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问题 mapman秩和检验表格解读

老师：您好！ 1、怎么理解这个秩和检验的P值？类似我们的p-value值吗，越低显著性越高，是吗？2、Elements这项数据，有的和图中的方块数是相同的，有的值又比方块数少？{方块是20个，Elements是13}，这是为啥？望指教，谢谢！...

问题 求助大佬，使用服务器分析基因家族问题

...如果有基因家族分析的脚本中需要的模块有个名称汇总就更好了

问题 WGCNA分析策略？10个样品，3个时期，如何进行分析？是每个时期对这10个样品进行分析还是30个样品一起分析（总共30个样品，无重复）？

谢谢

文章 MYSQL数据库常用语句命令

...据库查看删除 # 查看所有的数据库SHOW DATABASES ; # 创建一个数据库CREATE DATABASE k;# 删除一个数据库DROP DATABASE k;# 使用这个数据库USE k; 3.数据库表查看与操作 # 查看数据库所有的表SHOW TABLES ; # 查看表的结构(以下五条语句效果相同...

文章 小白必看：哪些期刊是核心期刊? 什么是SCI、SSCI、AHCI?

...学就开始被这些名词整得头晕眼花..... 同学，你不是一个人! 继学霸姐姐上次介绍完SCI的JCR分区和中科院分区之后， 又有很多同学表示： 啥是核心期刊? 国家级期刊和省级期刊有啥区别? 啥是A类、B类、C类期刊? CN与ISSN类...

文章 进化树构建的方法及原理详解

...，加上对生物问题的理解来构建最好的进化树来帮助我们更好的理解生物学问题。其中一个衡量树的好坏的方法就是看bootstrap的值，值越大越好。Bootstrap值是指根据所选的统计计算模型，设定初始值1000次，就是把序列的位点都...

文章 topGO分析结果说明

topGO是一个专门用于做GO富集分析的R包，它默认从GO.db中读取GO的分类和结构信息，结合富集分析的结果，它可以画出如下所示的GO有向无环图。ontology指定GO的分类，GO的3大类别BP, CC, MF之间是独立，所以GO其实分为3个子数据库，...

问题 在运行这段代码时出现Invalid value for '--m-metadata-file': Metadata column is of type 'numeric', but expected Categorical.

...##按metadata中的分组整理，不同分类水平分类汇总  mkdir -p collapse_table_group mkdir -p collapse_table_group   for g in  type time;do   #这里的type group  来自metadata文件  #--p-mode <up to you, there's sum, median-ceiling, and mean-ceiling&gt;   qiime feature...

问题 Hisat2-building建立index中的killed问题

...尝试了很多次，总是自动killed，生成的ht2文件总是会少1-2个，会生成几个rf文件。 splicesite和exon两个tsv文件都和课程讲解的一致。分析平台是使用服务器（32核+64G内存）搭载的课程资料中的bio-linux虚拟机（分配16核+52G内存）。 ...

文章 samtools使用

...exing,Editing,File operations,Statistics,Viewing，下面我们来看看几个常用的命令 1.view view命令的主要功能是：将sam文件与bam文件互换；然后对bam文件进行各种操作，比如数据的排序(sort)和提取(这些操作是对bam文件进行的，因而当输入为sa...

文章 seqkit序列处理神器的常用命令

seqkit是一个序列处理神器，有统计、格式转换、长度筛选、质量值转换、翻译、反向互补、抽样、去重、滑窗、拆分等功能。 seqkit 一共有37个可用的命令，详细内容如下： amplicon        通过引物检索扩增子(或其周围的特定...

文章 immune_compare_stat.r 免疫细胞表达差异比较

使用说明： $ Rscript $scriptdir/immune_compare_stat.r  -husage: /work/STAD_immu_demo1/scripts/immune_compare_stat.r [-h] -i filepath -v                                                           celltype                                        ...

问题 位点注释老师出错，跑不出想要的VCF+txt文件,使用annotate_variation.pl不会报错

...line3523389 nonsynonymous SNV Os10g0100200:Os10t0100200-01:exon1:c.G87C:p.W29C chr10 44989 44989 G C . . .，但是总是报错：NOTICE: Running with system command <coding_change.pl  /work/my_reseq/innovation.refGene.exonic_variant_function.orig /work/my_reseq/ref/unknown_refGene.txt...

文章 R语言绘图之调色

在一个图中，数据的选择和图表类型的确定很重要，是最需要确定的因素。但是，适当的选择颜色不仅仅能使数据图的阅读者赏心悦目，而且有助于图中数据关系的呈现，使得整个图表更有说服力。今天我介绍R语言中的颜色和...

文章 R语言计算两组数据相关性及对应p值的方法——psych包和Hmisc包

...和Hmisc包的rcorr()函数 一、psych包的corr.test()函数 psych这个包里的corr.test()函数是可以直接计算两个数据集变量之间的相关性的，这个结果里也有显著性检验的p值 输入文件格式见例子中的df1与df2 library(psych)cor.result <- corr.test(...