问题出现在coding_change.pl脚本的,77行存在一个正则表达的匹配要求:
$field[2] =~ m/^[\w\-\.\@\/]+?:([\w\.]+?):exon\d+:c.([\w\->]+)(:p.([\w\*]+))?/ or die "Error: invalid record found in exonic_variant_function fi
在这一行上要求第三列的的第二部分(也就是rna名字)是([\w\.]+?)这个范围内的东西,而你的rna名字存在”-“,这个是他不能接受的
gtf不符合标准格式。标准格式如下: