我用命令参数cd $workdir/05.select_sweep
mkdir xpclr
cd xpclr
gzvcf=$workdir/00.filter/clean.vcf.gz
window=10000
step=5000
做xpclr的时候,做出的值都没有,会出的图是空的,如图(我用的是山羊芯片数据大概有50000个snp,参数设置是不是不对?)
1. 确认你的“for i in Chr1 Chr2 Chr3 Chr4 Chr5 Chr6 Chr7;do”这边修改成了你vcf里面的序列ID
2. 需要check你的vcf文件里面样本名称在wild_popid.txt和cultivated_popid.txt 都是存在的。
3. --size $window --step $step --maxsnps 200 --minsnps 5看下你划分的窗口里面snp数目在5-200这个范畴吗
前两项都有, 第3项怎么确定?先看是我的vcf 文件