文章 BMC genomics|26个玉米基因组中萜烯合酶的多重变异模式

...e genomes”于今年发表在BMC genomics杂志上，影响因子为4.4，中科院分区为2区。 在玉米中，有一种重要的次生代谢产物——萜类化合物，在玉米的生长，授粉，抗虫害和损伤响应等生物学过程中发挥了重要的调节作用，萜类化合...

问题 老师您好，我想问一下 circos 绘图过程中 pairs 文件是怎么生成的呀，今年买的课，17课时circos图配置文件整理，只讲了文件中的内容，但是没有讲这个文件是怎么获得的。

问题 从CAFE结果中提取扩张（或收缩）的基因家族

您好，看到您之前从CAFE结果中提取扩张（或收缩）的基因家族提的这个问题，现在我遇到了和您一样的问题，请问您解决了吗？方法可以分享一下吗？

文章 geo_gene_exp_download.r GEO数据自动下载与整理

...化的。如果数字在几百几千，则是未经转化的。使用过程中常见问题：1. 如果中通下载中断 可以用wget -c 下载完成之后再运行该命令：wget -c 继续下载2.GPL文件下载失败： 可以自己下载GPL文件, GPL 文件应去掉含有#号的行，第一...

问题 circos作图时用到的links.txt要如何得到？

已经使用MCScanX做了共线性分析得到了collinearity和tandem文件，但我用命令的水平太菜调不出links.txt格式，请问有没有可以用的脚本或者工具之类的？

文章 seqkit序列处理神器的常用命令

...列查找多个文件的公共序列concat          连接多个文件中具有相同ID的序列convert         转换FASTQ质量编码格式：支持格式包括：桑格，Solexa和Illuminaduplicate       重复序列N次faidx           创建FASTA索引文件并提取子序列...

问题 热图中基因名称的显示

老师： 热图的右边怎么显示基因的名称，还有可以下载某一支的基因ID列表吗?

问题 提取vcf文件中的信息

...买了咱们重测序的课程，在实际分析的时候，发现vcf文件中存在多行scaffold，影响后续的分析，我在网上查找了一些资料，比如plink提取指定的染色体，但是最后的bed文件或者vcf文件的一些snp信息都被plink简化了，不知道有什么好...

文章 PBJ：转录组揭示植物中磷再转运的分子机制

...？当然可以！ 这次跟大家分享的文献就是针对水稻旗叶中磷的再运转问题开展的实验(发在Plant Biotechnology Journal上），利用RNA-seq数据分析相关基因的表达情况及功能的。 材料与方法 材料培育：水稻（温室条件，特定处理的...

问题 如何确定选择分析中的窗口和步长？

请问，老师，在做选择清除分析时，比如说基于核苷酸多样性降低的ROD方法，在脚本中窗口是100000，步长是100000.不同的研究对象是不是要更改窗口和步长大小，植物和昆虫的应该也不一样把？这个是根据遗传距离来改吗？

问题 在菠萝那篇文章里验证基因预测是否正确时，对不能用转录组数据比对回去的基因进行PCR验证，因为我不是学生物的，对PCR不了解，想问一下它是对那段基因的DNA进行扩增的吗？那段DNA是可以根据预测的序列人工制造出来吗？PCR扩增什么时候可以扩增出来什么时候扩增不出来呢？怎么就能验证基因的是否真的存在呢？

问题 在菠萝那篇文章里验证基因预测是否正确时，对不能用转录组数据比对回去的基因进行PCR验证，因为我不是学生物的，对PCR不了解，想问一下它是对那段基因的DNA进行扩增的吗？那段DNA是可以根据预测的序列人工制造出来吗？PCR扩增什么时候可以扩增出来什么时候扩增不出来呢？怎么就能验证基因的是否真的存在呢？

问题 基因家族扩张收缩分析中，如何才算是显著扩张和显著收缩呢？

基因家族扩张收缩分析中，如何才算是显著扩张和显著收缩呢？

问题 怎么过滤vcf文件中INFO列中的DP参数？

怎么根据vcf文件中INFO列中的DP参数来过滤snp位点？用了vcftools的--minDP和--maxDP无法过滤DP低的snp位点

问题 怎么过滤vcf文件中INFO列中的DP参数？

怎么根据vcf文件中INFO列中的DP参数来过滤snp位点？用了vcftools的--minDP和--maxDP无法过滤DP低的snp位点