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基于图形泛基因组文件call取sv的时候,运行命令nohup vg call new_index.giraffe.gbz -r new_index.snarls -k D23.pack -a -A -t 30 -s D23 > D23.vcf 2>call.o &,显示done,但生成的vcf文件里面没有变异位点,只有个头,如截图中所示。这种问题怎么解决呢?
1/254
2025-12-29 21:56
让公司给构建好的图形泛基因组,只有vcf格式文件,要拿它作为参考去基于二代重测序的数据call snp,需要将vcf 文件转化成啥格式呢?转化后用什么软件去call snp 呢?
1/368
2025-12-07 15:15
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