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问题 DANPOS3分析MNase-seq数据

利用dtriple命令比较两组数据，出现下面的报错 ValueError: math domain error R[write to console]: Warning messages: R[write to console]: 1: R[write to console]: In ppois(q, avg, lower.tail = FALSE, log = TRUE) : R[write to console]:  NaNs produced R[write to console]: 2: R...

问题 blast比对之后

通过做blast比对之后，得到了蛋白质序列之后，通过cdd，pfam等确认完结构域，不知道如何接后面的分析

文章 TCGA数据库中临床样品编号详解（Barcode）

...宫颈癌）GEO数据挖掘直肠KM-plotter在线做生存分析GEO数据如何挖掘？案例解析！免费领取生信课程（适合小白自学生信）《Linux生信分析环境搭建Bio-linux》细述ceRNA网络研究思路TCGA数据挖掘文章-分析ceRNA的“套路”更多生物信息课...

文章 ls常用参数及ls只列出部分目录或文件

...举所有目录（在当前目录之下）的内容。 -S  按从大到小排序 -t 按时间排序，实际工作中常用 ls -lhtr -a 显示所有文件及目录 (ls内定将文件名或目录名称开头为"."的视为隐藏档，不会列出)。 -A 同 -a ，但不列出 “.” (...

文章 hmmsearch寻找相似序列

...hmm Zea_mays.AGPv3.24.pep.all.fa 输入文件PF01535.hmm为HMM模型。 比较序列文件可以是FASTA格式。 --domtblout：domtblout格式输出 结果如下图： 结果按照E-values值从小到大排序，形式与blast类似。 其中target name是每个目标序列的名称； ...

问题 基因家族建树

已经得到修剪后的序列，如何得到nwk格式得进化树得文件呢，我想通过下面得R语言脚本建树，因为得到基因数量只有五个不适合环状得树

文章 互联网女皇疫情报告，数字化企业将在今后竞争中获得优势

...息共享和科学技术的原因，新冠疫情带来的影响可能会更小一些。 随着数量庞大的居家办公群体诞生，数字转型的进程正在加快。新的工作与生活平衡已经达成。在许多因此“重塑”的行业中，远程医疗、快速即时诊断、自动...

问题 重测序分析

老师您好，我的重测序数据是NCBI上下载的，数据质控的时候没有reads1和reads2之分， 因此代码总是报错，请问老师：网上下载的数据如何进行数据质控？

问题 泛基因家族分析

老师，我在gbff转gff文件的时候，遇到报错，这个该如何解决。用的就是“bp_genbank2gff3.pl”这个脚本

问题 进化树

请问老师，在构建进化树时，如何选择物种来与自己研究的物种一起构建进化树？比如做植物，除了常见的拟南芥之外，还应该选择那些物种，或者在选择物种的时候应该遵循哪些原则？ 想向老师请教一下，您有什么建议。

文章 LncBase: 一个预测人类miRNA 靶向lncRNA的网站

...式：基于实验验证的预测和电子预测两种模式 2. 使用比较简单：输入miRNA 和lncRNA的编号即可，适合少量的miRNA和lncRNA 预测 3.  支持数据库下载：如果分析miRNA或lncRNA较多的话，可以将该数据下载到本地，在本地进行预测分析...

问题 遗传图谱分析课程

在QTL定位这部分，如何实现多个环境下的多个性状在同一张图中展示QTL定位结果，视频里只介绍了每个性状单独进行QTL定位。

问题 GWAS分析程序问题

我在win11本地GWAS分析时，进行plink。结果报错了（Segmentation fault （Core dumped）），请问各位如何解决

文章 什么是GSEA?

...根据其于表型的关联度(可以理解为表达值的变化)从大到小排序，然后判断基因集内每条注释下的基因是否富集于表型相关度排序后基因表的顶部或底部，从而判断此基因集内基因的协同变化对表型变化的影响。 这与之前讲述...

问题 docker 运行报错

泛基因家族分析练习时，按老师贴的命令运行docker ,出现了如图报错，不知问题出在哪里？该如何解决