dadi分析

dadi 分析的时一一个报错,命令是table_annovar.pl $data/goat.recode.vcf ./ -buildver unknown -out snp -remove -protocol refGene -operation g -nastring . -vcfinput 报错如下:我建议老师能进入我的路径看看。attachments-2025-09-91HfDq5B68c29b806feed.PNG

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1 个回答

Ti Amo

问题出现在coding_change.pl脚本的,77行存在一个正则表达的匹配要求:

$field[2] =~ m/^[\w\-\.\@\/]+?:([\w\.]+?):exon\d+:c.([\w\->]+)(:p.([\w\*]+))?/ or die "Error: invalid record found in exonic_variant_function fi
在这一行上要求第三列的的第二部分(也就是rna名字)是([\w\.]+?)这个范围内的东西,而你的rna名字存在”-“,这个是他不能接受的

gtf不符合标准格式。标准格式如下:
attachments-2025-09-wZWYfZMU68c2a2ce9702a.png

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