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问题 老师您好,我在运行alpha diversity calculation 这段代码时出现报错信息,没有alpha_diversity.py这个文件,校验了下提供的代码确实没有,售后老师说可能是软件自带的,请问这种情况改如何解决?alpha_diversity.py,beta_diversity_through_plots.py,make_2d_plots.py,nmds.py,upgma_cluster.py这些都没有

文章 MEME使用参数说明

...的结构域。 所以,MEME的输入必须至少有一个Pearson/FASTA格式的序列文件。 命令:meme <dataset> [optional arguments] 这里的<dataset>就是那个序列文件,必须是Pearson/FASTA格式,文件格式示例: >ICYA_MANSE INSECTICYANIN A FORM (BLUE BI...

问题 参考图片

想问一下您“GATK外显子测序数据肿瘤体细胞突变数据分析”这篇文章里的最后一个图片出自哪个文献啊?想参考一下。谢谢

问题 老师,热图和进化树结合绘制用到的表达量文件在notpad++里如何把空格批量变成逗号

因为一直报错,我想是表达量表的格式没有和给出的参数格式不一致,除开第一列与后面的数据用tab键分开,其他的数据如何批量增加逗号

文章 MAFFT介绍

MAFFT简介 MAFFT是一种流行的多序列比对软件,广泛应用于生物信息学领域,特别是在系统发育分析和功能基因组学研究中。它通过采用快速傅里叶变换(FFT)来提高比对的速度和准确性,适用于大规模数据集的处理。MAFFT提供了...

文章 跟着文献学做图 | 用蛋白质序列做主成分分析(PCA)

...        package="seqinr"), format = "mase") 查看mase.res数据集的格式,若不理解可使用?as.alignment查看该类的描述。 > mase.res$nb[1] 6$nam[1] "Langur" "Baboon" "Human"  "Rat"    "Cow"    "Horse" $seq$seq[[1]][1] "-kifercelartlkklgldgykgvslanwvclakwesgynteatnynpgd...

问题 利用单拷贝直系同源基因蛋白序列做分歧时间树mcmctree

...分歧时间计算,在过程我发生了一些报错,我觉得可能是软件安装的问题,请问我需要安装哪个版本的软件呢? 比如我跑mcmctree mcmctree1.ctl时总报错:running codeml tmp0001.ctl  sh: codeml: 未找到命令

文章 非肿瘤文章集锦

...EO数据库获取AMI和非AMI全血的基因数据。此外,使用R 3.6.1软件中的“ Limma”软件包筛选差异表达基因(DEG)。通过R 3.6.1软件中的“ Bioconductor”和“ GOplot”软件包对DEG进行功能和途径富集分析。为了筛选hub基因,应用了STRING版本...

文章 Trinity报错“Error, not recognizing read name formatting”

在使用trinity做de novo的时候,发现软件报错了: 该报错指出fastq文件的reads名称不符合要求,于是查看了一下: 通过查询报错信息,认为可能是当前的reads名称让软件无法鉴别双端测序序列,于是做了如下的处理: 处理过之...

文章 VI、VIM用什么命令跳到文件头和文件尾

...拉伯数字,不是小写的L 方法二: 非编辑状态下:英文格式,输入gg 跳转到文件头 2.跳转到文件尾 方法一: 非编辑状态下:输入冒号(:),之后输入$方法二:非编辑状态下:按Shift+g 跳转到文件末尾方法三:非编辑状态下:...

文章 鉴定组装植物病毒——系统详尽的植物病毒学!

...中危害最大,防治最难的一类病害 。 随着基因组学和细胞学技术的发展,现在有很多手段对各种病毒进行检测鉴定以及对病毒的生态学和病原性及其与宿主相互作用进行深入研究。最近小编就看了随着基因组学和细胞学技术...

文章 R markdown 常用设置

...mment=''。 3.tidy=TRUE可以自动重新排列代码段, 使得代码段格式更符合规范. 4.collapse=TRUE:一个代码块的代码、输出通常被分解为多个原样文本块中, 如果一个代码块希望所有的代码、输出都写到同一个原样文本块中, 加选项collaps...

文章 2020年1-4月100+篇基因家族分析文献信息免费领取

...的个性化分析,求人不如求己,一切痛点都能解决:1. 单细胞/空间转录组正在大火,高分文章必备,0基础学单细胞/空间转录组分析,做更牛的个性化分析,绘更漂亮的图,点这个链接:单细胞/空间转录组分析实操 2. 2区文章...

文章 蛋白互作网络分析可视化文件修改升级 支持 PDF导出

...学习链接:WGCNA-加权基因共表达网络分析 4. 转录组数据怎么挖掘?学习链接:转录组标准分析后的数据挖掘 5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读 6. 更多学习内容:linux、perl、R语言画图,更多免费课程请点击以下链接: htt...

问题 求教:我用conda 安装qtlseq后,里面也安装了trimmomatic,可以查到,但是在运行qtlseq的命令的时候,却出现错误/bin/sh: trimmomatic: command not found

...trimmomatic: command not found这个错误,查看是不是安装了这个软件 如第二张截图,这个软件已经安装了,并用conda list 检查了一下,发现也在qtlseq环境下安装了,所以困惑是因为什么?是因为用bioconda安装的软件还需要什么设置吗?...