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问题 R语言下载GSE数据一直在报错

... ## 注释文件 + getGPL = T) ## 平台文件 Found 1 file(s) GSE95394_series_matrix.txt.gz Failed to open file C:\Program Files\R\GSE95394_series_matrix.txt.gz.curltmp.File stored at: ./GSE95394_series_matrix.txt.gz 错误于downloadFile(url, destfile = destfile, mode = "wb"): ...

问题 R语言下载GSE数据一直在报错

... ## 注释文件 + getGPL = T) ## 平台文件 Found 1 file(s) GSE95394_series_matrix.txt.gz Failed to open file C:\Program Files\R\GSE95394_series_matrix.txt.gz.curltmp.File stored at: ./GSE95394_series_matrix.txt.gz 错误于downloadFile(url, destfile = destfile, mode = "wb"): ...

问题 基因家族提取用hmmsearch --domtblout result.txt --cut_tc zf-C2H2.hmm Fvesca_226_v1.1.protein.fa 时提示 Failed to open tabular per-dom output file result.txt for writing

我用Bio-Linux-8.0.7.2018.10.31可以运行这一步，但Bio-Linux-8.0.7-2019.3.20这个版本运行出现上的提示，请老师指导

问题 plink 报错

Error: --set-missing-var-ids requires a sorted .bim file.  Retry this command after using --make-bed 之前的vcf文件运行用样的命令就不会出错呢，这难道是vcf文件位置顺序不对？

文章 如何绘制SNP密度图

...row = TRUE, ncol = 5)opt <- getopt(spec)#+--------------------# check options#+--------------------if ( !is.null(opt$help) | is.null(opt$input) ) {  cat(getopt(spec, usage=TRUE))  q(status=1)}if ( is.null(opt$binsize ) )            { opt$binsize = 1e6 }if ...

文章 R批量读取文件

利用list.files()，批量读取同一文件夹下的文件 例如针对目录下的三个txt文件进行读取： > tem = list.files(pattern = "*txt")> ABC = lapply (tem,function(x)read.table(x,sep="\t")) ABC 是一个列表数据,可以通过下面的方式获得每个文件内的内容...

问题 MCScanX下游分析出错

安装的时候，一切都很顺利，然后MCScanX对at的共线性分析也很顺利，但是在下游分析family_circle_plotter，报错了。再次回到MCScanX下去make的时候，不成功，报错为：Nothing to be done for 'default'.

文章 Dsuite软件安装时编译报错

在安装Dsuite软件时遇到make报如下错误： Dsuite_common.cpp: In function 'int assignNumLinesToAnalyse(int, int, const std::string&)':Dsuite_common.cpp:124:45: error: 'istream_iterator' is not a member of 'std'  124 |         VCFlineCount = (int)std::count(std::istream_iterator&...

问题 重测序

... looking for matching `"' sh: -c: line 1: syntax error: unexpected end of file sh: -O: command not found warning, cmd: sh: -c: line 1: syntax error: unexpected end of file warning, cmd:   echo "RUN CMD: gatk --java-options '-Xmx100g' HaplotypeCaller -R $REF   \ failed with ret: 256, going to...

问题 您好！我是R语言的新手，在用hchinamap程序绘制地图时，出现cannot coerce type 'closure' to vector of type 'character'，出现这类错误怎样解决呢？请指教，谢谢！

步骤如下： install.packages('hchinamap') download.file('https://mdniceczx.oss-cn-beijing.aliyuncs.com/chinadf.rda', file.path(dir, 'chinadf.rda')) load(file.path(dir, 'chinadf.rda'), verbose = TRUE)chinadf

文章 基因组注释流程，PASA mysql 数据库启动 exited

...-21 09:38:40+00:00 [ERROR] [Entrypoint]: mysqld failed while attempting to check configcommand was: mysqld --verbose --help --log-bin-index=/tmp/tmp.ogWM7TzzGmmysqld: Can't read dir of '/etc/mysql/conf.d/' (Errcode: 2 - No such file or directory)mysqld: [ERROR] Fatal error in defaults handling. Prog...

问题 prefetch报错

... -9984 ( X509 - Certificate verification failed, e.g. CRL, CA or signature check failed ) 2022-09-27T11:33:05 prefetch.2.8.0 sys: mbedtls_ssl_get_verify_result returned 0x8 (  !! The certificate is not correctly signed by the trusted CA  ) 2022-09-27T11:33:05 prefetch.2.8.0 err: path not found w...

文章 singularity使用基础

...本地SIF文件，转成sandbox sudo singularity build --sandbox ./tmp/ your.sifsudo singularity shell --writable ./tmp/ 交互模式运行 $ singularity shell ubuntu.sif Singularity: Invoking an interactive shell within container... Singularity ubuntu.sif:~> pwd /home/admin Singularity ubu...

文章 linux下samtools安装指南

...                         # AC_CONFIG_SUBDIRS - please ignore it). autoconf -Wno-syntax  # Generate the configure script ./configure --prefix=/biosoft/samtools/samtools-v1.9   # --prefix 添加安装路径make make install 由于之前的准备工作都...

文章 根据GFF文件提取基因组中基因的蛋白，CDS，CDNA序列

...件提供该脚本： /share/work/biosoft/TransDecoder/latest/util/gff3_file_to_proteins.pl --gff3 genome.final.gff3  --fasta ../genome.fa --seqType  cDNA >cdna.fa/share/work/biosoft/TransDecoder/latest/util/gff3_file_to_proteins.pl  --gff3  genome.final.gff3 --fasta ../genome.fa  --seqType...