文章 用R语言快速合并大量表格文件

...t = lapply(filenames, function(x){  read.table(file=x,header=T,sep = "\t",check.names = F)})dd=join_all(datalist,by="id", type="full")  #注意指定文件共同的列明by， type 也有left 以第一个文件ID为准，right，inner  取交集，full 取并集write.table(dd,file ="merged.all.ts...

文章 跨物种进化研究必备的‘单拷贝直系同源基因’如何查找

...s config assumes a mysql database named 'orthomcl'.  adjust according# to your situation.dbVendor=mysql                #使用的数据库为mysql，若为oracle，则改成oracledbConnectString=dbi:mysql:orthomcl        #连接到mysql里的orthomcl数据库  dbLogin=wangq        ...

问题 老师您好，进行比较基因组分析时候，单拷贝直系同源群为0，后续的分析就出现了报错，这是什么原因，是我选择的基因组不合适还是其他原因。

...15:06:41 2025-08-08 15:06:41 : Written final scores for species 0 to graph file 2025-08-08 15:06:44 2025-08-08 15:06:44 : Written final scores for species 3 to graph file 2025-08-08 15:06:46 2025-08-08 15:06:46 : Written final scores for species 1 to graph file 2025-08-08 15:06:48 2025-08-08 15:0...

文章 轻松搞定iTOL注释文件

... 0/1 to logical vectors ('keep') [default: none]        -C FILE, --colour-file=FILE                File in YAML format defining alternative colour vectors for domain output [default: ]        -d, --double-to-bars                Cr...

用户 enjoy your weekend

文章 如何绘制SNP密度图

...row = TRUE, ncol = 5)opt <- getopt(spec)#+--------------------# check options#+--------------------if ( !is.null(opt$help) | is.null(opt$input) ) {  cat(getopt(spec, usage=TRUE))  q(status=1)}if ( is.null(opt$binsize ) )            { opt$binsize = 1e6 }if ...

问题 tgsgapcloser报错

.../latest/build/bin/racon INFO  :   Parsing args end . INFO  :   Checking basic args & env ...               -   Doing error correction by racon with tgs reads.               -   TGS reads type is ont . MINIMAP2_PARAM is  -x ava-ont   MIN_IDY is 0.3 . MIN_MATCH i...

问题 基因家族提取用hmmsearch --domtblout result.txt --cut_tc zf-C2H2.hmm Fvesca_226_v1.1.protein.fa 时提示 Failed to open tabular per-dom output file result.txt for writing

我用Bio-Linux-8.0.7.2018.10.31可以运行这一步，但Bio-Linux-8.0.7-2019.3.20这个版本运行出现上的提示，请老师指导

问题 R语言下载GSE数据一直在报错

... ## 注释文件 + getGPL = T) ## 平台文件 Found 1 file(s) GSE95394_series_matrix.txt.gz Failed to open file C:\Program Files\R\GSE95394_series_matrix.txt.gz.curltmp.File stored at: ./GSE95394_series_matrix.txt.gz 错误于downloadFile(url, destfile = destfile, mode = "wb"): ...

问题 R语言下载GSE数据一直在报错

... ## 注释文件 + getGPL = T) ## 平台文件 Found 1 file(s) GSE95394_series_matrix.txt.gz Failed to open file C:\Program Files\R\GSE95394_series_matrix.txt.gz.curltmp.File stored at: ./GSE95394_series_matrix.txt.gz 错误于downloadFile(url, destfile = destfile, mode = "wb"): ...

问题 plink 报错

Error: --set-missing-var-ids requires a sorted .bim file.  Retry this command after using --make-bed 之前的vcf文件运行用样的命令就不会出错呢，这难道是vcf文件位置顺序不对？

文章 R批量读取文件

利用list.files()，批量读取同一文件夹下的文件 例如针对目录下的三个txt文件进行读取： > tem = list.files(pattern = "*txt")> ABC = lapply (tem,function(x)read.table(x,sep="\t")) ABC 是一个列表数据,可以通过下面的方式获得每个文件内的内容...

问题 MCScanX下游分析出错

安装的时候，一切都很顺利，然后MCScanX对at的共线性分析也很顺利，但是在下游分析family_circle_plotter，报错了。再次回到MCScanX下去make的时候，不成功，报错为：Nothing to be done for 'default'.

文章 Dsuite软件安装时编译报错

在安装Dsuite软件时遇到make报如下错误： Dsuite_common.cpp: In function 'int assignNumLinesToAnalyse(int, int, const std::string&)':Dsuite_common.cpp:124:45: error: 'istream_iterator' is not a member of 'std'  124 |         VCFlineCount = (int)std::count(std::istream_iterator&...

问题 重测序

... looking for matching `"' sh: -c: line 1: syntax error: unexpected end of file sh: -O: command not found warning, cmd: sh: -c: line 1: syntax error: unexpected end of file warning, cmd:   echo "RUN CMD: gatk --java-options '-Xmx100g' HaplotypeCaller -R $REF   \ failed with ret: 256, going to...