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文章 iTOL绘制好看的系统发育树

...种和基因等,在系统发育分析、基因家族和物种进化分析经常会看到此类图片。 像这个 还有这个 是不是很漂亮?你的呢?还是像这个吗? 想要让你的图也像别人的那样漂亮吗? 来,我给你推荐一款强大好的在线...

文章 蛋白纯化过程的七大常见问题详解

重组蛋白的纯化是生物学研究的重要技术。为了研究蛋白的特定功能和结构,研究人员必须将重组蛋白从生物体分离并纯化。蛋白纯化方法主要利不同重组蛋白之间的相似性和差异性。可以根据蛋白之间的相似性去除非蛋...

问题 学习遇见的问题

...学习基因家族分析(生物信息)这么课程,在学习的过程遇见了一个问题。今天正好学习到提取蛋白Motif这块内容,按照老师的讲解,同时一步一步的操作。在里面使到一个meme命令的时候,系统提示我没有安装相关软件(请...

问题 MEME分析,motif的E-value值太高,意味着不准确了。对吧。

想请教老师一下。我搜出来的motif,第6个开始,E值0.74,已经高于0.05了。这是不是意味着这些motif(6-15的)在我的基因家族里不存在? 所以我需要调整参数,将motif设置成5才对。是吧。 我在分析时可以说:根据预测结果,...

文章 Linux给文件的某列添加千位分隔符

如果你只想要为文件的某几列数据添加千位分隔符,你可以使 awk 来实现。以下是一个例子: 假设有一个包含多列数据的文件 data.txt A 2565 301298 0.69% B 50 83602 0.19% C 3568 2710730 6.23% D 16 9837 0.0...

问题 关于VirtualBoxbiolinux挂载共享文件夹的问题

老师您好,请问这是什么原因 ,挂载共享文件夹失败,该如何解决?

文章 小企业团队敏捷产品开发流程的最佳实践

在敏捷开发过程,一个产品或者一个发布版本通常是由多个冲刺来实现的,每个冲刺都能增量交付可运行的系统功能,实现客户价值。每个冲刺都是从冲刺规划开始,团队成员一起商定冲刺目标和明确交付的系统功能,并进行...

问题 WGCNA分析模块与性状相关性与MM vs GS相反?

WGCNA分析,在某红色格子里成负相关(p<0.05),然后在做Module membership vs. gene significance时,结果反而为正相关,也有意义,可以帮我解释一下吗?性状都是二分类,0,1. 谢谢!

问题 基因家族成员命名和定位

下面图片是有篇文章的统计表,而我现在分析的结果(另一个物种)只有Protein ID,请问:(1)Gene name是怎么命名的呢?(2)文章Locus ID 指的是我的结果的gene ID 吗?(3)Scaffold的位置信息应该怎么查找呢?另外,请问...

问题 基因家族分析orthfinder运行过程出现的问题

运行自检都正常,但是到这里就自动停止了,数据有一部分但是不完整。这个是什么原因导致的呢?如何解决呢?我的是2CPUs,5线程。

文章 从tar压缩文件夹仅提取某一个目标文件

有时候我们需要从tar压缩文件夹仅提取某个目标文件,如果对整个压缩文件进行解压的话,未免太占空间和资源,我们可以使如下命令进行操作: 如果我们对压缩文件夹的目录构成不清楚的话,可以使tar tvf指令进行查...

问题 你好 老师 关于cytoscapeconet插件的问题

我把微生物数据以txt的形式输入进去,然后把环境数据也输入进去,但是运行的时候总是报错,无论怎么更改参数都是报错的状态

文章 Perl去除一个数组的重复元素

my @array = ( 'a', 'b', 'c', 'a', 'd', 1, 2, 5, 1, 5 );  my %saw;  @saw{ @array } = ( );  my @uniq_array = sort keys %saw; #@array 是要去重复的数组,@uniq_array是去重复后的数组

文章 R语言计算平均值,位数

...和再除以求和数的总量得到平均值 函数mean()于在R语言计算平均值。 语法 于计算R的平均值的基本语法是 - mean(x, trim = 0, na.rm = FALSE, ...) 以下是所使的参数的描述 -  x是输入向量。trim于从排序向量的两端丢弃一...

问题 BSA混池测序SNP-index的计算方法?