问题 P值与矫正后P值

最近分析的好多组数据矫正后P值都是这样，或者干脆全部是1，用limma包分析的，请问这是什么原因导致的呢？能不能直接用P值呢？

问题 WGCNA分析基因的筛选

做WGCNA的时候，用两个材料做的时间点处理，总共检测到表达的有8万多个，但是每个材料处理间差异表达基因就有一两万个，差异基因并集有2.5万个，需要再怎么筛选一下？ 样品是8组，24个样，可以用8组来分析吗，还是要用24...

问题 老师好，想请教一下，如果拟搜索的家族是一个超家族，序列长度较长，比如图，463bp。用hmmsearch后，hit到的结果里面的hmm coord from to 是存在好多的一部分的片段，比如310~460的部分片段，但是E值很小。请问这种hit结果如何筛选？如何建立自己的隐马科夫模型？谢谢

问题 请问老师如何看选择清除分析中的选择信号值？怎么判断受选择基因的选择强弱？从基因列表中只能获得基因的位置等信息。

比如在Fst.top0.05.gene.txt中，最后一排的数值（31569）代表是什么意思？ NC_063982.126600013090000NC_063982.1Gnomongene26370752691570.+.ID=gene-LOC105388771;Dbxref=GeneID:105388771;Name=LOC105388771;gbkey=Gene;gene=LOC105388771;gene_biotype=protein_coding31569 这个最后一个...

问题 老师我想问一下我没有以下这种情况，就是比如说鉴定的马铃薯基因在马铃薯数据库中有，但是在ncbi中没有找到它的序列，这种情况应该怎么做呢，因为要做基因定量的话只有在ncbi中可以看到它的CDS区

问题 如何手动将aln转成axt？

kaks计算用了很多种方法转换axt，最后计算都说不equal，查看序列都相同，也符合三的倍数，都含有ATG，但是就是不equal，查到老师说可以用notepad++手动转成axt，请问怎么转呢？

问题 (WGCNA) 已有基因模块分析结果，如何将其继续转换成可以用于cytoscape作图的文件？

...样本表达模式结果excel展示（包含模块特征值在各个样本中归一化的数值）。 其实就是WGCNA课程里将分析数据转换成cytoscape绘图文件之前的分析结果都以excel展示了，如何把这些excel结果继续转换成用于cytoscape绘图的文件？ 先谢...

问题 基因家族分析中的顺势作用元件分析问题

在基因家族分析中的顺势作用元件分析中，发现有正链也有负链的被发现，是只算正链的还是只算负链的元件数呢？还是都要计算？

问题 gwas脚本中的tassel计算变异位点p值的命令中，结果会自动过滤掉indel，如何保留indel，并计算其p值？

咱们gwas分析的脚本中的tassel的run_pipeline.pl工具为什么在计算变异位点p值的时候，会自动过滤掉indel。我想同时计算indel的p值，需要怎么做？代码如下： run_pipeline.pl -Xmx30G -fork1 -h hapmap.ordered.hmp.txt \     -fork2 -t $tassel_trait -fork3 -q...

文章 怎样画多物种基因家族共线性分析图？

...assica napus》的文章，但本文今天重点给大家介绍这篇文章中作者是如何展示油菜R2R3-MYB基因家族的进化关系的，这也是文章中最有特色，图片最美观的一部分了，真是不负“黄萼裳裳绿叶稠”的美景！ 下图即为文章中R2R3-MYB基因...

问题 老师！我想要以拟南芥中对应的同源基因对目标物种BHLH基因家族中的基因进行命名 遇到这种情况我该怎样选择目标序列呢？

问题 我已经将env.sh中文件的路径改为我自己的路径了，但是为什么这代码在QIIME2环境中无法运行？麻烦老师解答一下

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文章 R语言中的回归分析公式中各种符号的含义

R表达式中常用的符号 推荐学习R语言获得更多生物信息分析技能：R语言画图、R语言快速入门与提高 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分...

问题 老师您好，我最近在鉴定的一个基因家族，它没有专属的PF号，只有两个具有PF号的保守结构域，但是具有这两种保守结构域的不止这一类蛋白，hmm搜索筛查之后剩下了90多个基因，但是正常的家族成员应该只有20-40个，我可以用拟南芥里已知的成员做进化树来进一步筛选吗？

问题 16S多样性分析docker镜像发布及使用中，合并fasta文件，并加序列号部分的命令中，rename_fa_id.pl显示没有此命令，请问老师是怎么回事？

qiime1分析pick otu 聚类，16S多样性分析docker镜像发布及使用中，合并fasta文件，并加序列号部分的命令中，rename_fa_id.pl显示没有此命令，请问老师是怎么回事？