问题 如何在水稻3k中下载不同品种的基因组数据，用于发现某品种中是否存在某个基因

文章 QIIME1格式转换

... 1.对过程报告整理： grep 'OTU' -B 1 faprotax_report.txt | grep -v -P '^--$' > faprotax_report.clean perl otu.pl -iclean faprotax_report.clean -o1 func_otu.txt -o2 func_nums.txt -o3 mat.txt -o4 otu_func.txt 得到功能有无矩阵mat.txt（格式同otu_table后跟物种注释） ...

问题 您这里的课程筛选串联重复基因的标准是参照这篇文献的extent of gene duplication in the genomes of Drosophila,nematode ,and yeast(2002). Mol Biol Evol。 这篇文献是用的果蝇，线虫，和酵母菌的，可我做的是植物，我还可以用这种方法吗

问题 老师们好，我使用misa工具搜索ssr，网上教程是接下来用primer3设计引物，但是我的电脑是mac系统，网上教程大多是win的，所以就卡在了这一步。请问mac系统可以装primer3吗？misa生成的结果文件还有什么方法可以批量设计引物呢？

问题 老师，别人发的一篇泛基因组文章，应该是从头组装构建的，每个基因组对于参考基因组的SV，是不是用他们这个SV文件就可以合成图谱，就是一堆SV怎么搞成线性化，跟正常基因组一样的，作为一个参考基因组，这个是可行的吗，如何操作

问题 老师，别人发的一篇泛基因组文章，应该是从头组装构建的，每个基因组对于参考基因组的SV，是不是用他们这个SV文件就可以合成图谱，就是一堆SV怎么搞成线性化，跟正常基因组一样的，作为一个参考基因组，这个是可行的吗，如何操作

问题 老师，别人发的一篇泛基因组文章，应该是从头组装构建的，每个基因组对于参考基因组的SV，是不是用他们这个SV文件就可以合成图谱，就是一堆SV怎么搞成线性化，跟正常基因组一样的，作为一个参考基因组，这个是可行的吗，如何操作

问题 泛基因组分析中26Pan-genes.list这个文件在自己要分析的物种中怎么生成？没有相关方法介绍

泛基因组分析中26Pan-genes.list这个文件在自己要分析的物种中怎么生成？没有相关方法介绍，请提供相关方法，谢谢

文章 如何利用HMMER鉴定基因家族成员

...am数据库的隐马尔可夫模型。记住模型下载是在pfam数据库中，选择你自己需要的模型即可，如若没有你需要的模型怎么办呢，这时我们可以自己建立模型，请看图3后一行码。2、在pfam数据没有模型的时候，我们可以利用clustalX2要...

问题 circos绘图时共线性基因的字号在plot中修改吗？是在下面图片中修改吗？

问题 测序数据质控中Q20、Q30是什么意思？包括合同中写的Q30大于80%。

问题 老师，我提取cds ，pep用基因的ID，作为序列的ID命令。运行出来"No such file or directory; can't open file ./.longest_isoform.gff3"但是我打开输出文件看是有数据的。是不是不用管No such file or direc...提示

下面是运行图和输出文件

问题 双样本非配对/配对t-test中出现“公式方法中不可使用paired”的错误提示

双样本非配对 双样本配对

问题 老师您好，我按照课程提取NAC基因家族成员的domain序列后，MEGA比对显示没有找到共同的位点，没办法做进化树。用TBtools进行快速修剪后依然不行。我就用CDD去验证成员的domain序列，结果显示我的domain序列提取应该是没问题的。不知道这是由什么引起的呢，麻烦老师解答一下。

问题 想问下用ADMIXTURE进行群体结构分析后，用课程提供代码可视化的时候，一直出现如下图的报错是怎么回事儿?输入文件的P,Q,nosex文件都检查了，没发现哪里的问题，之前其实也做过同样的分析，没有出现问题。这次只是数据量和个体数不同。应该怎么办？谢谢大家。