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问题 Error running system command:

...t vcf4 /work/my_reseq/4.snp_indel/all.clean.snp.vcf.gz > /work/my_reseq/5.var_ann/snp.avinput> NOTICE: Finished reading 5099177 lines from VCF file NOTICE: A total of 5099109 locus in VCF file passed QC threshold, representing 5099109 SNPs (3715827 transitions and 1383282 transversions) and ...

问题 getorganelle组装线粒体出现问题

...右的序列，请问怎么设置参数才能不 only top reads进行后续分析，而能够使用全部reads进行后续分析

文章 记录一个用AI排除错误banksy

... (ctrl+o to expand) ● 找到了根本原因。让我确认 Matrix 包的版本。 ● Bash(Rscript -e 'packageVersion("Matrix")' 2>/dev/null) ⎿  [1] ‘1.7.6’ ● Bash(Rscript -e 'library(Matrix); getClassDef("zgeMatrix")' 2>&1) ⎿  NULL ● Bash(Rscript -e ' library...

文章 parted磁盘分区 格式化，挂载

... EXT4是Linux系统下的日志文件系统，是EXT3文件系统的后继版本。  （1）Ext4的文件系统容量达到1EB，而文件容量则达到16TB  （2）理论上支持无限数量的子目录  （3）Ext4文件系统使用64位空间记录块数量和i-节点数量  （4）Ext...

文章 使用picard对参考序列建索引时报错“java.lang.IllegalArgumentException: File is not a supported reference file type”

... 解决问题： 报错原因已经提示，就是参考序列文件格式不支持。但文件内容很正常，最后发现是参考序列文件后缀的问题。将.faa后缀改为.fa后缀就解决了。 10:31:43.112 INFO NativeLibraryLoader - Loading libgkl_compression.so from jar:file:/shar...

问题 https://snp-seek.irri.org/_download.zul从这个网站下载全基因组测序文件，进行GWAS分析，下载哪几个啊

愁死了，手里有从这个基因库的一些品种，想把这个基因库的全基因组序列下载下来，可是不知道怎么下

文章 胃癌免疫侵润预后Signature数据挖掘-糖酵解

...0 Sep18;10:1778. doi:10.3389/fonc.2020.01778. eCollection 2020. 文章分析分析思路 数据：TCGA数据库中375例胃癌表达数据用于模型构建，GEO数据库3个数据集用于模型验证, GSE26253 (n = 394), GSE26901 (n = 109), GSE66229 (n =300) ，对于生存期<30天的...

问题 老师您好，不同样本使用的引物不同，课程提供的脚本在去噪这一步以及后续物种注释都只有一个引物。如何对不同引物进行统一的物种注释和多样性分析？

下载得到了不同样本的sra文件，由于样本不同使用的引物序列也不一样。想把他们放在一起分析，得到他们的多样性和物种注释

问题 基因组注释提取，gff3_file_to_proteins.pl 序列出错，跟官网给的序列不一致

...ff3  --fasta  $genome --seqType prot >$species.pep.fa 这一部分的分析，提取出来的蛋白序列与官方发布的蛋白序列有出入，而且U等氨基酸字母会直接被改成"*",例如： 用脚本提取的蛋白序列其中一个序列： 而在官网给的蛋白序列fa文...

文章 项目管理最佳实践，企业如何进行有效的项目管理

...提供给客户的可交付成果（KR）；项目目标确定后，就要分析实现这个目标要做的工作或者是衡量目标完成的标准3.确保覆盖100%的工作；项目范围要确保能覆盖到完成这个项目所需做的所有工作4.进一步细化1和2的每一项，使其形...

文章 TCGA临床数据中的TNM分期，如何转换成WGCNA分析中的性状数据

WGCNA中的性状数据，主要可以分成两类： 1. 数量性状的数据 数量性状的数据，不需要改变，保持原有的值即可，比如年龄，复发时间等。 2. 分类数据 分类数据，需要进行one-hot 编码。也就是说分类数据只有0，1两种值，不同...

文章 颜色相关网站推荐——颜色吸管工具，RGB与十六进制颜色码转换

一、颜色吸管工具 颜色吸管 - 在线颜色工具 - PhotoKit.com 点击网页中吸管标志，即可在任意位置取色并识别为颜色编码 二、RGB与十六进制颜色码转换 RGB色阶代码查询 代码反向查询颜色 (59178.com) 可以实现RGB颜色码与十...

文章 Oncomine数据库介绍

...片数据集、4700个芯片及4亿8千万个基因表达数据，可用于分析基因表达差异、寻找离群值、预测共表达基因等，并可根据肿瘤分期、分级、组织类型等临床信息进行分类，还可依据已知的基因—药物分析寻找可能的分子标记物与...

问题 请问各位老师，在做转基因时候需要考虑mRNA的5'UTR序列和3'UTR端序列么？

现在通过3代测序已经获得了靶基因的CDS序列，并且RNA也通过Poly T已经反转录成cDNA。现在准备做转基因工作，请问在做的时候该基因只需要CDS区序列，还是说得考虑把5'UTR序列、3'UTR序列也PCR进去？谢谢各位老师！

文章 噬菌体表面展示技术原理及四大分类详解

...入噬菌体外壳蛋白结构基因的适当位置，在阅读框正确且不影响其他外壳蛋白正常功能的情况下，使外源多肽或蛋白与外壳蛋白融合表达，融合蛋白随子代噬菌体的重新组装而展示在噬菌体表面。被展示的多肽或蛋白可以保持相...