文章 小白必看：哪些期刊是核心期刊? 什么是SCI、SSCI、AHCI?

...学就开始被这些名词整得头晕眼花..... 同学，你不是一个人! 继学霸姐姐上次介绍完SCI的JCR分区和中科院分区之后， 又有很多同学表示： 啥是核心期刊? 国家级期刊和省级期刊有啥区别? 啥是A类、B类、C类期刊? CN与ISSN类...

文章 进化树构建的方法及原理详解

...，加上对生物问题的理解来构建最好的进化树来帮助我们更好的理解生物学问题。其中一个衡量树的好坏的方法就是看bootstrap的值，值越大越好。Bootstrap值是指根据所选的统计计算模型，设定初始值1000次，就是把序列的位点都...

文章 seqkit序列处理神器的常用命令

seqkit是一个序列处理神器，有统计、格式转换、长度筛选、质量值转换、翻译、反向互补、抽样、去重、滑窗、拆分等功能。 seqkit 一共有37个可用的命令，详细内容如下： amplicon        通过引物检索扩增子(或其周围的特定...

问题 位点注释老师出错，跑不出想要的VCF+txt文件,使用annotate_variation.pl不会报错

...line3523389 nonsynonymous SNV Os10g0100200:Os10t0100200-01:exon1:c.G87C:p.W29C chr10 44989 44989 G C . . .，但是总是报错：NOTICE: Running with system command <coding_change.pl  /work/my_reseq/innovation.refGene.exonic_variant_function.orig /work/my_reseq/ref/unknown_refGene.txt...

文章 samtools使用

...exing,Editing,File operations,Statistics,Viewing，下面我们来看看几个常用的命令 1.view view命令的主要功能是：将sam文件与bam文件互换；然后对bam文件进行各种操作，比如数据的排序(sort)和提取(这些操作是对bam文件进行的，因而当输入为sa...

文章 immune_compare_stat.r 免疫细胞表达差异比较

使用说明： $ Rscript $scriptdir/immune_compare_stat.r  -husage: /work/STAD_immu_demo1/scripts/immune_compare_stat.r [-h] -i filepath -v                                                           celltype                                        ...

文章 R语言计算两组数据相关性及对应p值的方法——psych包和Hmisc包

...和Hmisc包的rcorr()函数 一、psych包的corr.test()函数 psych这个包里的corr.test()函数是可以直接计算两个数据集变量之间的相关性的，这个结果里也有显著性检验的p值 输入文件格式见例子中的df1与df2 library(psych)cor.result <- corr.test(...

文章 R语言绘图之调色

在一个图中，数据的选择和图表类型的确定很重要，是最需要确定的因素。但是，适当的选择颜色不仅仅能使数据图的阅读者赏心悦目，而且有助于图中数据关系的呈现，使得整个图表更有说服力。今天我介绍R语言中的颜色和...

文章 快速解读：3-5分的蛋白质组学文章思路

...法，利用同位素试剂标记蛋白质酶解后产生的多肽，对两个或多个样本，在全蛋白质组层面上展开相对定量分析。 随着实验技术的不断深入和完善，越来越多的研究者开始将研究重点从转录表达层面转移到了蛋白层面。 做了...

文章 GEO数据与WGCNA--挖掘胶质瘤共表达网络的关键模块与通路

...ioma”为关键词搜索GEO数据库，最终得到GSE54004数据，共144个样本。 WGCNA基本分析 剔除异常样品对144个样品进行聚类分析，以聚类高度阈值150剔除了3个离群样品，除结果中外围的两个样品，其中139个样品可以划分成两个cluster（...

文章 Root microbiota assembly and adaptive differentiation among European Arabidopsis populations

...多样性和植物适应性影响因素，作者用三年时间在欧洲17个地方监测拟南芥种群和其共生草的根系微生物菌群。观察到不同地点的土壤微生物有显著的结构变化，而不同地点植物根内微生物没有这种显著变化。同时作者做了瑞典...

问题 你好老师，我想问下转录组数据，有五个不同的处理，每个处理3个重复，一共15个样本，可以做WGCNA吗？

文章 群体结构分析structure原理

...不足，如上文提到的，无法推算：1、群体应该划分为几个亚群；2、群体间基因交流的程度；3、某个个体的混血程度。 2 Structure分析的基本思路过程是： 1、获得一系列样本的基因型，也就是变异信息  例如，SNP信息2、在大...

问题 结合转录组分析基因家族

老师，您好，我下载了别人发表的转录组数据，想拿结合做热图，但是文件太大，有十几个G，这样的文件该怎么打开筛选表达量数据呢

问题 关于基因组功能注释脚本（interproscan.sh -i interproscan.pep.fa \ -b interproscan.out -f "TSV" \ -cpu 10 -dp -t p -pa -goterms -iprlookup \ -T ./tmp ）运行不成功，总是停留在84% completed，没有报错，请问要怎么解决？

再次进入容器时是卡主的。log中每小时更新一条信息，均为84% completed，tmp文件夹中不再更新文件。独享服务器（内存300G，28线程），设置了cpu=10，线程数=10