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因为这个家族只在拟南芥里鉴定过，只有18个成员，我做的亚族只有4个成员。现在拟南芥和大麦构建进化树的结果没法做比较
从TCGA下载下来的甲基化数据中，最后一列Feature type ，是对甲基化位点的位置分类。主要包括5类： N_Shelf：CpG岛上游2-4 kbp N_Shore：CpG岛上游0-2 kb CGI： CpG岛 S_Shore：CpG岛下游0-2 kb S_Shelf：CpG岛下游2-4 kbp 其示意图如下： 如...
...“跌跌不休”，但测序费里仍然有一半以上是数据分析费用，如果自己会分析数据，那不仅可以把测序支出再降低一半，更重要的是分析速度也会大大加快，真正做到提高科研产出！但一旦涉及大量数据的分析，如何获得计算资...
老师在课程中使用的示例文件中vcf文件中四个样本的顺序是双亲，然后子代。但是我发现我的vcf文件的顺序是双亲在后面，两个子代池在前面，这种怎么调整顺序呢，或者会不会影响qtlseq的运行
按照K到10计算是处于递减的状态，于是我改到了30，发现最佳K值为27，请问老师应该采用K值为27还是10呢？
...SRR List文件： 按照规律生成ftp下载地址： 粘到迅雷中发现都是空的。 第二种方法是获得了SraRunInfo.csv文件，如下： 在biolinux中用wget命令： wget https://sra-downloadb.be-md.ncbi.nlm.nih.gov/sos1/sra-pub-run-2/SRR2080194/SRR2080194.1， 结...
超几何分布是统计学中的一种离散分布，它描述了由有限个物件中抽出n个物件，成功抽出指定种类的物件的个数。 也是生物信息学中常用的一种统计分布模型。我们在GO，KEGG的富集分析时就采用的是这个模型。 其数学表达式如...
老师好，在使用Mev绘制基因表达量热图时，按照论坛帖子提供的方法进行操作，表达量矩阵和最终得到的heatmap如下，有两个基因Unigene0036305和Unigene0024019的表达趋势确是相反的，请问这个问题怎样解决呢？的表达量
...片修改是，要用到节点ID， 例如下面的注释文件： 其中I148和I110就是节点ID，然而这在很多的进化树文件（如nwk文件）中并没有，那要怎么使用呢？ 其实很简单，进化树文件中的 node id 是不需要生成的，iTOL在导入nwk文件时会...
在转录组差异基因分析中GO富集分析这一步，有两个表格统计的差异基因数量不一致，如下图所示： A_vs_B.GO_ann.stat.xls文件： A_vs_B_GO_enrich.xls 同是extracellular region，差异基因的数量却不相同，这是由于两个表统计的方法不太...
...很多iTOL绘制进化树的文章，今天小编再介绍一下进化树中添加热图（如下图所示）的方法。 使用的工具依然是iTOL这款在线软件，可点这里 绘一棵超酷炫的系统发育树 了解iTOL的使用方法。基础的使用方法就不再讲述了，只...