问题 老师您好，我最近在鉴定的一个基因家族，它没有专属的PF号，只有两个具有PF号的保守结构域，但是具有这两种保守结构域的不止这一类蛋白，hmm搜索筛查之后剩下了90多个基因，但是正常的家族成员应该只有20-40个，我可以用拟南芥里已知的成员做进化树来进一步筛选吗？

文章 怎样画多物种基因家族共线性分析图？

...assica napus》的文章，但本文今天重点给大家介绍这篇文章中作者是如何展示油菜R2R3-MYB基因家族的进化关系的，这也是文章中最有特色，图片最美观的一部分了，真是不负“黄萼裳裳绿叶稠”的美景！ 下图即为文章中R2R3-MYB基因...

问题 老师您好，我是刚接触生物网络分析的小白，在我做otu table 共存网络分析时出现下面这种情况：

我在R中运行如下代码： Abu=read.table('family_nor.out',header=T)Abu<-as.matrix(Abu)#Min support filtering for each taxaAbu[Abu<0.01]<-0#Filter taxa by abundance sumAbu<-Abu[which(rowSums(Abu)>10),]#Filter taxa by Occupancytable<-Abutable[table>0]<-1table1<-Abu[wh...

问题 请问老师如何看选择清除分析中的选择信号值？怎么判断受选择基因的选择强弱？从基因列表中只能获得基因的位置等信息。

比如在Fst.top0.05.gene.txt中，最后一排的数值（31569）代表是什么意思？ NC_063982.126600013090000NC_063982.1Gnomongene26370752691570.+.ID=gene-LOC105388771;Dbxref=GeneID:105388771;Name=LOC105388771;gbkey=Gene;gene=LOC105388771;gene_biotype=protein_coding31569 这个最后一个...

问题 老师我想问一下我没有以下这种情况，就是比如说鉴定的马铃薯基因在马铃薯数据库中有，但是在ncbi中没有找到它的序列，这种情况应该怎么做呢，因为要做基因定量的话只有在ncbi中可以看到它的CDS区

问题 老师，您好！在进行python版mcscan 共线性分析时，当执行#绘制共线性图片：准备两个配置文件为输入文件，出现以下错误layout文件是如何制作和生成的，改了好多次都没成功，里面的内容是在txt里写入的还是用Excel编辑后保存为制表符分隔格式；还有mcscanx里面的染色体输入文件也是读入出错。

问题 qiime2 v1.4版，用data2生成特征表时出错，应该怎么解决？ Plugin error from dada2: An error was encountered while running DADA2 in R (return code 1), please inspect stdout and stderr to learn more. Debug info has been s

文章 科研作图也需要会使用Adobe illustrator和Photoshop

....png、.psd等。 常用的位图编辑软件：Photoshop等。 科研当中位图代表举例，各种仪器或者相机拍照得到的图片几乎都是位图： 矢量图 矢量又称为“向量”，矢量图像中的图形元素（点和线段）称为对象，每个对象都是一...

文章 已测基因组植物统计（增补完善版），建议收藏！

...注此文的友人也纷纷留言，提供漏掉的物种信息，指正表中的错误，希望能及时更新！ 果真是群众的眼睛是雪亮的，群众的力量是无穷的！小编也是怀着满满的感动，及时更新了物种列表，增加了杜仲、玉吊钟、黑树莓等几十...

问题 gwas脚本中的tassel计算变异位点p值的命令中，结果会自动过滤掉indel，如何保留indel，并计算其p值？

咱们gwas分析的脚本中的tassel的run_pipeline.pl工具为什么在计算变异位点p值的时候，会自动过滤掉indel。我想同时计算indel的p值，需要怎么做？代码如下： run_pipeline.pl -Xmx30G -fork1 -h hapmap.ordered.hmp.txt \     -fork2 -t $tassel_trait -fork3 -q...

问题 基因家族分析中的顺势作用元件分析问题

在基因家族分析中的顺势作用元件分析中，发现有正链也有负链的被发现，是只算正链的还是只算负链的元件数呢？还是都要计算？

问题 老师！我想要以拟南芥中对应的同源基因对目标物种BHLH基因家族中的基因进行命名 遇到这种情况我该怎样选择目标序列呢？

文章 dcaps标记设计软件——SNP_Primer_Pipeline

... 其中 -i:输入序列；-t: 目标序列；-p: SNP位置；-r: ref；-a: alt；-m: 价格上限。 输入文件： >chr5D:9950377_RefTATCCATGCACATTAACATAGAAAAATTAAGTATAGAGGGTTGTCATGTATATACCGGAAAGAAGCTCCTCAAGGGTTCCACCCTGCATGTATTCCAAACATAGAGCTATTTCTTGCTCGTCAGCAACAACAAATCTCCCTTGGTACTCAACAACTTTAT...

问题 我已经将env.sh中文件的路径改为我自己的路径了，但是为什么这代码在QIIME2环境中无法运行？麻烦老师解答一下

这是报错

文章 R语言中的回归分析公式中各种符号的含义

R表达式中常用的符号 推荐学习R语言获得更多生物信息分析技能：R语言画图、R语言快速入门与提高 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分...