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文章 天宫一号曾为农业做出的贡献!

...个性化分析,求人不如求己,一切痛点都能解决: 1. 单细胞/空间转录组正在大火,高分文章必备,0基础学单细胞/空间转录组分析,做更牛的个性化分析,绘更漂亮的图,点这个链接:单细胞/空间转录组分析实操  2. 2区文章...

问题 hisat2 reads 与基因组进行比对出错

命令如第一张图,并未生成sam文件,生成一个summary文件,打开summary文件,信息在第二张图。请问错误在哪?应如何解决?谢谢!

文章 lnd无法下载样本名称含有+的数据

linuxnd linuxnd是linux系统下载诺禾致源测序数据的软件,其基础功能如list、cp、cp -d 已经在这篇文章中给大家列出: https://www.omicsclass.com/article/2084 错误的产生 该软件在遇到样本名称中含有“+”的样本时,无法直接进行下载,...

文章 GEOquery 读取本地表达矩阵压缩包

...文件下载到对应的工作路径中: 矩阵文件的基本命名格式:GSEXXXXX_series_matrix.txt.gz 为了避免手动整理,可以利用getGEO读取本地本地的矩阵文件,例如(以GSE66597为例): workdir = "F:/GEO/20180605/download/GSE66597"#设置工作路径setw...

问题 GEO下载lncrna芯片注释问题

...换了好几个芯片,都是发现没有对应的GPL注释文件,就算打开,也只有 来源与Platform GPL16956 这样一个没有什么实质意义啊,无法下一步, 或者是Platform GPL19615 这个平台也是无法出现正常gene symbol,不知道是否是因为lncrna,或...

问题 基因加倍与串联重复分析

...m 8 -o mcscan/AT.blast,运行结束后,MCScanX出现如下问题: 打开pep.fa查看序列为: 在AT.blast文件中没有查找到K5AEM0的结果,应该是报错没生成结果,其他的结果都正常,请问是什么原因?

问题 老师,我正在做泛基因家族分析的结构变异与基因注释部分,出现一些错误

...家族分析,结构变异与基因注释部分,#转换gff3到genePred 格式并转换转录本格式至基因ID,尝试了不同的指令,均未能成功修改 sed -i "s/\\.[0-9]*$//" ${ref}_refGene.txt ,之后在excel中完成修改,结果如下:之后,#建立注释库 retrieve_...

文章 使用evolview美化进化树

...参考iTOL使用:https://www.omicsclass.com/article/604,然后导出nwk格式的文件再到evolview中编辑。 2.7 进化树bootstrap值修改参考 可参考:https://www.omicsclass.com/article/625 最后来一个组合图,看看设置的效果,当然我只是教大家如何使用...

文章 SignalP:信号肽预测工具

... A.序列输入方式: 有两种方式:一种是直接输入FASTA格式的氨基酸序列,可以是一条也可以是多条;另一种是本地上传包含含有FASTA格式序列的文件。 这里要注意我们必须输入氨基酸序列,看过有的朋友用核酸序列去预测...

文章 第7期-武汉站-《转录组结果解读与挖掘精讲班》邀您参加!

...的个性化分析,求人不如求己,一切痛点都能解决:1. 单细胞/空间转录组正在大火,高分文章必备,0基础学单细胞/空间转录组分析,做更牛的个性化分析,绘更漂亮的图,点这个链接:单细胞/空间转录组分析实操 2. 2区文章...

文章 NCBI 中如何将GI号转换成Accession version

...学习链接:WGCNA-加权基因共表达网络分析 4. 转录组数据怎么挖掘?学习链接:转录组标准分析后的数据挖掘、转录组文献解读 5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读、OTU网络图绘制、cytoscape与网络图绘制课程 6. 生物信息入门...

问题 clustalW构建出来的系统发育树打不开是什么原因?

文件名后缀是.phb的,在mega里面打不开。但是可以打开.dnd的?请问为啥呢,谢谢

文章 这本SCI期刊的录用率高达100%!!真相是......

...居然有2.937分!妥妥的正规SCI期刊,Springer Nature旗下的一本细胞生物学期刊,在190种细胞生物学期刊中排在134名,真的有这种好事吗!!百分百录用?学霸姐姐觉得事情应该没那么简单,于是,去MedSci查询了一下,结果如下:命中...

文章 生信挖掘GEO+TCGA 文献速览

...022-03614-1. PMID: 36064568; PMCID: PMC9444127. 肺腺癌(LUAD)8+单细胞测序结合bulk测序纯生信 :LUAD的scRNA-seq进行了全面分析,以剖析肿瘤浸润NK细胞的分子特征并识别标记基因。随后,作者构建了一个NK细胞标记基因特征(NKCMGS),并...

文章 Perl读写Excel

生信分析是用的 .xls 文件 大多是文本格式的文件,是可以被Perl读取的,但遇到真的excel文件时,就不行了,这时候就需要使用模块 使用的模块为: Spreadsheet::ParseExcel Spreadsheet::WriteExcel 这里有两个读写Excel的代码,有需要的可...