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问题 参数设置

1.图中的-L参数,如果有20条染色体,就需要设置为-L1 -L2...-L20吗 2.qeseq脚本中的-t 线程数和-Xmx内存数如何设置能最大利用资源,例如在超算上选择48核心有336G内存,怎么设置好呢?

问题 并行运行

我现在用的是你们的独享服务器,显示是双路CPU,那是不是只能运行两路?如果是后台运行的话 是不是这样写 ParaFly -c nohup sh w.sh -CPU 2 > w.sh.o& 

文章 组学大讲堂周年庆特大优惠---VIP最高返礼6800元!!

...系客服了解详情:客服 省钱小能手,性价比爆棚原价21980元的超级VIP限时限量6.9折优惠(券后15166元,限量10个名额),还送独享服务器 7.8 折券,租服务器都能省钱。 注:亦可选择原价购买享优惠差价返礼(大约价值6800元的...

问题 我想问一下,根据这段代码,我每个样要跑10个小时左右,总共270份样,怎么优化这个代码,减少所需时间

for i in S1A ; do > > echo "RUN CMD: gatk --java-options '-Xmx20g' HaplotypeCaller -R $REF \ > -I $workdir/3.map/result/${i}.sorted.dedup.bam \ > -O ${i}.g.vcf.gz --max-alternate-alleles 4 --sample-ploidy 2 \ > -ERC GVCF --tmp-dir $tmpdir" > > gatk --java-op...

文章 Rtsne包降维聚类分析

...dimensionality)本身就很高的数据集,是不可能完整的映射到2-3维的空间全局结构未明确保留。这个问题可以通过PCA初始化点(使用init ='pca')来缓解。计算量大,耗时间是PCA的百倍,内存占用大。 应用 1、识别肿瘤亚群(医学成...

问题 TCGA生存批量分析

数据事先整理好这样之后我利用这个代码运行,但是有个代码没看懂,就是log_rank_p那步,图中标红框的那个2代表的含义,

问题 PSMC分析

老师,您好,我做出来的关于PSMC分析的图,横坐标是104次方到10的6次方年,我看很多文献的跨度很大,有的从10的2次方或者10的3次方开始,请问老师这个横坐标的距离是什么决定的?怎么更改呢?

文章 GenomicsDBImport 的多样本变异检测

...-name-map $map_file \--reader-threads $reader_threads \--max-num-intervals-to-import-in-parallel $num \--tmp-dir ${tmp} 原文链接:https://blog.csdn.net/gossie/article/details/109298019

问题 用perl批量下载

怎样根据基因名称列表,下载 1.BED 或2.GTF/GFF3 或3.GenBank Accession Number/GI 或4.CDS sequence/Genomic sequence的FASTA格式

问题 群体遗传PCA分析报错

老师,在进行群体遗传PCA可视化绘图时报错如图,请问怎么解决?版本是2.0

问题 bwa比对

单个样本有加测数据,bwa比对时候代码也能直接用吗?$BWA_INDEX  $workdir/data/clean/W${i}A/*1.fq.gz \         $workdir/data/clean/W${i}A/*2.fq.gz -t ${THREADS} -M \

文章 clusterProfiler做非模式物种的功能注释

...》课程中推荐大家采用clusterProfiler。这个软件目前能支持20种模式物种的注释,但其实不止这些,软件的作者也给出了,针对非模式物种的一些解决方案。 参考这个方案,我们看看目前能支持哪些非模式物种 1. 从AnnotationHub搜索...

问题 染色体位置

老师,我在做基因染色体位置绘图时,把需要的信息输入后,为什么网站一直不出结果,显示这样的画面?http://mg2c.iask.in/mg2c_v2.0/

问题 PSMC出图报错

运行下面命令报错:psmc_plot.pl -u 2.5e-8 -g 1 -p /work/05.PSMC/psmc/Fig/B176 B176.psmc 什么原因啊??谢谢

文章 4个样品重测序发PlosOne

...ppan K, Park J-I, Nou I-S. Whole Genome Re-Sequencing and Characterization of Powdery Mildew Disease-Associated Allelic Variation in Melon. Gent D, ed. PLoS ONE. 2016;11(6):e0157524. doi:10.1371/journal.pone.0157524.