文章 6个转录组发了BMC genomics，人家是怎么写的？

...伤组织，更有异常胚(AE)、枯萎异常胚(WAE)等作为对比，能更好地筛选出与体细胞胚发育相关的基因；另一方面，挖掘转录因子、组蛋白表观遗传修饰相关基因也是该文章的亮点，值得借鉴！ 总的来说，目前转录组发文章仍然不...

文章 蛋白质组学数据定量搜库 | MaxQuant软件的使用

...据； 2. 点击“Load”上传原始数据，示例数据一共是有8个文件； 3. 之后添加原始数据的实验设计信息，示例数据是有3个不同实验组（样本），前2个实验组（tube1、tube2）在HPLC后得到3个组份(馏分1、2、3)，第3个实验组（tube3）...

问题 基因家族分析预测顺势原件时，得到的Ptomoter文件中原来43个基因只有29个显示启动子序列，其余19个无序列信息

文章 R语言基础入门—循环

什么是循环 循环，用来处理对多个同类输入做相同事情（即迭代），如对不同列做相同操作、对不同数据集做相同操作。循环语句允许我们多次执行一个语句或语句组，下面是大多数编程语言中循环语句的流程图： R 语言提供...

问题 老师好，筛选出58个基因，与拟南芥共建进化树，进化树里面除拟南芥外基因有58个，基因结构分析也是58个，但是meme网站的xml文件用tbtools做图后就变成了56个，请问是什么原因呢

问题 老师请问我想做4个物种间的共线性分析，思路是和3个物种间的一样吗？我不知道该怎样排布这4个物种

文章 熊猫全基因组研究进展

...了解熊猫生殖和特殊习性的特征，从而对大熊猫的繁育有更好的帮助。 2.    二代测序助力大熊猫基因组研究        第一代测序又称Sanger测序，始于1977年，通过在DNA片段的末端加入带荧光标记的双脱氧核糖核苷酸，结合...

文章 sankey_plot.r绘制桑基图

使用方法: usage: script/sankey_plot.r [-h] -i input -g group [group ...] -c color [-o outdir] [-p prefix] [-H height] [-W width] Sankey plot drawing optional arguments: -h, --help show this help message and exit -i input, --input input ...

文章 很大的压缩文件计算行数

这个其实很多办法都可以做到，基本就是靠zcat后接awk，sed，或者wc命令，不过速度差强人意，比如这个 awk应该是这几个里最快的，但一个3个G左右的文件仍然运行了接近2分钟，考虑到还有几个30个G的文件需要测 磨刀不误砍柴...

问题 WGCNA的样品不少于15个，15个样品考虑重复吗？

问题 vcftools 过滤等位基因。 老师，用的同样是vcftools过滤indel snp后生成的vcf.gz，然后进行等位基因过滤，生成文件很小是为啥啊，我看过滤条件也不严格啊

vcf.gz是1.5G，等位基因过滤生成个900多B的文件，感觉不是想要的东西

文章 群体遗传进化PCA分析

#方法1： ## plink分析PCA plink --vcf  $workdir/00.filter/clean.sorted.vcf.gz --pca 10 --out  plink_pca   \     --allow-extra-chr --set-missing-var-ids @:#    --vcf-half-call missing #绘图 pca_plink_plot.r -i plink_pca.eigenvec -f $GROUP -g group --name plink_pca #方...

问题 SeparateChromosomes2划分连锁群不合理怎么解决

...析的群体是果树的F1，具有25条染色体，因此我想要分成25个连锁群。利用zcat p.call.gz | java -cp /mnt/e/QTL/20240813HLVCF/my_genetic_map/01.PrepareData/Lep-MAP/bin SeparateChromosomes2 sizeLimit=30 numThreads=10 data=-  lodLimit=$lod usePhysical=1  0.000000000001 > LOD....

问题 绘制PAV热图时，一个品系缺失，26个品系只有25个品系被画出来

文章 生存分析的Cox回归模型(比例风险模型)R语言实现及结果解读

...来说，它们可能有所不同。似然比检验对于小样本量具有更好的表现，所以通常是优选的。 批量单变量cox分析 covariates <- c("age", "sex",  "ph.karno", "ph.ecog", "wt.loss")univ_formulas <- sapply(covariates,                        functi...