代谢组富集分析时文档07.all_keggid.txt里是某个模式物种的全部代谢物还是公司检测出的所有代谢物?还有富集分析一般p值就可以吗

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rzx

无论是下载下来的该物种的全部代谢物,还是公司检出的,只要是识别到有ko号的,都可以放进来。

还有最终会生成富集分析结果表07.KEGG_enrichment_result.csv,里面有P值、矫正后的q值。一般P值就可以,如果想在绘图中展示q阈值结果,可以简单修改一下脚本。

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