所有流程在docker里面能正常使用。但由于是在HPC服务器上跑,只支持singularity,因此将docker容器转化为singularity的沙盘后运行。发现多个涉及repeatmasker的脚本不能正常运行,原因是repeatmasker没有配置rmblast。于是手动cofigure,提示...
下图是我登录的命令: 下图是登录到rstudio中的界面:没有与我的文件夹关联起来,这是怎么回事啊。
下面命令中用到的qtlplot怎么下载,从哪里下载安装到服务器上,不使用docker的情况下 qtlplot -v qtlseq.RS-blast.clean.vcf.gz -r HitomeboreWT --bulk1ID S-bulk --bulk2ID R-bulk --N-bulk1 20 --N-bulk2 20 -m 0.3 --out qtlseq_SR-blast
复盘RNAseq自主分析课程内容,在生成gene length文件时,产生上述报错。 代码:RUN CMD: python /work/rnaseq_demo/my_rnaseq/scripts/get_gene_length_from_gtf.py -g Homo_sapiens.GRCh38.101.chromosome.22.gtf -p gene_length 报错:bash: RUN: command not found
docker vitualbox安装时报错:Unable to start the VM: C:\Program Files\Oracle\VirtualBox\VBoxManage.exe startvm default --type headless failed: VBoxManage.exe: error: The virtual machine 'default' has terminated unexpectedly during startup with exit code -1073741819 (0xc0000005) VBoxManage.exe: ...