3个生物学重复,但是生物学重复性不好。两个物种都是无参转录组。其中一个差异基因只有二三百,而另一个差异基因却有9000多。
老师您好,我有两个问题。我的转录组测了两个物种,各3个发育时期A,B,C,发育时间顺序是A到B到C一个连续的时间顺序。两个种是同科的,相对近缘。筛选差异基因的阈值相同,都选定为FDR<0.05 且 |log2FC|>1,即两倍的差异倍数。
1 得到的差异基因数量相差非常多,一个物种的差异基因只有一两百,而另一个物种的差异基因多达9000多。除去可能存在的取样时候的问题,基于现有数据,这种情况一般该怎么处理?是否需要放宽差异基因数较少的阈值范围,比如差异倍数放宽至1.5倍。
2 公司给我的结果,只给了A vs B,和 B vs C两组差异分析结果,并未给出A vs C这两个时期对比出的差异基因。由于A,B,C是一个物种花发育的连续时期,您觉得是否有必要对A时期和C时期进行差异基因分析?
期待您的回复!非常感谢老师!