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问题 GCVF合并

...，在导入db这一步中，除了染色体，参考基因组还有contig7，contig53，contig164，这种怎么处理呢，-L 参数后面还需要跟contig吗？chr.list表格里还需要加上contig吗？ gatk  --java-options "-Xmx400g" GenomicsDBImport  \   -L chr.list --tmp-dir $tmpdir  ...

文章 linux设置磁盘自动挂载

[root@ruo8h2pmn5wly9 ~]# cp /etc/fstab /etc/fstab.bak [root@ruo8h2pmn5wly9 ~]# blkid /dev/vdb1 /dev/vdb1: UUID="468f89f6-32b7-432f-bd98-34d6fd8ad375" TYPE="ext4" PARTUUID="10b911a3-01" [root@ruo8h2pmn5wly9 ~]# echo UUID=468f89f6-32b7-432f-bd98-34d6fd8ad375 /data ext4 defaults 0 0 >> /etc...

文章 TCGA中癌症的名称，简写和中文名称

...称 中文名称 ACC Adrenocortical carcinoma 肾上腺皮质癌 BLCA Bladder Urothelial Carcinoma 膀胱尿路上皮癌 BRCA Breast invasive carcinoma 乳腺浸润癌 CESC Cervical squamous cell carcinoma and endocervical adenocarcinoma 宫颈鳞癌和腺癌 CHOL Cholangi...

问题 关于鉴定基因家族成员

...请教一下，在保守结构域鉴定基因家族成员时候，对于AB这个大家族他有A和B两个保守结构域，AB大家族的AB-C亚家族还有一个C保守结构域，但是我用C保守结构域的PFAM号去鉴定基因家族成员时，出现了只有C保守结构域但是没有AB...

问题 Fasttree构建进化树关于文件格式转换。

run_pipeline.pl -Xmx30G  -SortGenotypeFilePlugin -inputFile $vcf  \     -outputFile clean.sorted.vcf.gz -fileType VCF run_pipeline.pl  -Xmx5G -importGuess  clean.sorted.vcf.gz  \     -ExportPlugin -saveAs supergene.phy -format Phylip_Inter 请问老师，在构建进化树时第一步...

问题 MCscan运行问题：ZeroDivisionError: float division by zero

... ratio = span / totalZeroDivisionError: float division by zero 我得几个文件是 layout # y, xstart, xend, rotation, color, label, va,  bed .6,     .1,    .8,       0,      , ZM, top, ZM.bed .4,     .1,    .8,       0,      , SB, top, SB.bed# edgese, 0...

文章 R语言基础入门—数组

...的元素必须也是同一类型的数据。例如 - 如果我们创建一个维度(2，3，4)的数组，则会创建4个矩形矩阵，每个矩阵具有2行和3列。 创建数组 在R中，一般用array()函数来创建数组。array()的原型为： array(data = NA, dim = length(data)...

问题 超大的文本文件如fasta，fastq文件在windows中如何打开

1.7G的fa文件用什么工具可以打开，editplus和notepad++都打不开。

文章 关于CodeML分析中Branch-Site模型假设

branch-site models 类似于branch model和site model的合集，主要假设基因的不同位点间（site）和系统发育树的不同分支间（branch）的ω值均是变化的，目的是检验前景枝中正选择作用对部分位点的影响。 1.branch-site model 下的四种模型： ...

文章 两个诺贝尔奖强强联合--CRISPR基因编辑的ESC/iPSC应用于再生和个性化医学

...来进行基因敲除或敲入基因组操作。CRISPR系统可以产生单个或多个基因敲除，正确的突变或插入报道基因转基因。用CRISPR介导的ESC和iPSC的基因编辑，可用于探索谱系选择，分化和干细胞命运的遗传决定因素，从而使研究人员能...

文章 木薯KUP基因家族分析-基因组质量差也挡不住基因家族鉴定分析

...。尽管如此，作者还是通过基因家族的分析与鉴定发了一个不错的文章（IF=3.394）。所以此篇文章对于没有组装到染色体水平的物种进行基因家族具有借鉴意义，下面一起看下这篇文章内容！ KUP基因家族简介及分析意义： 钾...

问题 DNA甲基化测序为什么比重测序贵那么多？

最近想做些DNA甲基化的实验，就找之前做重测序的公司询价，但是报价高了好多，每G数据量价格差不多翻倍了，他们的销售也说不出所以然，请问这个情况正常吗？

问题 blast2go本地化过程中，导入数据库不全，请问老师是哪一个数据库出了问题？我还想要一份无参GO注释的流程或者手册之类的，谢谢

老师，我按照网上的流程（https://www.plob.org/article/6113.html）进行blast2go本地化，执行以下命令后，我的b2gdb这个文件下并没有作者显示的这么多，请问是哪一个数据库我导入出了问题？有没有无参GO注释的流程或者手册之类的推荐...

文章 agilent表达谱芯片注释信息提取

...仅使用Cy3的单色芯片，数据上比较混乱，而GEO中提供的GPL信息文件格式和affymetrix  、illumina 的表达谱芯片对应的GPL格式差别较大，虽然格式整齐，并不完全规范（相对于直接利用GEOquery下载芯片注释文件而言）。 2、若直接下...

文章 rgb函数选择颜色（并控制深浅）

...aluenumber giving the maximum of the color values range, see above. 第四个数值，也就是alpha是透明度值 0 完全透明，而最大值意味不透明，简单来说就是控制了颜色的深浅。 譬如最大值255，alpha=20 对应的图片： barplot(1,1,col=rgb(255,0,0,20,maxColor...