五个样本，二三代各有数据，数据大小15g左右 目标是完成二三代联合组装，分箱MAGs，基于组装草图 ，MAGs 的双维度物种注释，微生物丰度量化，功能注释，最终输出标准化结果，交付内容基于分箱和组装的物种注释，丰度表...
... ESTIMATE使用基因表达数据评估肿瘤样本中基质细胞的存在和免疫细胞的浸润。可用于目前公开可用的数据集，以及新的芯片数据或RNA-Seq数据。该方法的预测能力已通过大型独立数据集验证。但ESTIMATE无法准确推断造血或间质肿瘤...
...够基于RNA-Seq或芯片的转录组数据，准确地估计18种T细胞和6种其他类型免疫细胞的比例，包括B细胞，NK细胞，单核细胞，巨噬细胞，中性粒细胞和树突状细胞；同时，该网站还能预测患者对免疫检查点抑制剂治疗的反应性。当然...
...见问题解析： 1、同一样品多次活性测试结果差异大怎么解决？ 答：样本保存不当，会导致多次实验结果偏差较大，样本应尽量减少反复冻融，如需多次检测，需在取样后分装保存。 2、检测样本是细胞培养上清，...
...miRDeep2.pl脚本中的命令行，从后往前依次运行找出问题所在。最后发现在下面步骤的时候，生成precursors.str文件失败。 RNAfold < mirdeep_runs/run_04_09_2023_t_17_09_26/tmp/precursors.fa --noPS > mirdeep_runs/run_04_09_2023_t_17_09_26/tmp/precursors.str 原...
本地blast怎么运用 已知一个基因或蛋白，怎么看自己研究的植物中是否存在该基因和蛋白的同源基因或蛋白
...Naive T"与剩下的其它所有Cluster分析？如果想这样分析应该怎么操作？
...在收集了与该项目有关的所有信息，并将新的团队整合在一起之后，身边的朋友建议我找一些项目管理工具，来帮助我更好地管理手中的项目。 虽然朋友的建议很有道理，但是一旦真正开始寻找，很快我就意识到选择合适的...
...类型包括 synonymous_SNV, missense_SNV, stopgain_SNV, stopgloss_SNV 和 unknown；Indel 的变异类型包括 frameshift insertion, frameshift deletion, stopgain, stoploss, nonframeshift insertion, nonframeshift deletion 和 unknown） AAChange.refGene 氨基酸改变，只有当 Func ...
...发育的6个时期，分别采样并进行转录组测序，下面我们一起看一下作者是如何从海量数据里层层筛选的！ 1. 首先针对测序数据结果，比较不同时期内，不同表达丰度基因的分布情况；并结合小麦基因组的ABD异源多倍体特点，分...
...络，比如WGCNA，可以将表达模型类似的基因和lncRNA聚集在一起。 3. ceRNA 网络 基于miRNA的调控作用，可以预测基因和lncRNA作为同一个miRNA的靶标，他们两者直接会存在竞争关系，也存在一定的协同表达关系 4. 基于位置的顺式互...
...8种样品清晰的分成4组，来自同一阶段的V1和V2样品聚集在一起，表明在每个发育阶段，V1和V2的整体转录组分析相似。 3.基因共表达网络 模块被定义为高度相互关联的基因簇，同一簇内的基因之间具有高相关系数，该分析...