问题 基因家族分析绘制基因在染色体上的位置gene_chr。txt是空文件。

NCBI下载的数据，用samtools生成的fai文件和视频课里面的不一样，后生成gene_chr。txt是空文件。

问题 基因家族分析时，提取cds与pep序列报错显示 no sequence

Error, no sequence for Scaffold1 at /share/work/biosoft/TransDecoder/latest/util/gff3_file_to_proteins.pl line 84. 应该如何解决？代码与报错如下， 我的基因组gff文件是这样的，我看课程示例文件是ID=XX;Parent=xx,是因为这个才提取不出来吗

文章 好的产品经理应具备哪些能力？

...产品规划。 根据市场调研，包括行业趋势调研、竞品分析等，建立商业需求文档；对用户需求调研，包括目标群体的研究，需求挖掘，聆听用户的需求倾诉等等，建立产品需求文档。 对以上两方面分析得出的结果对产品进...

问题 基因家族MCScanX共线性分析中是否把串联复制和大片段复制都筛出来了？

像这个例子所示，collinearity文件第三组结果应该是串联复制基因吧？另外三组结果应该是大片段复制的基因。那么如果是这样的话在circos制图时第三行的结果是不是可以删除不进入圈图？

文章 最尬论文造假：某作者对不存在的基因进行实验，还成功发表SCI！

学术造假这种事儿，每年都层出不穷， 有人伪造实验数据，有人侵吞他人学术成果， 有人不知知网，还有人“借鉴”别人一字不差。 各种让人瞠目结舌的科研造假事件让人眼花缭乱、哭笑不得， 而现在，学术造假又多了另...

文章 提取miRNA前后500bp序列

...        1e-14   83.8 然后对比对结果筛选，尽量选择完全匹配，并且匹配长度最长的。筛选后的blast.out结果如下： bta-miR-34c     Chr20   100.00  113     0       0       1       113     39385825        39385713        6e-57    224bta-m...

文章 data.frame参数check.names

...2 CK.tdr1.3  NaWT.1  NaWT.2  NaWT.31 AT1G01010 3.74149  7.3618 5.81734   5.71131   7.97054  10.37620 6.29949 5.55062 5.847792 AT1G01030 5.23528  2.7707 2.66859   3.22632   1.32105   1.96726 2.40259 3.23077 4.80378  Natdr1.1 Natdr1.2 Natdr1.3 Na.WT.1 Na.W...

问题 omicsclass/pan-genome:v1.1镜像OrthoFinder.py报错

...Best outgroup(s) for species tree---------------------------------2024-11-15 10:50:56 : Starting STRIDEERROR: Species tree inference failedlocal variable 'speciesTree' referenced before assignment File "/share/work/biosoft/OrthoFinder/OrthoFinder_v2.5.5/scripts_of/__main__.py", line 1790, in main ...

问题 基因家族解析报错

...看了文件权限和文件的实际路径都有该文件，且文件大小不为0。这几天运行了好几次，都是卡在这个步骤上。在2024年年初利用你们提供的共享服务器解析另外一个物种的时候，用的是同样的代码，并没有报错。请问是代码的问...

问题 不同胁迫处理以及不同类型的RNAseq数据denovo组装

老师您好：     我想综合实验室的RNAseq数据做分析，之前不同时间处理的样品，call表达量用的基因ID不一样。现在想统一下。 由于不同批次测序类型也不一样，有双端测序也有单端测序结果。样品是各种用胁迫处理，比如说...

问题 老师，求助，转录组差异表达基因分析报错-只有pfd文件没有PNG文件，且PDF打不开

[root@9dfb61184b6e  08:23:54 /work/my_rnaseq/5.deg]# Rscript $scriptdir/heatmap.r -i $workdir/4.expression/all_gene_fpkm.tsv -l S10_vs_J10.DEG.final.tsv -p S10_vs_J10.deg_gene_heatmap -o ./ --> Q&A for bioinformatics, please visit the website: https://www.omicsclass.com/ --> R beginners...

文章 Perl 包和模块

...该模块。MANIFEST ：本文件用于自动构建 tar.gz 类型的模块版本分发。这样你就可以把你的模块拿到 CPAN 发布或者分发给其他人。它包含了你在这个项目中所有文件的列表。Person.pm ：这是主模块文件，包含你的 mod_perl 句柄代码（ha...

问题 使用ParaFly -c gvcf.sh -cpu 5这个命令时，刚执行时显示5条命令同时运行，后面就变成一条命令在执行，能告知一下原因吗

文章 IF=8.7 | T2T康乃馨基因组揭示了相同基因在不同单倍型基因组中的表达差异

2024年1月 Horticulture Research杂志在线发表了一篇题为“The haplotype-resolved telomere-to-telomere carnation (Dianthus caryophyllus) genome reveals the correlation between genome architecture and gene expression”的基因组组装+基因表达水平相关性分析的文章 研究背...

文章 Mfuzz做时间聚类分析

Mfuzz 是 R 语言中的一个用于聚类分析的包，专为时间序列或条件数据的基因表达分析而设计。它广泛应用于生物信息学和基因组学研究中，尤其适用于处理具有时间序列的数据集，比如基因表达时间序列。 Mfuzz 使用模糊 C均值...