文章 高质量黑麦基因组组装揭示重要农艺性状基因

...自交后产生的稳定的纯合自交系材料进行了基因组测序和分析。 二.实验材料 基因组获取：威宁黑麦自交18代后获得的高度纯合自交系材料，并用荧光原位杂交法确认其基因组带有 7 对染色体。 威宁黑麦(图源自网络) 三.研究...

问题 老师，请帮忙，感谢。结果有参转录组5.deg报错。

文章 stacks RAD 分析方法

The sequence reads were processed by Stacks version 2.6[1].We used the process_radtags function to clean the tags, discarding reads of low quality (-q), removing reads with uncalled bases (-c) and rescuing barcodes and radtags (-r). SNP calling for each individual was done using the program denov...

问题 泛基因组分析教程中的env.sh文件运行自己相应物种时，里面的命令行是不是要进行修改如下图所示

...应该改成“baxijiao”。第三行写的是WRKY99，是不是代表要分析的泛基因家族的基因名字？如果是的话那我就应该改成我自己的现在分析的基因名称，比如SBP。另外还有其他要改的吗？不知道我理解的对不对，请解答，谢谢

文章 SOM(Self-organising maps，自组织）简单介绍

...欧几里德距离。权重向量与输入最相似的神经元称为最佳匹配单元（BMU）。BMU 的权重和 SOM 网格中靠近它的神经元会朝着输入矢量的方向调整。一旦确定了 BMU，下一步就是计算其它哪些节点在 BMU 的邻域内。自组织的组成部分初...

问题 泛基因家族分析家族成员存在缺失分析，获取PAV_gene.list和Fam_gene.list

老师，我正在做泛基因家族分析家族成员存在缺失分析中，#使用脚本得到存在缺失基因列表和绘图列表——"PAV_gene.list"、"PAV_draw.list" ;以及基因家族编号对应的基因编号的从属列表——"Fam_gene.list"这一步，使用指令perl /work/scripts...

文章 cox回归PH假设检验

...简称Cox回归模型，有效地解决了对于生存资料进行多因素分析的问题。     但是Cox回归模型在应用时，有一个非常重要的前提条件，即比例风险（Proportional hazards）假定，简称PH假定。      PH假定的基本假设为：协变量对生...

文章 Centos7下Rstudio-service配置教程

...动RStudiorstudio-server status #查看RStudio状态 设置使用的R版本：  vi /etc/rstudio/rserver.conf#设置内容如下：# Server Configuration Filersession-which-r=/share/work/biosoft/R/R-v4.0.3/bin/R rsession-ld-library-path=/share/work/biosoft/gcc/gcc-v6.4.0/lib64/:/usr/lib:/usr/l...

问题 老师您好，我想比较蝶形花亚科物种的叶绿体基因组，由于已经发表的基因组较多，应该如何选择有代表性的进行分析

老师我想比较蝶形花亚科的叶绿体基因组，但到目前为止，已经发表的已经有70多种，不可能都进行比较，那如何选择有代表的物种进行分析呢，大概选择几种合适？

问题 计算串联重复基因的KA/KS出现以下问题

共线性分析中的axt文件，计算Ka时需要把中间的空白和对应的序列删除吗？因为两条序列不等长，我删了之后，还是计算不出结果。 输入命令后得出以下结果： 这是两个序列的相似度，结果如下： 序列中的空白都已经删除...

问题 我鉴定的家族成员的基因ID和已经发表文献的基因ID不一样，如何让两者对应起来？下图左侧是文献中的基因ID，右侧是我鉴定出来的基因ID，数量一致。

不然没有办法进行深入的分析啊。我要利用以前发表文献的相关信息来写文章。请问咋解决？只能通过下载和已经发表文献推荐的网址来下载基因组数据吗？

文章 群体遗传进化进化树分析方法：

...csclass.com/article/671 视频课程推荐： 重测序数据自主分析：https://bdtcd.xetslk.com/s/1VQOjQ群体遗传进化分析https://study.163.com/course/introduction/1212073805.htm?share=1&shareId=1030291076

文章 iTOL对进化树添加外部标签

...下： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）...

问题 泛基因家族系统发育树

老师，我在泛基因家族分析构建系统发育树得到all.domain.treefile文件，将其上传至iTOL,得到下面的图（根在红色圈圈那儿），   在网站https://www.omicsclass.com/article/343也看到跟我的图类似的结果，我现在的问题是，我的家族成员鉴...

文章 libgomp.so.1: version `GOMP_4.5' not found 报错

...libs/data_table.so) 原因是 /share/work/biosoft/lib/libgomp.so.1库的版本太旧，无法满足data.table所需的GOMP_4.5符号版本。 解决方法将新的库加到环境变量里： export LD_LIBRARY_PATH=/share/work/biosoft/R/R-v4.2.2_meta/lib64/R/library/:$LD_LIBRARY_PATH