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问题 ParaAT比对结果产生空的cds_aln.fasta文件

我在比较基因组中使用ParaAT进行多序列比对时命令如下:perl ../scripts/ParaAT/ParaAT.pl -h single_copy.txt.renamed -a all.pep.fasta -n all.cds.fasta   -o aln_out -p $threads -format fasta -m muscle -verbose 但是产生的结果文件中,有3个基因的pep_aln是有序列...

问题 关于BLUP值计算的问题

只有一个性状的两次重复数据,如何计算BLUP值,以及能计算出遗传力,不会后续的工作了。

文章 组学大讲堂携手网易,所有线上课程折上折

...来说,其就业压力也应该是山大的。对于这种种压力,该如何应对?   你的实验做完了么?你的毕业论文完成了么?你的SCI文章发表了么?你达到毕业的要求了么?如果没有,你还不抓紧时间做实验、看数据、挖结果、整理文...

文章 phytozome植物基因组下载网站

...因组数据下载数据库。 今天主要介绍一下该网站基因组如何下载,如何通过blast查询同源基因,以及根据基因相关功能结构域批量下载相关基因的CDS,PEP等序列信息; 基因组下载 该网站需要注册登陆之后才能下载基因组数...

文章 同源基因概念(直系同源 vs旁系同源 )

...这是进化最直接,最确凿的证据。第二种研究方法是利用比较形态学、比较解剖学和生理学等手段,确定大致的进化框架。这种方法比第一种方法更容易实现。但是这种方法仅局限于大致的框架,很多细节是存在争议的。这两种...

文章 施一公:如何提高英文的科研写作能力

...t you think. We can aim for a Science report.”(这是初稿,你看看如何,我们可以试试《科学》)我仔细一看,天啊!一共7页,四个多时Jeremy已经把文章的整体写完了,只是缺少Method和 references。让我郁闷的是,他根本没有用我的初稿...

问题 qPCR中如何用2^-ΔΔCt法计算某一基因相对于内参基因的表达量?

在做qPCR时,想比较根、茎、叶中某一基因相对于其根、茎、叶中内参基因的相对表达量。这样的情况应该怎样计算呀?谢谢!

问题 kaks转换报错

老师,您好! 我目前是在docker的bio-linux里操作的,我在做aln转换axt格式时老师报错,请问如何解决。说是没权限,但是我已经再root里面给了777权限,但还是报错。

问题 WGCNA软阈值计算报错

老师,您好!我在WGCNA第二步,network construction中软阈值计算的过程中遇到了问题,暂时不知道如何解决,想请教下各位老师!!

问题 R包下载问题

当下载conductor的R包时,出现Warning message: package(s) not installed when version(s) same as current; use `force = TRUE` to re-install: 'Biobase',如何解决。

问题 一个家族基因隐马尔科夫模型

请问老师,如何确定搜索到得模型是可以用得?是模式生物得?还是同源物种得?

文章 多基因间共线性及局部基因水平的共线性

之前编在 基因组间共线性分析想学吗 这篇文章分享了如何用MCscan做基因组共线性分析,不过文章只是介绍了共线性分析的一种做法,今天编接着讲讲共线性分析还能怎么做! 三基因组共线性分析 之前的文章讲的是葡萄...

文章 一大波三代文章正在来袭!有没有你滴?

...表,做好高级个性化分析发表高分1区不是梦!T2T基因组/比较基因组/泛基因组分析学习链接:T2T基因组组装与注释分析;动植物泛基因组分析 ;比较基因组分析 4. 群体重测序遗传进化分析+GWAS文章,篇篇10+分,缩短分析周期,...

问题 水稻cds序列提取

请问水稻用bed文件钓取cds序列时出错,发现水稻cds文件中不同转录本表示方式不同,有-00、-01、-02等,同时大于号后ID名称写g改成了t,有些复杂,如何修改perl脚本啊?

文章 Linux下判断数值大

Linux下有一些判断比较的逻辑,下面解释一下相关关键字的意思: -gt是大于的意思。 -eq是等于的意思du。 -ne是不等于的意思。 -ge是大于等于的意思。 -lt是于的意思。 -le是于等于的意思。 用法: # [ 1 -gt 2 ]# echo $?# 1 ...