XP-CLR

我用命令参数cd  $workdir/05.select_sweep

mkdir xpclr

cd xpclr

gzvcf=$workdir/00.filter/clean.vcf.gz

window=10000

step=5000

做xpclr的时候,做出的值都没有,会出的图是空的,如图(我用的是山羊芯片数据大概有50000个snp,参数设置是不是不对?) 

attachments-2025-07-eWORUH6v687e4bfdc0e66.png

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2 个回答

Ti Amo

1. 确认你的“for i in Chr1 Chr2 Chr3 Chr4 Chr5 Chr6 Chr7;do”这边修改成了你vcf里面的序列ID

2. 需要check你的vcf文件里面样本名称在wild_popid.txt和cultivated_popid.txt 都是存在的。

3. --size $window  --step $step --maxsnps 200 --minsnps 5看下你划分的窗口里面snp数目在5-200这个范畴吗

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随风

前两项都有, 第3项怎么确定?先看是我的vcf 文件 attachments-2025-07-HcpTlUbb687f805dc0615.PNG

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  • 随风 提出于 1天前