文章 一大波三代文章正在来袭！有没有你滴？

...行定位，发现丹参酮主要集中于周皮部，如下图。该部分数据对于体现文章逻辑性很有帮助，值得大家学习借鉴。 接下来作者通过三代全长转录组及二代转录组对3组织基因表达情况进行了分析，由于三代数据准确性稍差，作...

文章 phytozome植物基因组下载网站

Phytozome 作为专门收录植物基因组的网站，在基因组数据的下载、查询、可视化浏览等方面做的也很不错，也是一个不错的基因组数据下载数据库。 今天主要介绍一下该网站基因组如何下载，如何通过blast查询同源基因，以及根...

文章 转录组中Count, TPM,FPKM如何计算

转录组数据分析中，进行基因表达定量获得的read count 数，是如何计算成TPM和FPKM的呢？参考《What the FPKM? A review of RNA-Seq expression units》这篇博客， 1. TPM 公式如下： 2. FPKM 公式如下： 3. TPM与FPKM的关系 对应的R 代码如下...

问题 老师，我发现课上的热图代码所制的热图会把行和列的数据都发生重排，这样看热图规律有点乱，有没有办法不让列的样品重排呢？或者行列都不要重排？麻烦您，谢谢老师。

问题 转录组基因表达差异分析分组问题，我是有3个样品数据，如下分别是Carambola_K007-01-T01（花序），Carambola_K007-01-T02（花苞），Carambola_K007-01-T01（叶），该如何分组呢

问题 老师你好，我在紫花苜蓿的全基因组数据库中通过Blast比对得到76个WOX家族基因，这76个基因的序列都是不同的，但有的很相似，可能是同源基因，用不用去冗余

问题 老师您好，我在听您关于16s数据分析的课程。安装好桌面版docker后，给 docker 分配内存时提示内存不足，但是我的系统内存还有很多。请问如何解决？don't have enough memory

问题 老师好，为什么我用杓兰七个物种的fasta组装起来比对后用DnaSP做出的图是这样的呢？跟老师您做出来的图存在差异，请问老师是对数据进行处理吗?

问题 老师我想请教，我现在测的表型数据是一年的，每个品种的含油率测了三个重复，我这种检测表型的正态分布，是根据它的BLUP去看表型是否符合正态分布吗

问题 老师，您好！最近我学了WGCNA的课程，跟着代码跑了一遍。我比较疑惑的是我们怎呢木材可以让所有模块出现在一张图立案，而不是出来很多颜色的模块文件，这样子我们一个处理下的数据出来的图是分开的

老师，您好！最近我学了WGCNA的课程，跟着代码跑了一遍。我比较疑惑的是我们怎呢木材可以让所有模块出现在一张图立案，而不是出来很多颜色的模块文件，这样子我们一个处理下的数据出来的图是分开的

问题 叶绿体基因组组装过滤代码错误

...频过程中，老师讲如果组装不成环，可能考虑是不是原始数据的问题，进而根据数据库过滤数据后在进行组装。但是原始代码中@被samtools识别为未知符号。所以bwa比对正常，但是输出给samtools就有问题。报错如下图：

文章 提取进化树中基因的顺序

...简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...

文章 使用AI批量统计fastq文件的测序量

我的文件夹下面几十个样本的双端测序数据，需要进行数据量的统计，让AI帮我批量编写代码整理一下： AI误解了统计数据量的意思，我需要的是统计碱基数而不是统计reads条数，于是我和deepseek重新正确的描述了一下我的要求...

问题 请问在重测序数据比对参考基因组时，参考基因组中除chr外还含有contig，是否需要对contig进行去除。之前在比对时将contig也一块比对了，对后续的变异检测有没有影响？

问题 BLAST 比对建库

...交到了NCBI-CD-search，获得了如下结果（图一）；提交到Pfam数据库，获得了图二暂未出结果（图二）；提交到SMART数据库，得到了图三所示结果（图三）。 图一 图二 图三 在CD-search 里面，Incomplete出现N/C/NC端不完整的片段，...