文章 circos-基因组圈图绘制软件基础绘图

...最简单的入手（如下图），来教大家掌握绘图方法！ 数据准备 参考上图，绘制需要两项基本内容，其一是染色体信息文件（核型文件），主要目的是在图片上显示出染色体，并进行颜色等相关设置；其二是标签文字文件（文...

文章 univariate_cox.r 临床数据单因素cox回归分析

使用方法： 指定单个变量做cox回归分析，可以是临床数据 $Rscript $scriptdir/univariate_cox.r -h usage: /share/nas1/huangls/test/TCGA_immu/scripts/univariate_cox.r [-h] -i data -t time -e event -v variate [variate ...] [-b blocksize] [-o outdir] [-p prefix] unvar...

文章 R语言如何绘制MA图

MA图简介 MA图主要应用在基因组数据可视化方面，实现数据分布情况的展示。早期主要应用于DNA芯片数据，现在常用于高通量测序数据中基因差异表达分析结果的展示。 其计算公式如下： M一般做Y轴，A一般做X轴。 M常对应...

问题 TCGAbiolinks下载“Copy Number Variation”在提取矩阵时报错（在下载miRNA和甲基化数据时也遇到这个问题）， expdat变量不是SummarizedExperiment这个类型，导致assay(expdat)不能提取，请问怎么解决

...ry(SummarizedExperiment)library(TCGAbiolinks) #下载Copy Number Variation数据  query <- GDCquery(project =  "TCGA-CHOL",                     data.category = "Copy Number Variation",                     data.type = "Copy Number Segment")    GDCdownload(query, method...

问题 老师您好，我们在水稻泛基因组数据库https://ricerc.sicau.edu.cn/中下载的基因组序列文件，格式不是.fa后缀的，可以用来分析吗，是不是需要转换一下格式？

下载的文件格式是.genome的格式

问题 RNAseq有参转录组数据自主分析课程 ，运行建立基因组索引命令时，报错，无法获取gene_length.txt文件，请问是什么原因？如何处理呢？

根据RNAseq有参转录组数据自主分析课程 ，运行建立基因组索引命令时，报错，无法获取gene_length.txt文件，请问是什么原因？如何处理呢？另外，得到的exons.tsv和splicesites.tsv文件是空的，请问这种情况正常吗？ 运行代码：sh $scrip...

问题 做WGCNA分析时，课件给的trait_D.txt文件是自己做的还是都可以用，我现在有LncRNA和mRNA差异表达的数据，想用WGCNA做它们的共表达，应该如何操作？

问题 在学习基因鉴定家族课程中，我尝试做草莓基因Mapk基因家族的鉴定，但在ensembl网站下载有关草莓基因组的数据文件时，未找到相关草莓基因组是怎么回事呢？有什么解决办法吗？

问题 一个基因的domain在不同的数据库网站上的注释长度不同，比如在CDD上1-30，在RGAP上1-31。我是否可以在在构建进化树时，同一使用CDD注释的长度。

问题 老师您好，我准备用LInux虚拟机下载Aspera数据 我按照网上的方法，用家族分析的BIO-Linux：Wget加上网址 下载Aspera怎么不能连接出去呢？是不是虚拟机用错了？

问题 请教一下TCGA的蛋白数据怎么理解，它是有正负值的，这个正负值代表什么意思，为什么蛋白表达会有负值？我只想给它分成高表达，低表达和表达缺失组应该怎么处理呀？

文章 快速解读：3-5分的蛋白质组学文章思路

...层面。 做了蛋白质组学分析之后，随之而来的问题就是数据的深入和文章的撰写，这让很初学者都头痛不已。 这里，小编就用一篇今年发表在frontiers in plant science的蛋白质组学文章给大家讲解一下相应的文章思路。 灰霉病是...

问题 在R中进行差异表达分析，运行GDCdownload(query = query, directory = DataDirectory,files.per.chunk=6, method='client')代码时，数据下载失败，并显示如下错误

Error in download.file(url, method = method, ...) :    无法打开URL'https://gdc.cancer.gov/files/public/file/gdc-client_v1.5.0_Windows_x64_0.zip' 此外: Warning message: In if (grepl("^https?://", url)) { : 条件的长度大于一，因此只能用其第一元素，还请各位大神帮帮忙...

文章 这种机器学习算法已经在微生物分析中成功应用

...依赖关系，对于经常呈现离散、不连续分布的微生物群落数据而言尤其适用。 简单的说，随机森林就是用随机的方式建立一个森林，森林里面有很多的决策树，并且每棵树之间是没有关联的。得到一个森林后，当有一个新的样...

文章 遗传家系图代表意思以及绘制技巧

...因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...