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问题 您好，我扩增子分类注释报错了，麻烦您帮我看看

...0.8 --rev --maxaccepts 3 --allhits --libonly --lib "/work/database/SILVA_132_QIIME_release/rep_set/rep_set_16S_only/97/silva_132_97_16S.fna" --uc "/work/tmp/UclustConsensusTaxonAssigner_al463L.uc" > "/work/tmp/tmpFpr35JVJzUH7cdtvNUfw.txt" 2> "/work/tmp/tmpW7bSxCiAuQqVCErU3a2S.txt" Traceback (...

文章 rbsurv对生存分析的单因素进行鲁棒性检验

...; head(exprSet)[0:6, 0:6] bcr_patient_barcode time status NEAT1 MIR205HG LRRC75A_AS1 1 TCGA-2W-A8YY 148 0 37464.39 19.90881 24651.08 2 TCGA-4J-AA1J 226 0 81280.86 30453.54242 12288.18 3 TCGA-BI-A0VR 1505 0 57859.60 23164.53371 22721.61 4 ...

文章 EndHiC绘制HIC热图

EndHiC软件中matrix2heatmap.py脚本可以绘制HIC热图。 其使用的输入文件为Hic-pro生成的输出文件：AthaHiC_100000_abs.bed 和 AthaHiC_100000.matrix bed格式如下： chr1_1  0       100000  1chr1_1  100000  200000  2chr1_1  200000  300000  3chr1_1  300000  40...

问题 R语言绘制数据地图中使用tmap程序包绘制的时候，想对图例的字体格式进行修改，不知该用什么参数，求大神指教！

...ll即可，或者也可使用命令来安装 ##if (!requireNamespace("openxlsx", quietly = TRUE)) install.packages('openxlsx',update=F) ##if (!requireNamespace("dplyr", quietly = TRUE)) install.packages('dplyr',update=F) library(openxlsx) library(rgdal) library(dplyr) library(tmap) library(tm...

文章 HISAT2比对时报错|(ERR): hisat2-align died with signal 9 (KILL)

我有12个样本在进行HISAT2比对时有3个样本出现报错(ERR): hisat2-align died with signal 9 (KILL) 运行脚本： hisat2 -p 10 --rg-id=L2 --rg SM:L2 --rg LB:L2 --rg PL:ILLUMINA -x iwgsc_refseqv2.1_assembly --dta -1 L2_1.clean.fq.gz -2 L2_2.clean.fq.gz 2> L2.summary 运行一段...

文章 R magick 包安装包错

...ist, fromType = opt$idtype, toType = opt$totype, OrgDb = opt$ann.db) :   26.02% of input gene IDs are fail to map... --> No gene can be mapped.... --> Expected input gene ID: --> return NULL... NULL Error in (function (classes, fdef, mtable)  :   unable to find an inherited method...

文章 linux用户管理命令介绍

...                    //给phpq用户设置密码 2、建工作组groupadd test                          //新建test工作组 3、新建用户同时增加工作组useradd -g test phpq                      //新建phpq用户并增加...

文章 一文教你绘制九象限图

...阈值线 fc_cutoff <- 2 fdr_cutoff <- 0.01 3.读入数据 #设置工作路径 setwd("~/test") #读入转录组数据 RNA<-read.table("RNA.xls",header=T) head(rnaseq) #读入蛋白质组数据 protein=read.table("protein.xls",header=T) head(protein) 数据格式如下（表头不要...

文章 BaiduPCS-Go 使用小技巧

...分享链接> <提取码> 注意: 转存文件保存到当前工作目录下, 不支持指定. 例子 BaiduPCS-Go transfer https://pan.baidu.com/s/12L_ZZVNxz5f_2CccoyyVrW?pwd=edv4 5. 下载文件更改保存文件夹 config set --savedir 自己想保存的文件夹BaiduPCS-Go...

文章 根据fastq ID列表，输出指定ID对应的双端或单端fastq文件

...   main()用法如下usage: get_id_fqgz.py [-h] input_fastq_gz output_file2，使用perl脚本根据这个id文件和原始数据生成所需的cleandatause Bio::SeqIO; use Bio::Seq; use Term::ProgressBar; if (@ARGV == 3) { my ($id_file, $fq1_file, $out1_file) = @ARGV; filter_fastq($id_fi...

问题 得到INDEL,在做注释的时候报错。

...nic format error): <line39frameshift insertion:PenpuA10015065.g:exon6:c.2dupT:p.M1fschrA1563147563147-T0.470861614.816chrA1563147.AAT61614.8PASSAC=245;AF=0.358;AN=684;BaseQRankSum=-2.000e-01;DP=6109;ExcessHet=160.0000;FS=1.802;InbreedingCoeff=-0.5141;MLEAC=247;MLEAF=0.361;MQ=44.81;MQRankSum=-6.93...

文章 TCGA数据下载

...ication" workflow_type <- "HTSeq - Counts" legacy <- FALSE # 设置工作目录 setwd(work_dir) # 下载基因表达量，count数格式的结果 DataDirectory <- paste0(work_dir,"/GDC/",gsub("-","_",projects)) FileNameData <- paste0(DataDirectory, "_","Gene_HTSeq_Counts",".rda") # ...

文章 cytoscape软件的安装与使用_v3.10.2

...装 1. 软件下载地址：https://cytoscape.org/    最新版本3.10.2。下载安装非常简捷，进入网址点击“Download 3.10.2”直接下载即可。 2. Cytoscape安装需要配置Java环境，不过不用担心，现在安装cytoscape软件过程中会默认下载相应版本的jav...

文章 @程序猿，还在无休止的加班吗？

在国内，许多公司都还没有认识到软件开发是一项知识性工作，普遍对软件开发的理解还很肤浅，认为可以通过加人、加班就可以加快软件开发的进度。更悲催的是，很多员工自己也没有认识到这一点，每当问到为什么项目进度...

文章 rocks7 集群安装笔记

...去rocks官网获取roll镜像： http://www.rocksclusters.org/downloads/2017-12-01-download-rocks-7-0-manzanita.html 这里也提供度盘资源： 链接：https://pan.baidu.com/s/1nLjxZ0VnmbR_QUEfFS0rAA 提取码：87ds 2、镜像部署 镜像悉数下载完成并检查文件完整性...