问题 利用gff文件提取基因结构时，运行完程序，遇到如图所示的问题，老师能给解答一下吗？下面图使用老师视频中拟南芥中的数据做的，结果如图

perl /home/manager/workspace/GbRLCKVII/gene_structure/script/get_gene_exon_from_gff.pl -in1 WRKY_domain_new_out_removed_redundant.txt -in2 Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gff3 -out gene_exon_info.gff

文章 文本去重并统计重复次数

...章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，提...

文章 Pacbio三代全长转录组(Iso-Seq ) 可变剪切分析软件lr2rmats

在转录数据进行可变剪切分析中，经常用到一款软件rMATS，这是华人科学家刑毅课题组开发的软件， 最近该软件发表了一个能支持pacbio 数据的版本lr2rmats，结合二代和三代数据，进行可变剪切分析。 1.  lr2rmats的安装 ： 安装...

问题 关于基因芯片affy包rma标准化

看了GEO芯片数据标准化的视频，关于affy包，请问如果后续分析需要未进行log转换数据，那我可不可以对rma处理的数据进行2^x进行反对数转换？还是应该直接用mas5.0标准化？

文章 一大波三代文章正在来袭！有没有你滴？

...行定位，发现丹参酮主要集中于周皮部，如下图。该部分数据对于体现文章逻辑性很有帮助，值得大家学习借鉴。 接下来作者通过三代全长转录组及二代转录组对3组织基因表达情况进行了分析，由于三代数据准确性稍差，作...

文章 phytozome植物基因组下载网站

Phytozome 作为专门收录植物基因组的网站，在基因组数据的下载、查询、可视化浏览等方面做的也很不错，也是一个不错的基因组数据下载数据库。 今天主要介绍一下该网站基因组如何下载，如何通过blast查询同源基因，以及根...

文章 转录组中Count, TPM,FPKM如何计算

转录组数据分析中，进行基因表达定量获得的read count 数，是如何计算成TPM和FPKM的呢？参考《What the FPKM? A review of RNA-Seq expression units》这篇博客， 1. TPM 公式如下： 2. FPKM 公式如下： 3. TPM与FPKM的关系 对应的R 代码如下...

问题 老师，我发现课上的热图代码所制的热图会把行和列的数据都发生重排，这样看热图规律有点乱，有没有办法不让列的样品重排呢？或者行列都不要重排？麻烦您，谢谢老师。

问题 转录组基因表达差异分析分组问题，我是有3个样品数据，如下分别是Carambola_K007-01-T01（花序），Carambola_K007-01-T02（花苞），Carambola_K007-01-T01（叶），该如何分组呢

问题 老师你好，我在紫花苜蓿的全基因组数据库中通过Blast比对得到76个WOX家族基因，这76个基因的序列都是不同的，但有的很相似，可能是同源基因，用不用去冗余

问题 老师您好，我在听您关于16s数据分析的课程。安装好桌面版docker后，给 docker 分配内存时提示内存不足，但是我的系统内存还有很多。请问如何解决？don't have enough memory

问题 老师好，为什么我用杓兰七个物种的fasta组装起来比对后用DnaSP做出的图是这样的呢？跟老师您做出来的图存在差异，请问老师是对数据进行处理吗?

问题 老师我想请教，我现在测的表型数据是一年的，每个品种的含油率测了三个重复，我这种检测表型的正态分布，是根据它的BLUP去看表型是否符合正态分布吗

问题 老师，您好！最近我学了WGCNA的课程，跟着代码跑了一遍。我比较疑惑的是我们怎呢木材可以让所有模块出现在一张图立案，而不是出来很多颜色的模块文件，这样子我们一个处理下的数据出来的图是分开的

老师，您好！最近我学了WGCNA的课程，跟着代码跑了一遍。我比较疑惑的是我们怎呢木材可以让所有模块出现在一张图立案，而不是出来很多颜色的模块文件，这样子我们一个处理下的数据出来的图是分开的

问题 老师，我在做hummer搜索时，输入hmmsearch --domtblout ACTS_hmm_out.txt --cut_tc ACTS.hmm proteins.fasta后，

...小于0.001，我这个出来的结果最小都3e-10，怎么设置能让筛选条件（E-value）变小，从而晒出更多 的基因？