0) moduleTraitCor = cor(MEs, datTraits, use = "p") moduleTraitPvalue = corPvalueStudent(moduleTraitCor, nSamples) sizeGrWindow(10,6) #pdf(file="8_Module-trait rela...

文章 Bowtie2使用方法与参数介绍

...构建index bowtie2-build genome.fasta index 2.序列比对 bowtie2  -p 8 -x index -1reads1.fq -2 reads2.fq -S out.sam 必须参数： -x <bt2-idx&gt;由bowtie2-build所生成的索引文件的前缀。 -1 <m1&gt;双末端测寻对应的文件1。可以为多个文件，并用逗号...

问题 全基因组关联分析GWAS教程中的beagle填充问题

...为： cd $workdir  #回到工作目录mkdir 06.imputecd 06.impute beagle -Xmx10g -Djava.io.tmpdir=$TMPDIR gt=$vcf out=all.impute impute=true window=10 nthreads=5 具体报错为： java.lang.IllegalArgumentException: Sample Line68 has an inconsistent number of alleles. The first genotype is di...

问题 用iqtree对SNP构建系统进化树出现提示

有一些sequences failed composition chi2 test (p-value<5%; df=3)这个的原因是什么呢，需要做什么处理吗？

问题 群体结构分析时，执行代码报错

...ripts/structure_plot.r  -d ./ -s 137filtered.snp.pruned.nosex  -f 137pop_group.txt -g Group，报错：WARNING: ignoring environment value of R_HOME --&gt; Q&amp;A for bioinformatics, please visit the website: https://www.omicsclass.com/ --&gt; R beginners ? I suggest your  learning  R languag...

文章 fastq序列做NR库比对

1.使用命令随机从fastq文件中提取序列： python /share/work/huangls/piplines/01.script/random_fastq_to_fa.py -f  C5_R1.fastq.gz -o ~ -p its5 -n 100 2.将序列提交到NCBI中用blast做NR/NT库中进行比对：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 

问题 进行ka ks分析报错

老师，你好./ParaAT.pl -h WRKY1.pairid -n WRKY1.cds -a WRKY1.pep -p proc -o output -m muscle -f axt;  执行这条命令时报错了如果我把 -m muscle去掉就不报错了，-m这个参数好像又不能去掉吧，应该怎么解决呀？

文章 你不知道的微生物互作分析方法

处理16s测序数据时，相信很多同学已经看倦了常见的Alpha、Beta多样性分析，PCA分析之类，那么除了这些标准内容，我们还能做些什么呢？ 此前，我们介绍了如何进行网站在线OTU互作网络分析——OTU互作网络分析用MENA，而今天...

问题 MCSCANX共线性图代码报错

...，谢谢（WIN10 64位操作系统） sudo java family_circle_plotter -g /home/manager/share/result/at.gff -s /home/manager/share/result/at.collinearity -c /home/manager/share/result/family.ctl -f /home/manager/share/result/MADS_box_family.txt -o /home/manager/share/MCScanX/MADS.circle.PNG  报...

问题 BSA分析，野生型亲本，抗性混池

...&gt; merge.snp.clean.vcf.gz；mutplot -v merge.snp.clean.vcf.gz -r SZCTP1 -b SZCTR5  --N-bulk 29 -m 0.3 --out merge_pl。怎么几乎所有染色体都有定位啊？

问题 KNN补值函数knnImputation函数的距离计算问题

...本行是蛋白/基因特征名称。是按照行（特征）进行近邻k个参考的距离计算并进行缺失值填补，而非按照列（样本）进行距离计算的，我想问下您，KNN不是一般是计算样本间距离吗？为什么此处是计算特征间距离进行缺失值填补...