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文章 IF=4.8 | 不同菊花品种萜类合成相关基因的转录组代谢组联合分析

...期,种植后约 60 天进行采样做转录组代谢组分析。从每品种(除‘Carice’的舌状花外)的舌状花和管状花(“G”表示舌状花,“S”表示管状花)中采集 0.2 克的组织样品,每品种设置 3 独立重复,总共获得 57 样品。 ...

文章 快速解读:3-5分的蛋白质组学文章思路

...法,利用同位素试剂标记蛋白质酶解后产生的多肽,对两或多样本,在全蛋白质组层面上展开相对定量分析。 随着实验技术的不断深入和完善,越来越多的研究者开始将研究重点从转录表达层面转移到了蛋白层面。 做了...

文章 Root microbiota assembly and adaptive differentiation among European Arabidopsis populations

...多样性和植物适应性影响因素,作者用三年时间在欧洲17地方监测拟南芥种群和其共生草的根系微生物菌群。观察到不同地点的土壤微生物有显著的结构变化,而不同地点植物根内微生物没有这种显著变化。同时作者做了瑞典...

文章 R语言基础入门—循环

什么是循环 循环,用来处理对多同类输入做相同事情(即迭代),如对不同列做相同操作、对不同数据集做相同操作。循环语句允许我们多次执行一语句或语句组,下面是大多数编程语言中循环语句的流程图: R 语言提供...

文章 GEO数据与WGCNA--挖掘胶质瘤共表达网络的关键模块与通路

...ioma”为关键词搜索GEO数据库,最终得到GSE54004数据,共144样本。 WGCNA基本分析 剔除异常样品对144样品进行聚类分析,以聚类高度阈值150剔除了3离群样品,除结果中外围的两样品,其中139样品可以划分成两cluster(...

文章 6转录组发了BMC genomics,人家是怎么写的?

...伤组织,更有异常胚(AE)、枯萎异常胚(WAE)等作为对比,能更好地筛选出与体细胞胚发育相关的基因;另一方面,挖掘转录因子、组蛋白表观遗传修饰相关基因也是该文章的亮点,值得借鉴! 总的来说,目前转录组发文章仍然不...

问题 你好老师,我想问下转录组数据,有五不同的处理,每处理3重复,一共15样本,可以做WGCNA吗?

问题 关于基因组功能注释脚本(interproscan.sh -i interproscan.pep.fa \ -b interproscan.out -f "TSV" \ -cpu 10 -dp -t p -pa -goterms -iprlookup \ -T ./tmp )运行不成功,总是停留在84% completed,没有报错,请问要怎么解决?

再次进入容器时是卡主的。log中每小时更新一条信息,均为84% completed,tmp文件夹中不再更新文件。独享服务器(内存300G,28线程),设置了cpu=10,线程数=10

文章 群体结构分析structure原理

...不足,如上文提到的,无法推算:1、群体应该划分为几亚群;2、群体间基因交流的程度;3、某体的混血程度。 2 Structure分析的基本思路过程是: 1、获得一系列样本的基因型,也就是变异信息  例如,SNP信息2、在大...

文章 蛋白质组学数据定量搜库 | MaxQuant软件的使用

...据; 2. 点击“Load”上传原始数据,示例数据一共是有8文件; 3. 之后添加原始数据的实验设计信息,示例数据是有3不同实验组(样本),前2实验组(tube1、tube2)在HPLC后得到3组份(馏分1、2、3),第3实验组(tube3)...

问题 基因家族分析预测顺势原件时,得到的Ptomoter文件中原来43基因只有29显示启动子序列,其余19无序列信息

问题 结合转录组分析基因家族

老师,您好,我下载了别人发表的转录组数据,想拿结合做热图,但是文件太大,有十几G,这样的文件该怎么打开筛选表达量数据呢

文章 熊猫全基因组研究进展

...了解熊猫生殖和特殊习性的特征,从而对大熊猫的繁育有更好的帮助。 2.    二代测序助力大熊猫基因组研究        第一代测序又称Sanger测序,始于1977年,通过在DNA片段的末端加入带荧光标记的双脱氧核糖核苷酸,结合...

问题 老师好,筛选出58基因,与拟南芥共建进化树,进化树里面除拟南芥外基因有58,基因结构分析也是58,但是meme网站的xml文件用tbtools做图后就变成了56,请问是什么原因呢

问题 老师请问我想做4物种间的共线性分析,思路是和3物种间的一样吗?我不知道该怎样排布这4物种