...我在cytoscape中使用conet插件绘制互作网络图，我上传了两个文件，第一个文件是图一，第二个文件是图二，我不想用OTU的ID号做分析相，想做门水平的细菌，第二个表是抗性基因的数据，想观察抗性基因和门水平菌的共现性网络...
clinvar是一个开放的数据库，每个研究机构都可以向其提交数据，对于提交的信息，会有专家团队进行审核评级。对于数据库中的位点，根据注释信息的可靠性，分成了1到4个不同的星级，星级越高，可信度越高。 数据库地址...
...hmm文件也就是对应基因家族的隐马尔科夫模型筛选得到一个蛋白序列，另外我又采取blast的方式将我要研究的这个物种和其他几个物种的该基因家族序列信息进行比对，获得另一个蛋白序列文件，现在想将二者进行合并去重复，...
我想要构建一个物种系统发育树。想使用busco分析获得单拷贝基因，进行后续分析。 大部分的物种busco分析完毕，2个物种直接卡死在Augustus分析阶段，使用htop查询，也没有augustus进程在运行。想询问老师们，是否有遇到这样的问...
...可用。我用Rstudio和组学大讲堂提供的服务器分别下载这个镜像（docker pull docker.io/omicsclass/metagenomics:v1.0），但是下载需要数个小时然后也报错。 求教我应该如何解决?
老师就是这个阈值计算，您的R里面需要提供3个参数，能否指导下这三个参数分别是什么呢？或者有没有示例数据和代码呢？这个我研究了好久都没搞懂 谢谢老师！ https://www.omicsclass.com/article/1305就是这个链接里面的R代码
...://wkhtmltopdf.org/downloads.html】 工具全名叫 "wkhtmltopdf" ; 是一个使用 Qt WebKit 引擎做渲染的，能够把html 文档转换成 pdf 文档 或 图片(image) 的命令行工具。（强调一下：是 “命令行工具” ） 支持多个平台，可在win，linux，os x 等系统...
...的更新也已经两年半了。而Metascape每月更新其相关的40多个数据库，以确保提供最准确的结果。因此Metascape数据库可以作为富集分析的比较好的手段。 metascape：https://metascape.org/gp/index.html#/main/step1 step1：粘贴基因列表或者是上...
...时在描述差异基因的GO富集情况时，显著性气泡图是以TOP几的P值或者Q值来衡量和呈现的。而GO二级分类柱状图是直接以富集在该条目上的基因数量来呈现的。有的条目上富集的基因特别多，但是P值或者Q值比较大，达到0.99，选择...
进行meme分析，输入命令：/biosoft/meme/meme-v4.12.0/bin/meme ../pep_id-seq-F.fa -protein -oc ./ -nostatus -time 18000 -maxsize 6000000 -mod anr -nmotifs 10 -minw 6 maxw 100 显示：error at: maxw及以下信息，反复查看找不到原因，老师能否解决以下。 Usage:meme<dat...
Perl 包和模块 Perl 中每个包有一个单独的符号表，定义语法为： package mypack; 此语句定义一个名为 mypack 的包，在此后定义的所有变量和子程序的名字都存贮在该包关联的符号表中，直到遇到另一个 package 语句为止。 每个符...
在使用GATK 进行SNP calling前，我们通常需要使用picard中的ReorderSam功能对原始sam文件中的染色体进行重新排序： java -XX:ParallelGCThreads=5 -Xmx50g -jar picard.jar ReorderSam -I bam -O bam -SD dict 下面是两种常见的报错和解决办法: 1.bam has invalid ...
转录组分析的常用分析流程，目前都由Hophat + cufflinks 组合转向了 采用HISTA + StringTie 组合。该组合的Protocol 可参考发表在Nature Protocol 上的文章“Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie and Ballgown” 首先来看...
...站搜索蛋白序列中的结构域，如下图，hits found是3即得到3个Thioredoxin domain: thioredoxin、thioredoxin_2、thioredoxin_9，但是序列范围重叠,72-174、85-172、64-173，是什么情况？实际这个蛋白序列中只有一个thioredoxin domain吗？ 用NCBI-CDD搜索的...
...。接着右键，点击选择性粘贴。 在选择性粘贴里面有个运算，选择里面的加 最后，所有的数据就会加上100,000,000了。 此外，我们在网易云课堂上有各种教学视频，有兴趣可以了解一下： 1. 文章越来越难发？是你没发...