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文章 利用SNP构建指纹图谱！SNPT的使用教程！

...地址：http://www.shigatox.net/stec/cgi-bin/snpt这个软件可以做的分析： Indentify unique SNPs profiles and assign sequence types(MST);Calculate allele frequencies;Find informative SNPs;Calculate D (Index of the Discrininatory Ability);Find the set(s) of minimum SNPs;Output MST data file...

文章 linux命令之pwd

...法pwd（选项）选项--help：显示帮助信息； --version：显示版本信息。 实例[root@localhost ~]# pwd /root

文章 IF=4.1|玉米ARF基因家族的泛基因组分析和表达验证

...研究基于玉米泛基因组数据，全面鉴定了ZmARF家族成员，分析了其基因结构、染色体分布、进化关系及变异特征。结合不同组织及胁迫条件下的表达数据，验证了关键ZmARF基因的表达模式，并探讨其可能的生物学功能。随着泛基...

问题 基因家族成员命名问题

老师您好，在分析的时候我发现该物种的基因ID从小到大排序与染色体从小到大不一致，比如基因ID 为1，2，3，4，5，他们分别分布的的染色体为chr5，chr2，chr4，chr3，chr1，这样的话我是按照基因在染色体的位置顺序命名，还是按...

文章 还不知道，如何选择适合自己的项目管理软件?

...备项目组织所需要的各种功能。例如，程序是否包含工作分析结构以及甘特图和网络图，资源平衡或均衡算法怎么样？系统能否排序和筛选信息、监控预算、生成定制的日程表，并协助进行跟踪和控制？它能否检查出资源配置不...

文章 中小企业团队敏捷产品开发流程的最佳实践

在敏捷开发过程中，一个产品或者一个发布版本通常是由多个冲刺来实现的，每个冲刺都能增量交付可运行的系统功能，实现客户价值。每个冲刺都是从冲刺规划开始，团队成员一起商定冲刺目标和明确交付的系统功能，并进行...

问题 Mac电脑下载安装ecilpse无法正常打开

在官网上下载eclipse 打开的时候出现以下报错 以下是我的jdk版本 还有我的环境变量 问题应该不是java的事，而且也不是网上说的工作路径中包含了中文

文章 Perl 子程序(函数)

...用子程序语法格式： subroutine(参数列表); 在 Perl 5.0 以下版本调用子程序方法如下： &subroutine(参数列表); 在新版本上，虽然也支持该调用方法，但不推荐使用。 接下来我们来看一个简单是实例： 实例#!/usr/bin/perl # 函数定...

问题 xpclr 软件不能运行

...## 原始的XPCLR分析：https://www.omicsclass.com/article/1334#python 版本的xpclr,结果说明见：  https://github.com/hardingnj/xpclrfor i in Chr1 Chr2 Chr3 Chr4 Chr5 Chr6 Chr7;do  #不同的染色体分别计算    xpclr --format vcf --input $workdir/00.filter/clean.vcf.gz \     ...

文章 提取合并基因家族的domain序列

在做基因家族分析中，使用hmmsearch搜索到结构域后，如果基因有多个domain，并且需要将所有domain提取连接在一起，可以使用下面的脚本完成。 使用方法： 命令如下： perl   domain_hebing.fa.pl   hmmsearch.out.txt   Arabidopsis_thaliana.TAIR1...

文章 转录组分析基因注释常用的数据库

1 、Nr：NCBI非冗余蛋白数据库，包含的信息很全面, 注释到的基因较多。 2、COG ：中文释义即“同源蛋白簇”。COG 分为两类，一类是原核生物的，另一类是真核生物。原核生物的一般称为 COG 数据库；真核生物的一般称为 KOG 数...

文章 IF=11.8| 钟花樱的端粒到端粒基因组揭示了樱花亚属的基因组进化

...8.2%。 03. 基因组之间的比较 把自己的组装和此前的V1.0版本组装进行比较，有 270.82 Mb （97.5%） 的共线区。在共线性区域内鉴定了336,943 个单核苷酸多态性 （SNP），其中 166,274 个分布在基因区域，170,669 个分布在基因间区域；...

文章 linux shell 将多行文件转换为一行

...下： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）...

问题 微生物共现网络问题

我在使用Cytoscape软件的Conet包进行网络分析，我的土壤有多个分组，每个分组的样品数量也是一样的。其它分组都没问题，但是再进行某一个分组时，再第一步软件就报错。我尝试改格式等各种方法都试了，第一步就是进行不下...

文章 perl中读取和写出Excel的包，xls，和xlsx

...Spreadsheet::ParseXLSX。 use Spreadsheet::ParseExcel;#读取Excel2003版本的excel文件 my $parser   = Spreadsheet::ParseExcel->new();my $workbook = $parser->parse('test.xls');if ( !defined $workbook ) {    die $parser->error(), ".\n";}my $worksheet = $workbook->worksheet('Sheet...