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问题 SRA数据下载

我用命令ascp -v -QT -l 400m -P33001 -k1 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh --mode recv --host fasp.sra.ebi.ac.uk --user era-fasp --file-list fastq.txt ./ 下载SRA数据时总是断开，有什么办法可以让这个命令重复运行，能不能帮我写个shell 脚本 让这个...

问题 野生型亲本，抗性混池

...> merge.snp.clean.vcf.gz；mutplot -v merge.snp.clean.vcf.gz -r SZCTP1 -b SZCTR5  --N-bulk 29 -m 0.3 --out merge_pl。怎么几乎所有染色体都有定位啊？

问题 reseqv2.0镜像annovar报错

...eq/5.var_ann]# table_annovar.pl $workdir/4.snp_indel/var_qc/pyb4.clean.vcf.gz $refdir      -buildver unknown -out $workdir/5.var_ann/snp      -remove -protocol refGene -operation g -nastring . -vcfinput NOTICE: the --polish argument is set ON automatically (use --nopolish to change this behav...

问题 mutmap

perl mutmap/mutmap.pl -vcf data/mutmapDemo.vcf  -parent P -bulk Bulk -key Demo -od mutmapOut -win 2000000 -step 100000 -minCount 5 -ems 老师，以上是组学大讲堂里关于 mutmap 分析的命令，我看了 mutmap.pl 脚本里没有 --min-SNPindex 参数，我看好多文献都说，进行 ...

文章 零假设与备择假设

...解假设检验的思想以及掌握其方法都是十分重要的。只有更好地掌握假设检验的思想方法，才能在实践中应用假设检验方法解决实际问题。

文章 subset_row.r 提供列表，在行上取数据子集

使用方法： usage: /share/nas1/huangls/test/TCGA_GEO_immu/scripts/subset_row.r       [-h] -i input -m idlist -c colname [-o outdir] [-p prefix]get subset by IDoptional arguments:  -h, --help            show this help message and exit  -i input, --input input                ...

问题 MITE转座子

...因组注释课程的脚本，注释出的MITE类DNA转座子是否会和P, PIF, TcMar, hAT等类型的DNA转座子有重复？ MITE类转座子的结果非常高正常吗？我按照脚本运行，没有报错，结果如下，只有MITE和Gypsy的含量非常高，其他重复序列含量都很...

文章 PlantPAN数据库

...节网络的有效资源。         PlantPAN3.0 的首页，包含六个模块，分别是基因搜索、转录因子/转录因子结合位点搜索、基因集分析、启动子分析、跨物种和 ChIP-seq 搜索。 启动子分析 点击Promoter analysis,进入的页面为单个基...

文章 敏捷开发流程,您缺一个这样的协作平台

...优势。 敏捷开发宣言是这样重新定义研发过程： • 个体和交互胜过过程和工具 • 可以工作的软件胜过面面俱到的文档 • 客户合作胜过合同谈判 • 响应变化胜过遵循计划 敏捷开发模式的践行，并非易事。首先...

问题 SRA下载

...行，要不然我只能盯着服务器，断了之后人工再运行。ascp -v -QT -l 400m -P33001 -k1 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh --mode recv --host fasp.sra.ebi.ac.uk --user era-fasp --file-list fastq.txt ./ 是不是可以把这个命令多复制几行，放在shell 脚...

问题 利用snp找caps标记时出错

老师你好，我在使用如下命令 perl script/dcaps.pl -vcf E-P-chr8-out.snp -fa Chr08.fa -len 300 -od out -m 1000 2>out.log 出错，请问该怎么解决

文章 哪种生物信息学习方式最适合你？

...，资源还是很丰富的。 缺点就是不够系统，为了满足一个目标可能需要从多个地方找资料，当然也没人一起交流请教，全靠自己摸索，费时费力。 ↓↓录播↓↓ 点评：通常说网课一般就是录播教程了，优点是有了视频的演...

文章 开学了，你的细胞房需要彻底的除菌了！

...全、又彻底、时间又短的除菌方法呢?答案是——有的! Procell细胞房安全卫士——绿色、高效，完美替代各种杀菌剂!　 细胞房的角落或者室内墙壁上很容易有霉菌滋生， Procell自主研发的Room SafeGuard(细胞房安全卫士，货号：P-CC-...

问题 全基因组关联分析GWAS教程中的beagle填充问题

...为： cd $workdir  #回到工作目录mkdir 06.imputecd 06.impute beagle -Xmx10g -Djava.io.tmpdir=$TMPDIR gt=$vcf out=all.impute impute=true window=10 nthreads=5 具体报错为： java.lang.IllegalArgumentException: Sample Line68 has an inconsistent number of alleles. The first genotype is di...

问题 请问各位老师，WGCNA分析中没有性状数据，但分析了两份基因表达数据，我想要得到Module-module relationships的图，应该怎样修改这部分打的代码呢？

...ts###################################### # Define numbers of genes and samples nGenes = ncol(datExpr0) nSamples = nrow(datExpr0) moduleTraitCor = cor(MEs, datTraits, use = "p") moduleTraitPvalue = corPvalueStudent(moduleTraitCor, nSamples) sizeGrWindow(10,6) #pdf(file="8_Module-trait rela...