文章 组装"预实验" | 基因组调研图

...1bp.# -s 3G 存储用的hash表大小为3G，这个参数识别单位M(Mbp)和G(Gbp)。如果设置不够大，会生成多个hash文件。最好设置的值大于总的独特的(distinct)k-mer数。如果基因组大小为G，每个reads有一个错误，总共有n条reads，则该值可以设置...

文章 linux sort 命令 指定Tab分隔符

...学习链接：WGCNA-加权基因共表达网络分析 4. 转录组数据怎么挖掘？学习链接：转录组标准分析后的数据挖掘 5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读 6. 更多学习内容：linux、perl、R语言画图，更多免费课程请点击以下链接： htt...

文章 PASA 记录

... 在跑完PASA之后，关键结果就是pasa.sqlite.pasa_assemblies.gff3和pasa.sqlite.assemblies.fasta 四、出现的相关报错 1. 前一步的validate_alignments_in_db.dbi 没跑出来导致没有 alignment.validations.output这个文件 sh: alignment.validations.output: No such file or d...

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-结直肠癌 CRC(GSE178341)

...癌肿瘤相比，错配修复良好的肿瘤表现出免疫细胞的存在和活性升高。为了了解免疫反应模式以及这些类型结直肠癌之间的主要差异，我们对来自 28 名 MMRp 和 34 名 MMRd 患者的 371,223 个肿瘤细胞和邻近正常细胞进行了转录分析。...

问题 怎么在linux下安装和使用R

如何在linux服务器上安装R package，因为电脑上在安装的R中运行qtl-seq.r太卡了，所以请问如何在linux下安装使用R包？

文章 perl 多线程

...------------实例说了这么多，多线程在生物信息中到底可以怎么来运用，下面给一个简单的实例。从KEGG数据库（http://www.genome.jp/kegg/）上搜索同源序列。所需文件：seqname.txt(用于存放需要搜索的序列KEGG名称)；源码： use strict;use ...

文章 parted磁盘分区 格式化，挂载

...ev/sda 是要删除分区的设备。将 parted commnad 与 /dev/sda 设备一起使用，如下所示： 1# parted /dev/sda 查看分区表，确定要删除的分区的次要编号： 1# print 使用命令 rm 删除分区。例如，要删除次要编号为 2 的分区： 1# rm 2 注意：...

文章 一文教你绘制九象限图

...工具，能够帮助我们清晰地展现两组变量之间的分布模式和潜在的生物学机制。 什么是九象限图？ 九象限图通过将两组变量分别划分为高、中、低三个水平（通常基于均值或中位数），从而将样本点分布在九个象限中。这...

文章 微生物生态研究中常用数据库简介--转载

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文章 全基因组加倍/复制介绍（whole genome duplication, WGD）

... somniferum, and A. coerulea 的旁系同源基因的4DTv峰值几乎挨在一起，说明他们经历共同的加倍事件。另外 Pso_Pso在0-0.06处有一个单独的峰，说明罂粟经历了近期的独有加倍事件。 参考文献1. Kang Zhang, Xiaowu Wang, and Feng Cheng. Plant Polyploid...

文章 群体遗传进化分析用MEGA

...然后利用一代测序的方法获得这些克隆的序列信息，那么怎么对这些个体基因序列进行分析，并进行相关的群体遗传进化分析呢？MEGA能满足这一分析的绝大部需求。 MEGA是已经大家都比较了解的一个分子进化遗传分析的软件，...

问题 用MEGA怎么做多个物种的进化树

将多个物种的结构域所在的蛋白序列整合在一起后用MEGA操作，显示无法估计某些成对距离

文章 单细胞分析绘制marker基因展示图时如何设置细胞排布顺序

...图细胞排序按照字符顺序排序，这里的mono细胞我想放在一起，该怎么做呢？ 下面给出示例代码： #气泡热图marker <- c("IL7R", "CCR7", "CD14", "LYZ", "S100A4",     "MS4A1" ,"CD8A", "FCGR3A", "MS4A7" ,    "GNLY", "NKG7", "FCER1A" ,"CST3" ,"PPBP" )#设...

文章 Cox与KM生存分析及结果解读

...，学习链接：WGCNA-加权基因共表达网络分析4. 转录组数据怎么挖掘？学习链接：转录组标准分析后的数据挖掘、转录组文献解读5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读、OTU网络图绘制、cytoscape与网络图绘制课程6. 生物信息入门到...

问题 老师 就是在计较基因组学哪里 请问一下下面这些物种的这些物种怎么下载它的genome.fasta和gff3啊 我在ensemble plant和jgi上都没找到，而且在ncbi上找到下载啦 打不开，，这种要怎么解决啊，