问题 基因家族全基因组文件如何选择？条目太多，不知哪个是教学中讲解的protein.all文件/cds.all文件/cdna.all文件？还望老师讲解一下每个文件中具体包含的是哪些信息？衷心感谢！

https://genome.jgi.doe.gov/portal/Phyca11/Phyca11.download.ftp.html

文章 如何鉴定长距离运输的mRNA?

上一期给大家介绍了一篇如何鉴定嫁接中长距离运输mRNA的方法：嫁接中长距离运输的mRNA是如何鉴定的？今天给大家介绍已经发表的第2种鉴定长距离运输的mRNA的方法，两者方法类似，但也各有不同，该方法引入了SNP用以排除假...

问题 TCGA中miRNA可以区分5P和3P么？

问题 请问下面图片中的提示是什么问题，谢谢

问题 基因组组装和注释镜像中bwa报错

文章 ValueError: invalid literal for int() with base 10: ''

... for int() with base 10: '' 这个错误我推测是mcscan_seqid文件中的染色体编号中必须带数字，所以我删除最后一条染色体，运行成功； 但是如果要显示不带数字的染色体，怎么办呢：可以手动修改染色体编号加上数字（mcscan_seqid...

问题 TCGA转录组数据有3中类型，下载哪一种比较好？

GDC上的TCGA的转录组数据，目前支持3中类型下载，分别是Count, FPKM和FPKM-UQ， 下载哪一种比较好呢？

问题 R语言中$符号和@符号取值区别？

想得到Vennerable绘制韦恩图，每一个交叉位置对应的ID信息，不知道怎么取得？

话题 RNAseq的docker分析中获取基因全长报错

话题 【Linux】查看文件中的某几行（中间几行）

文章 NCBI上传高通量测序数据到SRA数据库 aspera 支持续传

...数量有限；一旦链接断开就得重新来： 这里介绍用linux中aspera的命令行来执行上传数据，会更稳定： linux当中安装与使用： 1.安装，下载地址：https://downloads.asperasoft.com/en/downloads/62 得到文件如下： 64-bit Linux: aspera-cli-x.x.x.xx...

问题 老师，我们之前在NCBI已经上传过一株弧菌的二代测序基因组序列，现在想上传同一株菌的三代测序全基因组序列，想问下老师，Bioproject号是用之前二代序列的那个呢、还是重建一个呢？然后申请完bioproject和biosample后，对三代序列上传的位置有点迷茫，不知道三代序列应该上传至Genome/Genbank/SRA中的哪一个位置？希望老师可以指点指点，谢谢老师。

文章 perl 中 $#ARGV 是什么意思

perl中会遇到一些特殊的符号，让人不知道是干嘛的，例如前不久遇到的 $# 后加数组名（$#ARGV），第一次见不知道代表什么，查阅后才知道他代表数组的个数减一，即数组@ARGV最后一个元素的索引。用处也就是在程序开始时判断...

问题 在BSA分析结果给的候选区域文件quantile99_SNPs_in_region_gene_anno中，发现与all_sample_snp.vcf对比后，发现好多SNP位点没有，请问是什么原因？

在BSA分析结果中，对候选区域文件quantile99_SNPs_in_region_gene_anno的SNP位点进行查看并与all_sample_snp.vcf对比发现在这个候选区域中，有些位点没有，这是什么原因？ 候选区域及候选区域基因注释的文件中，如snp位点142198是一个在父母...

问题 cytoscape软件中cytohubba计算问题

你好，冒昧打扰你啦。我看到你好像也遇到过cytohubba得到的结果每次都不一样的情况，不知道你后来解决了吗，想来请教你一下