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问题 uscs xena

请问老师，在ucsc xena 中的HTseq counts这个下载的是read counts值嘛？如果不是的话，能转换成read counts 值嘛，或者说如果要用这个进行下游差异分析的话，要用什么R包呢，DESeq 2 可以吗？

文章 linux之sed用法详解

...   ∶取代， c 的后面可以接字串，这些字串可以取代 n1,n2 之间的行！         d   ∶删除，因为是删除啊，所以 d 后面通常不接任何咚咚；         i   ∶插入， i 的后面可以接字串，而这些字串会在新的一行出现(目前的...

问题 ITOL分组背景颜色

老师您好，我的进化树分为8组，根据http://www.omicsclass.com/article/448 准备了分组文件如图1，每列由Tab分隔，但是结果出来标签只有一个颜色，如图2，请问这是什么原因？我哪里设置错了？

问题 基因组注释问题

我在运行16.GeMoMa.sh,出现图1中的报错，我查看了database中gff文件，内容如图2，感觉不像是正常gff3文件的内容，图3是AI解答，是不是database中文件有错误？

问题 本地blast出现问题

BLAST query error: CFastaReader: Near line 2, there's a line that doesn't look like plausible data, but it's not marked as defline or comment.

问题 重测序

nohup ParaFly -c  sh w.sh -CPU 2 > w.sh.o& 这个命令对吗？ 是用大于号把？ nohup ParaFly -c  sh w.sh -CPU 50 > w.sh.o&amp （独享服务器有56线程，我用到50个线程可以把-CPU 50？）

问题 GEO差异基因分析分组问题

老师您好，请问我在进行GEO差异基因筛选时，芯片的对照组只有2组，而实验组有50组，这样分组筛选出来的差异基因合理吗？

问题 GEO差异基因分析分组问题

老师您好，请问我在进行GEO差异基因筛选时，芯片的对照组只有2组，而实验组有50组，这样分组筛选出来的差异基因合理吗？

问题 LD热图绘制问题

在绘制LD block过程中，输入LDBlockShow  -InVCF $vcf -OutPut LD -Region Chr6:1413298-1613298 \     -OutPng -SeleVar 2   然后显示没有snp，然后无法绘图。但是我用vcftools提取该范围的vcf文件，是存在snp的啊

问题 提取CDS序列失败！！!

图1：我的基因组fasta序列；图2：longest_isoform.gff3文件；图三：运行报错；出来的CDS文件是空的。我是用的omicsclass/gene-family:v2.0。请问老师，这是情况该怎么解决呢?

问题 circos作图输入文件

请问我在colline_v2.pl整理circos输入文件时，得到的结果文件异常，不知道什么原因？结果文件为空或不正常，如下图 结果文件异常或空 这是collinearity文件 这是gff文件 这是pairs文件，哎，不知道什么原因啊？

问题 请问为什么GWAS用tassel mlm模型画的manhattan图什么都没有呢 也没有报错 能生成一个什么都没有的图片 只有坐标和题

...ormatics, please visit the website: www.omicsclass.com --> Recommended to learn R language: --> https://study.163.com/course/introduction/1209073807.htm?share=1&shareId=1030291076 Loading required package: ggplot2 input chromosome name: chr01 chr02 chr03 chr04 chr05 chr06 chr07 chr08 c...

问题 Cytoscape图片导出的问题

请问老师，我在软件中美化好的图片跟导出的图片不相同应如何解决，1是软件中美化好的图片，2是导出的PDF图片  想要导出后的图片连线为直线 并且没有无效文字的显示

文章 下载TCGA基因表达量文件，应该选Count,FPKM还是FPKM-UQ ?

...相关统计信息如下：     1. Gene A的长度为：3000      2. 比对到Gene A上的reads数量：1000     3. 比对所有基因上的reads数据量：1,000,000     4. 样品1中覆盖75%基因的reads数：2000  那么，FPKM和FPKM-UQ的计算结果如下：     FPKM  = (1...

问题 关于课程中TCGA差异基因表达代码-问题

...基因，遇到问题（黑体字已标出） fdr = 0.05 fold_change = 2# 读取基因表达的矩阵rawdata<-read.table("Gene_HTSeq_Counts.txt", header=TRUE, stringsAsFactors=FALSE, row.names=1)# 针对基因的表达量进行过滤，过滤标准设置为：至少有25% 的样本，基因表...