文章 百万样品GWAS解释精神疾病间的遗传关系

...病会并发，当不同疾病之间相互影响的时候，我们很难去分析它们的根源。 2018年，该领域最大规模的研究项目成果刊发在《Science》上，该项目由大名鼎鼎的Broad研究所牵头，全世界范围内有超过600个研究机构共同参与。 百万...

文章 统计不同样品-生物学重复基因表达量数据合并和绘图统计

...做了 一个对照和处理各取了四个时期的样品进行转录组分析，每个样品3个生物学重复，共24个样品基因表达量数据； stage1stage2stage3stage4controlDAF2 DAF5DAF11DAF16caseGDAF2 GDAF5GDAF11GDAF16 以上是输入数据，CK代表DAF，T代表GDAF，样品2...

文章 Linux 统计目录下文件数量的方法

...命令的使用方法。 1、统计当前目录下文件的个数（不包括目录） ls -l | grep "^-" | wc -l 结果为4，只包括：data.cfg、  id.txt、  qstat.xls、  w.sh，这4个 2、统计当前目录下文件的个数（包括子目录） ls -lR| grep "^-" |...

问题 在R中进行差异表达分析，运行GDCdownload(query = query, directory = DataDirectory,files.per.chunk=6, method='client')代码时，数据下载失败，并显示如下错误

Error in download.file(url, method = method, ...) :    无法打开URL'https://gdc.cancer.gov/files/public/file/gdc-client_v1.5.0_Windows_x64_0.zip' 此外: Warning message: In if (grepl("^https?://", url)) { : 条件的长度大于一，因此只能用其第一元素，还请各位大神帮帮忙...

问题 pacbio 三代全长转录组数据分析流程 Iso-Seq 3

您好，看了您发的《pacbio 三代全长转录组数据分析流程 Iso-Seq 3》的帖子，受益很多。我自己也刚接触三代测序的数据，现在是拿到原始数据了，做得是无参物种，做到“lima ccs.bam barcoded_primers.fasta  demux.ccs.bam --isoseq --no-pbi...

问题 你好，我是初次接触网络分析绘图，在R中运行以下代码总是报错

运行下面的代码时Abu=read.table('ES.txt',header=T) Abu<-as.matrix(Abu) table<-Abu table[table>0]<-1 table.generalist<-Abu[which(rowSums(table)>=1),]  Abu<-table.generalist总是出现Error in V<-(*tmp*, value = *vtmp*) : invalid indexing这种报错，我想可能是...

文章 R语言如何绘制MA图

...DNA芯片数据，现在常用于高通量测序数据中基因差异表达分析结果的展示。 其计算公式如下： M一般做Y轴，A一般做X轴。 M常对应差异表达分析获得的差异对比组之间基因表达变化log2FC。 A可以利用差异对比组的FPKM进行计算...

问题 WGCNA分析，前期数据载入Rstudio中出现“error reading from connection”，这该怎么解决？我看到官方网站就是这样的代码。

在将表性数据与模块数据进行联合分析来识别高度关联的模块的过程中，界面不小心关掉了，我想将前期保存的数据进行调进来进行分析。但是在第二部建立模块的数据调入过程中，总出现“error reading from connection”，这需要怎...

文章 PASA 记录

...lean过滤之后的结果4. FL_accs.txt # 全长转录本序列的ID名称5. tdn.accs # denovo 组装的ID（无参转录本预测的序列）6.  SQLite 或者是mysql数据库7. alignAssembly.config # PASA运行的 二、PASA运行命令： Launch_PASA_pipeline.pl  -c -C -r -R -g -T  -...

问题 群体遗传分析中iqtree构建系统进化树出现警告和错误

...序列，却会被识别为蛋白序列呢？这个警告会影响后续的分析吗？是忽略这个警告还是对文件做一些修改？ 另外还有应该问题就是下面这些Composition处的failed是怎么回事？为什么全都是failed，是我的文件有问题吗？是忽略这个...

话题 5

问题 WGCNA中过滤低表达量（0.5）时datExpr0=datExpr0[1:n,datExpr0[n+1,] > meanFPKM]不成功，且变量从上步30769变成了0. ？

老师，您好，WGCNA分析中，过滤低表达量的数据中，运行代码如图，运行到datExpr0[n+1,]=apply(datExpr0[c(1:nrow(datExpr0)),],2,mean)一切正常，有30769个变量，但是datExpr0=datExpr0[1:n,datExpr0[n+1,] > meanFPKM]这步运行始终不成功，也不报错，变量...

文章 研究生怎样才能和导师打成一片？

经过漫长的考研之战，相信不少同学已经成功考上了自己心仪的学校， 并且已经和自己未来的导师有了一些沟通和联系， 你已经这就完了吗? 并不是！！童靴，你“波澜壮阔危机四伏”的研究生生涯才刚刚向你招手哦~ 就拿...

文章 蛋白质的理化性质除了用Expasy网站还能用TBtools等分析

基因家族的生信分析少不了理化性质的分析，蛋白质理化性质是蛋白质研究的基础 蛋白质的基本性质包括以下内容： 相对分子质量 (KDa)、等电点(PI)、负电荷残基（Total number of negatively charged residues）、正电荷残基（Total number of...

问题 非模式物种功能注释与GO KEGG富集分析遇到问题

老师，您好，请问：当我在用下载的参考基因组做注释库时，首先是保留蛋白编码基因，运行代码是：agat_sp_filter_feature_by_attribute_value.pl --gff  $gff --attribute gene_biotype --value protein_coding -t '!' -o P1.protein_coding.gff。再查看结果文件的...