...对应差异表达分析获得的差异对比组之间基因表达变化log2FC A可以利用差异对比组的FPKM进行计算，以R和G来表示差异对比组的话，可以取R组基因的平均FPKM和G组基因的平均FPKM进行计算。也包括多个R包可以实现MA图绘制: affy (ma.pl...
老师就是这个阈值计算，您的R里面需要提供3个参数，能否指导下这三个参数分别是什么呢？或者有没有示例数据和代码呢？这个我研究了好久都没搞懂 谢谢老师！
使用方法: Rscript network.r -h usage: network.r [-h] -e filepath -v filepath -f from -t to -w weight -g group [--isolated] [-l style] [--label.node] [--sub_label.node] [-o path] [-n prefix] [-H number] [-W number] network plot:https://www.omicsclass.com/articl...
...dir 10.assembly_hifiasm cd 10.assembly_hifiasm hifi=$datadir/dujuan_output.fastq hifiasm -o hifi.asm -t 8 $datadir/dujuan_output.fastq #get primary contigs in FASTA awk '/^S/{print ">"$2; print $3}' hifi.asm.bp.p_ctg.gfa > hifi.asm.bp.p_ctg.fasta 这是运行代码
...tions, CNA)，例如整条染色体或大片段染色体的增加或丢失(gain or deletions)。工作原理是，以一组“正常”细胞作为参考，分析肿瘤细胞基因组上各个位置的基因表达量强度变化，通过热图的形式展示每条染色体上的基因相对表达量...
...机制都有很大的帮助。基因组比对的过程一般包括以下几个步骤： 1.序列获取： 首先需要获取需要比对的基因组序列，这可以通过测序技术从实验室中提取的DNA样本中获取，或者从公共数据库中下载已知的基因组序列。 2.比...
...在不同分组当中平均丰度，点的颜色代表了该属来自于哪个门，具体门所代表的颜色看图例。三元相图只能对三个分组或者三个样品当中物种的相对丰度进行展示，点的位置代表了该属在不同分组当中的相对丰度大小： 比如...
...充质干细胞新药获得临床批件，干细胞备案项目增至50多个，近10个干细胞临床研究项目宣布启动。 种种数据表明，间充质干细胞不仅在免疫细胞疾病当中可以发挥作用，缓解病人的症状，近年来在其他系统的多种疾病当中也有...
...序中的差异分析所针对的“目标”有很多，无论从OTU、alpha多样性指数（如香浓指数）、样本间距离差异（如unifrac）、各水平物种分类（如门纲目科属种）都可以做组间差异分析，从而找到组间差异的重要biomarker。这里总结如下...
输入文件 1. 把想要预测的表型按照如下格式整理到一个文件夹下面，每个文件为一种表型，文件名称为想要预测的表型。这里把5种要预测的表型文件放在了costom_pathway目录下。 其中每个文件内容如下,一个KO ID占一行。 准备好...
这里用的是玉米基因组2.1G， 开始搭建镜像时docker run -m 10G --cpus 2 --rm -v C:/gene-family:/work -it omicsclass/gene-family:v1.0.1 给了10G, 然后不管是使用perl ../script/get_promoter.pl ../Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa mrna_location.txt promoter.fa还是拆...
... TRUE when calling this function. 读入数据后，我的基因只有5000个，上面 > memory.limit(size = 20000) [1] 32457 这里怎么是32457 检查数据是否正确时 出现以下错误： > exprSize = checkSets(multiExpr) Error in checkSets(multiExpr) : data does not appea...
...函数是roc函数和plot.roc函数： 以自带数据为例： > library(pROC)> data("aSAH")> head(aSAH,10) gos6 outcome gender age wfns s100b ndka29 5 Good Female 42 1 0.13 3.0130 5 Good Female 37 1 0.14 8.543...
又一个七天长假即将来临， 大家想象中的画风都是这样的吧： 但，想象总是好的， 总有一群小伙伴们在节假日依旧坚守在学习第一线， 还在努力奋斗，认真看文献写文章， 到底是什么支撑大家在祖国母亲生日的时候...
比如求A和B组共有的OTU，A、B、C组共有的OTU等等