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文章 简单实验+蛋白质组=4分文章, So Easy!

...,一系列新技术融入了蛋白质组学研究中,iTRAQ就是其中比较有优势的一项技术。 目前来说,许多初学者对蛋白质组学研究思路以及文章撰写思路认识不清,处于茫然不懂的状态。因此,编就用一篇今年10月12号发表在“Frontie...

问题 关于麦基因家族中的同源性问题

你好,我想问一下,对于麦的基因家族来说,如何判断基因在麦ABD三个家族中的同源性呢 能跟我讲一下具体的操作方法和流程吗,谢谢,感激不尽

问题 mutmap

... mutmap 分析的时候,最好去除 SNP-index 值于 0.3 的数据,如何在脚本里加入 --min-SNPindex  参数呢?非常期待您的回复,万分感谢!

文章 把正在运行的任务提交后台

如何把正在运行的任务提交到后台运行: 1.首先把任务暂停 ctrl+z 2.然后bg指令挂起 这时如果直接退出终端任务依然会停掉,所以 3.使用disown命令将任务从终端的管理中解除: disown %1#%1是指解除第一个任务的管理,想要直...

问题 使用FUSION进行TWAS分析权重训练问题

再使用自己的数据进行权重训练的时候,当使用加入blup模型运行GEUV.compute_weights.sh脚本时报错,去除该模型可以正常运行时怎么回事?需要如何解决?

问题 诱变材料,且已自交 6 代,是否可用 QTL-seq 的方法来定位到基因?

...交,然后构建野生型和突变型混池再测序,这样(杂交)比较耗时,而 QTL-seq 只需拿到稳定极端表型就可以测序,所想弄清楚 诱变材料且已自交 6 代,是否可采用 QTL-seq 的方法来定位到基因?为什么?静等老师回复,非常非常...

文章 TCGA 数据进行lncRNA, Gene 的WGCNA 联合分析

...        WGCNA分析需要大量的样本,而TCGA上癌症样本正好比较多,符合WGCNA 分析对样本数量的要求。 又因为蛋白编码基因的表达定量和lncRNA 的表达定量都是采用高通量测序,所以两者在量纲是等同的,可以将表达矩阵放在一起...

问题 基因家族分析---没有蛋白序列可以做基因家族分析吗?

例如:只有***.genomic.fna文件和***.gff文件,能通过blast搜索家族基因吗?如何搜索呢个?

文章 使用DNA序列做主成分分析(PCA)——R语言adegenet包

...path,chunkSize = 10,parallel = F) 数据读入以后做一些分析就比较容易了 首先是看一下snp位点在染色体上的分布密度 library(ggplot2)snpposi.plot(position(flu),genome.size = 1700,codon = F)+     theme_bw() 还可以划分不同的密码子位置 snpposi.plot(...

问题 在做系统发育树时遇到了问题

想用拟南芥和自己的数据一起跑系统发育树,结果报错了,是我的基因名字太长了吗,这种情况怎么搞,是要修改基因名吗,如何批量的修改基因名啊

文章 正则表达式

正则表达式是一个程序,它拥有自己的简单编程语言。通过“模式”将“字符串”分为两组(匹配/不匹配)。 1. 简单模式(//),匹配简单的直接量字符串。      $_="yabba dabba doo";     if(/abba/){        print "It matched!\n"...

问题 WGCNA分析需不需要进行log转换?

我看了很多文献,都将FPKM值进行log转换,但是有一些人却不建议转换,他们认为这会降低的变异度。这个到底如何选择?

问题 lr2rmats软件

您好,lr2rmats这个软件您使用过吗?已按照要求进行安装,测试文件报错,想请您帮助解决一下。下图是测试文件出现的报错,不知道该如何解决,谢谢!

问题 关于VirtualBox中biolinux挂载共享文件夹的问题

老师您好,请问这是什么原因 ,挂载共享文件夹失败,该如何解决?

文章 特殊染色技术的原理及其在实践中的应用

...剂价格较为昂贵,对于一部分病人以及某一些基层医院是比较难以接受的。而组织化学技术则具有无需复杂的实验条件以及较为昂贵的试剂操作又比较简单的优势,在临床病理学诊断中具有重要的应用价值。   比如,当细胞中...