单端测序（Single-read）：是指测序引物结合位点只连接到待测片段的一端，然后末端加上接头，将片段固定在flowcell上形成簇，上机测序单端读取序列。

双端测序（Paired-end）：是指在构建待测文库时在两端都加上测序引物结合位点，在第一轮测序完成后，去除第一轮测序的模板链，用对读测序模块引导互补链在原位置再生和扩增，以达到第二轮测序所用的模板量，进行第二轮互补链的合成测序。

通常情况下转录组测序都采用的是Paired-end测序法，小RNA测序采用单端50bp测序。