...算公式： Ka=发生非同义替换的SNP数 或者 非同义替换位点数 Ks=发生同义替换的SNP数 或者 同义替换位点数 其中非同义替换位点数就是会造成氨基酸变化的位点数的总和，比如编码丝氨酸（ser）的第一二位碱基。而同义替换位...
...化选择作用。 计算方法： Ks = 同义突变SNP数/同义位点数， 即同义突变率Ka = 非同义突变SNP数/非同义位点数， 即非同义突变率 同义突变SNP数= Σ同义SNP非同义突变SNP数= Σ非同义SNP同义位点数= Σ同义位点非同义位点数= Σ...
...methylation level : 区域内甲基化的碱基数量/（甲基化的位点数+未甲基化的位点数）。即绿色位点数量/（绿色位点数量+蓝色位点数量） 3.mean methylation level : （区域内所有甲基化位点 支持甲基化胞嘧啶的读取/reads深度 之和）...
...一步划分为： 完全二叉树：除了最底层外，每一层的节点数都达到最大值，最底层的节点都连续集中在左侧。满二叉树：所有层的节点数都达到最大值，即每一层都是满的。平衡二叉树：任意节点的左右子树的高度差不超过1。...
...纯化选择作用。 计算方法： Ks = 同义突变SNP数/同义位点数， 即同义突变率Ka = 非同义突变SNP数/非同义位点数， 即非同义突变率 同义突变SNP数= Σ同义SNP非同义突变SNP数= Σ非同义SNP同义位点数= Σ同义位点非同义位点数= Σ非...
...异率时，可以用zcat clean.vcf.gz|grep -v "#"|wc -l得到总的SNP位点数除以参考基因组的大小来计算么？ 另外对于vcftools --gzvcf all.varFilter.vcf.gz --recode --recode-INFO-all --stdout --maf 0.05 --max-missing 0.8 --minDP 2 -- maxDP 1000 --minQ 30 --minGQ 0 --min-allele...
自建hmm模型，检查了wrky.hmm与自建xx.hmm 文件（图一、图二）。 在hmmsearch 时：hmmsearch --domtblout xx_hmm_out.txt --cut_tc xx.hmm xx.pep.all.fa 报错：Error: bad file format in HMM file NLRP.hmm 图一 图二 图三
自建hmm模型，检查了wrky.hmm与自建xx.hmm 文件（图一、图二）。 在hmmsearch 时：hmmsearch --domtblout xx_hmm_out.txt --cut_tc xx.hmm xx.pep.all.fa报错：Error: bad file format in HMM file NLRP.hmm图一图二图三
...ev/mapper/rl_omicsclass--a05-home -l +100%FREE 表示将所有剩余空间分配给该逻辑卷。 5. 调整文件系统大小 根据 /home 的文件系统类型（通常是 ext4 或 xfs），选择对应命令： 如果是 ext4： sudo resize2fs /dev/mapper/rl_omicsclass--a05-home 如果是...
老师您好！ 我在使用HMM模型搜索目标蛋白时，遇到一点问题。我所做的植物是无花果，目前只有基因组序列文件，还没有蛋白序列、CDS序列文件。 实验室有转录组的数据，请问我是否可以基于转录组数据，来找目标基因呢？HM...
老师，请问泛基因家族成员鉴定中，hmmer结构域搜索；；我有两个结构域，而hmmersearch一次只能筛选一个结构域；请问如何筛选同时含有两个结构域的呢；请问这两条指令如何修改？hmmsearch --domtblout ./${ind}.CDPK_hmmerOut.txt --cut_tc ./CD...
无论您是学生还是老师，只要做科研，搜索文献就是一项必不可少的基本技能。 在搜索文献时，我们常常会用到PubMed数据库。通过关键词搜索文献是最简单也最常用的方法，比如搜索和"transcriptome"相关的文章，搜索结果是50437...