基因家族数据准备#提取cds序列#提取pep序列

我做的是大麦Hordeum_vulgare品种的数据准备,但是当我输入

#提取cds序列

/share/work/biosoft/TransDecoder/latest/util/gff3_file_to_proteins.pl  --gff3  $species.longest_isoform.gff3 --fasta $genome  --seqType CDS >$species.cds.fa

#提取pep序列

/share/work/biosoft/TransDecoder/latest/util/gff3_file_to_proteins.pl  --gff3  $species.longest_isoform.gff3  --fasta  $genome --seqType prot >$species.pep.fa

这两个口令的时候程序没有任何反应,我等很久都没有反应,但是放后台拉过来也能看到是显示在running。但是试了很多次也都没有跑成功不知道是那里出了问题

attachments-2025-08-xtOsvrWe68a1c30710a55.pngattachments-2025-08-blYk2ntQ68a1c310ce2a4.png请老师解答!感谢

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2 个回答

rzx

看基因组挺大的,放后台过几十分钟再看看。

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gene天菜

attachments-2025-08-hO4ea4WV68a2c3778fce8.pngattachments-2025-08-T24XqQVS68a2b1dd969d9.pngattachments-2025-08-5v8T9QLW68a2b1e624955.pngattachments-2025-08-jkym22oN68a2c38858d5c.png

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