找到约 12 条结果

问题 请问老师，我重新修改了软链接，但是基因组序列文件和注释文件批量链接还是出错，为红色

...是这样 基因数据在这个位置，这是我新修改的软链接，docker run -it --name pangenefamily --group-add keep-groups -v ~/pan-gene-family/:/work -v /home/us367/pan-gene-family/pan-gene-family_maize/data:/work/pan-gene-family_maize/data -v /home/us367/pan-gene-family/pan_gene_list/da...

问题 基因组注释 ，seqclean软件报错

...在做基因组注释时，PASA_assembly中，seqclean报错，使用的是docker的镜像，已添加export USER='me'   报错信息如下： /work/zhushi/04.PASA_assembly/UniVec seqclean running options:  seqclean all_transcripts.fasta -c 10 -n 10000 -v ./UniVec  Standard log file: seqcl_...

问题 老师，在使用 perl ../script/get_fa_by_id.pl进行基因家族成员顺势作用原件分析与展示时程序报killed

这里用的是玉米基因组2.1G， 开始搭建镜像时docker run -m 10G --cpus 2 --rm -v C:/gene-family:/work -it omicsclass/gene-family:v1.0.1 给了10G, 然后不管是使用perl ../script/get_promoter.pl ../Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa mrna_location.txt promoter.fa还是拆...

问题 老师，您好，我按照课程安装doekcr，下载了群体遗传学的镜像，在启动镜像的时候总是显示错误，请问老师该如何解决呢？

...下载了群体遗传学的镜像，在启动镜像的时候执行指令：docker run --rm -it -m 4G --cpus 1 -v /home/share/pop-evol:work omicsclass/pop-evol-gwas:latest 总是显示Error response from daemon：failed to create task for container: failed to create shim task: OCI runtime create fa...

问题 Raw-mode is unavailable courtesy of Hyper-V. (VERR_SUPDRV_NO_RAW_MODE_HYPER_V_ROOT).

尝试安装过docker desktop，导致toolbox无法启动 Windows10无法完全关闭Hyper-V导致VirtualBox 虚拟机无法启动 Raw-mode is unavailable courtesy of Hyper-V. (VERR_SUPDRV_NO_RAW_MODE_HYPER_V_ROOT). 返回 代码:E_FAIL (0x80004005)组件:ConsoleWrap界面:IConsole {872da645-4a...

问题 使用独享服务器A，256G内存，hifi组装t2t基因组（基因组1g，hifi测序60x），命令运行很久后，竟然自动kill，是内存不够吗

docker run -it -m 245G --name t2t -v ~/T75T2T/:/work omicsclass/genome-t2t:v1.1

问题 ALLHIC显示找不到sample.bwa_mem.bam

..._and_load] Could not retrieve index file for '/work/genome/assembly/output/docker/GM/30.ALLHiC2/sample.bwa_mem.bam'。但该地址下是有该文件的。 第二个问题是ALLHIC1时形成了sample.clean.counts_GATC.13g1.txt、sample.clean.counts_GATC.13g2.txt、sample.clean.counts_GATC.13g3.txt...

问题 老师，这是我的gene.list和其他文件的基因，不是只有一个，而且也能对上，但是做domaindomain_final.bed的时候就只有一个基因，我试了WRKY和FAE1这两个家族，都会出现这种情况

这是手动找出来的基因，在docker里list也是没问题的，检查了其他文件也没问题，基因也能对上很多 这是之前WRKY的截图，只有一个，后面做FAE1也是一模一样的情况 是list里面的基因格式有问题么？文件里是这种BnaA01G0038300GG BnaA0...

问题 重复序列注释问题

老师您好，我在用 omicsclass 的docker 镜像进行基因组重复序列注释时，出现如下错误该如何解决？  W tensorflow/stream_executor/platform/default/dso_loader.cc:64] Could not load dynamic library 'libcuda.so.1'; dlerror: libcuda.so.1: cannot open shared object file: No ...

问题 Admixture算STRUCTURE，出来的CV erro值随着K增大而递增是怎么回事，算了好几组数据都这样

...果的CV值都随着K增大而递增，用的是群体遗传进化课程中docker的代码，如下： workdir=/work #设置工作路径 refdir=$workdir/ref datadir=$workdir/data scriptdir=$workdir/scripts export PATH=$scriptdir:$PATH GROUP=$datadir/yuan.txt #LD过滤 plink --vcf  $wo...

问题 ANNOVAR变异注释报错：Erro: invalid record found in exonic_variant_function file (exonic format error)

...组学大讲堂的云服务器，没有权限，不知道我们所使用的docker镜像和云服务器中的脚本是否是最新的？ 看到也有别的人提了相似的问题，可能在refGene,cytoBand,1000g2014oct_eur,1000g2014oct_afr,exac03,ljb26_all,clinvar_20140929,snp138中找不到的...

问题 使用tcga_gene_exp_download.r下载TCGA数据始终无法产生gene expression相关的文件 killed

这是我用docker 镜像下载完成后的数据，更换成课程使用的HNSC也无法产生表达的总结数据，更换网络也不能改善 更换网络同样无法改善 代码没做太多修改，是什么参数除了问题吗 表达的原始数据应该成功下载 运行过程： F...