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文章 PDF翻译神器:PDFMathTranslate让看英文文献再成为烦恼

...哪种语言; 效果如下: 原文翻译后如果想安装也有在线版本:https://pdf2zh.com/

文章 bam文件格式详解

...量控制1024:由于PCR或测序错误产生的重复reads2048:补充匹配的read 只有一条reads没有比对上:73, 133, 89, 121, 165, 181, 101, 117, 153, 185, 69, 137两条reads都没有比对上:77、141比对上了,方向也对,并且在插入片段大小范围内:9...

文章 叶绿体基因组四个区边界作图——irscope:本地化及使用教程(2023.02)

...有一个更加宏观的认知。 一、获取工具 irscope是一个在线工具,网址为:https://irscope.shinyapps.io/irapp/ 但是在线工具很稳定,会经常会出现进网站很慢,或者运行时总是出错的情况,比如这样 所以我们可以利用R语言将irs...

文章 R-常见的字符串处理方法

A =c("abcdgegh")B = c("abcdgegh","deghgabcd") 匹配 grep(pattern, x, ignore.case = FALSE, perl = FALSE, value = FALSE, fixed = FALSE, useBytes = FALSE, invert = FALSE)grepl(pattern, x, ignore.case = FALSE, perl = FALSE, fixed = FALSE, useBytes = FALSE)##ignore.case 决定匹配是否对...

文章 在线绘制差异基因kegg注释图

​“差异基因kegg注释图”是转录组分析结果的重要组成部分,能够帮助大家了解差异基因分属于哪些代谢通路,文章中如果能够插入下面这类图来说明样品间的差异,一定会为你的文章增色少。 下面给大家介绍一下如何在W...

问题 请问Perl版本的虚拟机可以进行两物种间的共线性分析吗?

话题 基因家族扩张或收缩,利用python 版本的MCScanX分析物种之间分共线性

文章 samtools使用

...多磁盘空间。 -c print only the count of matching records # 仅输出匹配的统计记录 -L FILE only include reads overlapping this BED FILE [null] # 仅包括和bed文件存在overlap的reads -o FILE output file name [stdout] # 输出文件的名称 -F INT only include reads with no...

问题 老师好 我在用qiime2进行机器学习时,报错Error: QIIME 2 has no plugin/command named 'rescript',我应该怎么安装这个插件呢?

文章 基于多数据集分析ANLN在宫颈癌所起到的功能

...因又属于hub gene(见下图A)。针对这些基因利用UALCAN网站在线进行生存分析,最终发现ANLN基因可能是良好的预后因子(下图B)。 此外进一步于GSE52903、GSE7410两组GEO数据和oncomine数据验证该基因是否出现明显差异,结果与预期...

文章 Vennerable包的安装

...到,或者  https://github.com/js229/Vennerable  后者提供安装的版本更高,R包也由依赖reshape变成了reshaep2: ###安装相关绘图包 local({r <- getOption("repos") r["CRAN"] <- "http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/" options(repos=r)}) options(BioC_mirror="ht...

文章 Codex可以直接接入deepseek模型了-生信分析快人一步

...个客户端形态——Codex CLI、ChatGPT 桌面端、VS Code 的 Codex 插件(Codex IDE extension)——共用同一份配置文件,按本文配置一次,即可在所有形态使用 DeepSeek 模型。 将 DeepSeek 配置为codex模型提供方 deepseek提供了一键配置脚本,自...

文章 扩增子16S/ITS/18S微生物多样性课程更新-机器学习随机森林分析

...属随机森林方法,应用的也最多。近年来,利用机器学习分析微生物组数据发了少高分文章,CNS级别文章中出现机器学习分析结果的展示,以下为分析原理及文献解读连接:《随机森林在微生物数据应用-文献讲解》、《 ...

文章 利用NCBI当中的CD-search工具预测基因的保守结构域

...concise 简洁显示,可以选择full result显示全部内容: 搜索匹配结果,有特定匹配(specific hits),非特定匹配(non-specific hits),这些匹配所属的超家族(superfamily),我们发现这个基因特定匹配在dnak,属于HSP70超级家族; 4.批量提交...

文章 三代数据SV检测软件安装与使用——cuteSV

...cuteSV/ && python setup.py install 注意,该软件是用Python3版本编写的,内部调用了一些常用软件,提前安装好即可,特别以下几款软件是必须的:1. python3;2. pysam;3. Biopython;4. cigar;5. numpy;6. pyvcf。在安装pyvcf时容易报错,若...