老师，按照您给的指令（for i in `find ../01.jcvi -name "pangene_filter.*.last"`;do name=`basename ${i} | cut -d "." -f2`; grep -v "^#" ${i} > ${name}.last; python3 $script/find_1vs1_v2.py ${name}.last ${name}.txt && /bin/rm ${name}.last; Done cat *....
按着视频里面操作但是 无法运行，只要是和plink有关的都不行， 进化树可以正常运行
老师好，请问一下根据HSF基因的pfam模型在转录组结果中找到2基因，这2个基因都是HSF吗？有什么区别，如果要克隆这个基因应该按照哪个
这两个文件是可以做出来的在这一步的时候我的gff3文件中mRNA，CDS，ID号是有后缀的（mRNA中多一个后缀为t1或者t2、t3，CDS中多了CDS1、2、3之类的），pep文件中没有这些后缀，导致这一步代码做出来的文件只是一行基因名称，并没...
...测转录组不是闹着玩，能发文章肯定还是要发的，但现实中往往很多老师是这样的↓： ↓被分配了做转录组实验的学生是这样的： 小编就遇到不少老师拿着几年前的转录组数据，迟迟无法下笔写作，毕竟工作繁忙，很难系...
...数据挖掘，利用差异基因进行蛋白质互作网络分析的过程中，获得的info文件中之涉及了String_id，利用Cytoscape进行绘图的过程中无法知道对应的具体基因ID是什么或者Gene Symbol是什么，这些并不能直观显示。可以通过以下方法进行...
解决办法：1.加大docker的内存：https://www.omicsclass.com/article/1413 2.可能由于编译plink软件的系统和运行软件的系统不同，也就是内核不同可能导致segmentation fault， 这种原因是系统原因的问题只能换个电脑试试；
...以包含以下子内容： (1)研究内容(study)。 在 SRA 数据库中， 研究课题的检索号(accession number)以前缀 DRP， ERP 或S R P 开头。 (2)样本信息(sample)。 样本的检索号以前缀 DRS， ERS 或 SRS开头。 样本信息可以包括物种信息、 菌株(...
...last/db/FASTA/nr.gz ./ 2.写脚本根据 prot.accession2taxid.gz 文件中的蛋白ID，分类信息对所有的蛋白序列ｎｒ库进行分类 0 | BCT | Bacteria | |1 | INV | Inverteb...
您好。我现在测了三代转录组的三个不同片段文库，分别是1-2kb，2-3kb和3kb以上。如果用IsoSeq3流程进行分析的话，请问这三个文库应该在哪一步合并呢？是在isoseq3 cluster的这一步之前，自己用pbmerge合并么？还是在哪里合并呢？
...短距离法（single linkage)— 最长距离法 （complete linkage)— 中间距离法 （median method)— 可变距离法 （flexible median)— 重心法 （centroid)— 类平均法 （average)— 可变类平均法 （flexible average)— Ward 最小方差法 （Ward's minimum variance) 在...
前面我们介绍KEGG数据库下载中前两部分： 1. KEGG 中蛋白序列的下载 2. 蛋白对应的pathway 相关注释 有了这两部分，我们就可以对不同物种的氨基酸序列进行注释分析。如果要对蛋白在pathway上进行可视化标注，那就需要下载pathwa...
老师： 您好！基因家族分析的过程中对于蛋白结构有没有什么值得写或值得分析的内容；RCSB（https://www.rcsb.org/）这个网站数据蛮全，能搜到相应的蛋白结构，但不知道有没有可以写的东西，有没有相应的参考文献呢？ 例如...
...据与模块数据进行联合分析来识别高度关联的模块的过程中，界面不小心关掉了，我想将前期保存的数据进行调进来进行分析。但是在第二部建立模块的数据调入过程中，总出现“error reading from connection”，这需要怎么解决？
做基因家族分析中的染色体定位图，发现有一个基因定位在contig上，这种情况下怎么做mapchart前准备文件？直接不做这个基因的染色体定位图可以吗？