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GWAS分析绘制QQ图时，Observed值与Expected值相差较大
整整两天，梳理了两三遍数据，原来是因为表型数据的样本名称和.vcf文件的样本名称不匹配(-和_不统一)，从而导致模型拟合度很差，P值填充的NaN值比例高达44%，而正常绘图的NaN值比例仅为10%左右，下面这两张曼哈顿图也是同样的原因
回答于 2025-05-19 10:46
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根据覆盖度及比对率如何剔除样品、gatk VariantFiltration过滤
好的老师，我根据您的回答又去百度了一下，直接删除覆盖度低、比对率的样本过于粗暴，它们或许含有很重要的变异位点，-在vcftools中设置-max-missing 0.7 --minDP 4参数删除下低质量变异位点就行，谢谢您啦
回答于 2025-01-13 12:00
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老师，您好，我在运行gatk的HaplotypeCaller时，因为样本过多（...
老师您好，应该就是我占用内存太多了，上传的任务太多了。 老师，我还想请教一下， 我去问了我们学院做重测序的师弟，他说最多也就放5个，他是2G基因组，也是10X的，但是他一个样本就是占用400%的CPU，七八个小时就结束了，我的基因组是1.37G的，10X的测序，我现在的一个样本是差不多150%-200%的CPU，按之前的经验也要两天...
回答于 2024-10-23 12:07