问题 测序文件中提取基因序列

从公共数据库中的下载的二代基因组测序文件（双端测序：.fastq_1，.fastq_2文件），下载后多个样本后，如何从这些测序文件中提取特定某个基因序列信息进行后续分析特异性分析。

问题 P值与矫正后P值

最近分析的好多组数据矫正后P值都是这样，或者干脆全部是1，用limma包分析的，请问这是什么原因导致的呢？能不能直接用P值呢？

问题 老师好，想请教一下，如果拟搜索的家族是一个超家族，序列长度较长，比如图，463bp。用hmmsearch后，hit到的结果里面的hmm coord from to 是存在好多的一部分的片段，比如310~460的部分片段，但是E值很小。请问这种hit结果如何筛选？如何建立自己的隐马科夫模型？谢谢

问题 WGCNA分析基因的筛选

做WGCNA的时候，用两个材料做的时间点处理，总共检测到表达的有8万多个，但是每个材料处理间差异表达基因就有一两万个，差异基因并集有2.5万个，需要再怎么筛选一下？ 样品是8组，24个样，可以用8组来分析吗，还是要用24...

问题 lncRNA分析结果中，和参考基因组的比对效率比较低，那么我在发文章过程中，审稿人会有异议么？

问题 请问怎么找出基因组序列中所有基因的起始终止位置，或者怎么从基因组或者什么文件中找到某些基因的起始终止位置

问题 老师，您好，请问string数据库中没有丹参，可以选择物种为拟南芥，然后根据同源蛋白推测丹参中的互作蛋白吗？

问题 请问，有些文献中，给出的KME值，在WGCNA教程中，生成的"10_GS_and_MM.xls"文件中，哪个和它是对应的？比如下图所示。文献链接如下：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5429000/

问题 阈值中有效SNP的计算

我们GWAS课程中的阈值设置是0.05/total SNP 或者1/total SNP，但是文献中一般都是用Genetic type 1 Error Calculator (GEC)软件计算出有效的SNP个数，再计算阈值？这个在咱们课程怎么没有提及？

问题 N50多少，证明组装的好？这篇由SXR写的文章中的下图是哪一篇文献中的，求文献题目

该图在此文章中，是genome size 和 gene size 的对数对应关系图

问题 如何手动将aln转成axt？

kaks计算用了很多种方法转换axt，最后计算都说不equal，查看序列都相同，也符合三的倍数，都含有ATG，但是就是不equal，查到老师说可以用notepad++手动转成axt，请问怎么转呢？

问题 (WGCNA) 已有基因模块分析结果，如何将其继续转换成可以用于cytoscape作图的文件？

...样本表达模式结果excel展示（包含模块特征值在各个样本中归一化的数值）。 其实就是WGCNA课程里将分析数据转换成cytoscape绘图文件之前的分析结果都以excel展示了，如何把这些excel结果继续转换成用于cytoscape绘图的文件？ 先谢...

问题 bandage中节点的深度

问题一：在bandage中节点的深度有500X，但实际上我的测序数据只有30X，为什么bandage中和实际的深度是不同的呢？ 问题二：在bandage中，不同节点的测序深度差别很大，最低的深度有500X，最高的深度有5000X，请问是什么原因造成了...

文章 详细介绍如何利用iTOL在进化树中用颜色体现样品分组信息

前不久有小伙伴问到怎样才能在进化树中体现样品的分组，其实很简单，小编就来讲讲怎样实现吧。 使用的工具是iTOL这款在线软件，可点这里 绘一棵超酷炫的系统发育树 了解iTOL的使用方法。基础的使用方法就不再讲述了，...

文章 基因组Hic挂载AGP文件格式说明

...证据表明有gap，应该要打断大片段序列；centromere，表示中心粒的gap；short_arm，a gap inserted at the start of an acrocentric chromosome；heterochromatin，a gap inserted for an especially large region of heterochromatic sequence；telomere，a gap inserted for the telomere...