问题 老师您好，我线下上过您的基因家族培训课程，目前在尝试用大豆基因组进行分析，但我发现从ENSEMBLEPLANT下载的基因组序列格式跟拟南芥的注释格式不一样，我已经尝试着进行了 一些编辑，但还是无法统一ID，麻烦您帮我解决一下这种基因组注释格式修改问题

下面这几个文件是从ensembleplant 网站下载的，Glycine_max.Glycine_max_v2.1.43.chr.gff3 ，  Glycine_max.Glycine_max_v2.1.cds.all.fa ， Glycine_max.Glycine_max_v2.1.pep.all.fa ，格式信息如截图所示（我在基因家族培训QQ群里发布的那张图是我自己尝试编辑修...

问题 如何从CAFE结果中提取扩张（或收缩）的基因家族

...，我通过运行CAFE软件，得到了我所要研究的物种基因组中扩张和收缩的基因家族的数量信息，但是并不知道具体是哪些基因是扩张产生的，因此不能对扩张基因家族进行GO或KEGG分析。请问如何从CAFE的结果中找到扩张基因家族里...

文章 生化检测是什么？生化检测试剂盒该怎么选？

...的理论与技术，通过检测人体血液、尿液、脑脊液等样本中化学物质的量与质的变化，为临床医生或研究者提供疾病诊断、病情监测、疗效观察、判断预后以及健康评价等信息，最终判断被检者是否存在潜在疾病或排除某些疾病...

问题 老师好！我分别用课程里fst, pi, TajimaD 方法筛选出的top5%基因，都是只有第一条染色体上的（我的数据一共有16条染色体），出的图也都只是第一条染色体的。但是用fst和pi联合筛选的基因，16条染色体上的都有。为什么会出现这种情况呢？

问题 mapman 中如何添加 生长素 乙烯 激素的 合成转运的pathway？

像图片中的生长素的通路过程，但是在mapman 中没有这两种激素的下载信息，网站上也没找到，请教一下各位大神，有知道的没？希望不吝赐教，万分感谢！

文章 string数据库下载的文件

...说明书 1，neighborhood_on_chromosome: 这个特征表示在基因组中，两个基因是否靠近彼此，通常使用染色体上的物理距离来确定。如果两个基因在某些物种中距离非常接近，那么它们被认为是相邻的。 2，gene_fusion: 这个特征表示两个...

文章 gwas课程中 建树

Error: Insufficient values in manual scale. 22 needed but only 19 provided.

文章 linux 从文件中随机抽取部分数据

如何从某一个文本文件中随机抽取一部分数据。譬如右下方这样的基因表达量数据的统计文件ref_trans_full_table.xls目标是由此文件中随机抽取一部分数据。 1、可以利用shuf获取随机数据，譬如随机选出其中的10个基因：（先获取...

问题 MCScanX 使用中需要的简易gff脚本

MCScanX 使用中需要的gff比基因组的gff更为简略，请问是否有相应脚本可以生成？或者有什么方法可以制作这个gff呢？

问题 课程“微生物OTU网络图绘制(Cytoscape)”中，CoNet构建网络时按照操作步骤做出来初步网络的点和边的数量与课程中的不一致，是什么原因？

按照课程操作选择后产生的点和边数与课程不一致，我的Cytoscape版本为3.9.0 

问题 我想请教一下16s高级扩增子分析中的，微生物共存网络的问题，在“确定物种间存在相互作用关系的阈值，将相关性R矩阵内不符合的数据转换为0”这步中，按照视频中给的代码进行操作后报错，原因是矩阵中有缺失值，请问这个缺失值如何处理，把他如何赋值为0？

问题 WGCNA分析中模块与性状正负相关性的意思？

比如在下图中brown模块与weight性状成正相关，意思是指brown模块中基因在weight性状中表达量是上调的吗？brown模块与glucose-insulin性状成负相关，意思是指brown模块中基因在这个性状中表达量是下调的吗？ 请老师具体解释一下正负...

问题 motif分析中出现错误

问题 蛋白质组测序过程中搭桥是什么意思？

蛋白质组实验设计中，会因为样品数原因，会出现搭桥设计，什么事搭桥？什么样的样品需要搭桥？

问题 群体遗传分析过程中无法构建进化树

过程中supergene.phy和fasttree.nwk都可以生成，但利用ggtree.r -t fasttree.nwk -f $GROUP -g Group -n fasttree构建进化树就开始报错，邱老师解答：