# -g为该物种繁殖一代的时间，比如人的默认为25年，该处值为-g 25 我做的是昆虫，一年可以繁殖3代，此时这个参数应如何设置呢？是0.3吗？
#文件格式转换运行完代码后run_pipeline.pl -Xmx40G -SortGenotypeFilePlugin -inputFile ../00.filter/clean.vcf.gz \ -outputFile clean.sorted.vcf.gz -fileType VCF run_pipeline.pl -Xmx40G -importGuess clean.sorted.vcf.gz \ -ExportPlugin -saveAs supergene.phy -format Phyli...
这是运行的命令run_pipeline.pl -Xmx30G -SortGenotypeFilePlugin -inputFile $vcf \ -outputFile clean.sorted.vcf.gz -fileType VCFrun_pipeline.pl -Xmx50G -importGuess $vcf \ -ExportPlugin -saveAs supergene.phy -format Phylip_Inter 这是VCF文件这是报错信息
...trajectory_monocle2.r --rds ../05.Find_Markers/CD4.added.celltype.rds \ -g mycelltype -o monocle2_CD4_celltype 这是CD4.added.celltype.rds的内容：barcodeorig.identnUMInGenegrouppercent_mitopercent_hbpercent_ribolog10GenesPerUMIcellsCC.DifferenceS.ScoreG2M.ScorePhasenCount_SCTnFeature_SCTSC...
...下可视化方法，其实有一个网站已经帮我们总结好了：https://pangenome.github.io/ ，有的是专门的可视化软件，有的是综合软件，不仅可以可视化还可以分析构建泛基因组，下面列出我用过的感觉不错的三个软件：Bandge，odgi，Sequenc...
...格。这些人习惯于听到任务以后，什么都不考虑，召集几个员工就埋头干，也不管自己理解的任务跟领导交代的任务是否一致。 华为项目经理的这种工作态度值得提倡，也令人敬佩，这也是华为之所以能够迅速行动的关键之...
...因组，其基因组大小为12.28Gb，contig N50=228Kb，共包括73177个蛋白编码基因（隶属于15238个基因家族），是陆地植物中基因家族数量最多的物种之一。凤丹牡丹扩张的基因家族主要与DNA复制和脂肪酸代谢相关。 图2 凤丹牡丹巨大的...
...er.vcf.gz文件和clean.vcf.gz文件绘制出的图是不一样的。第二个问题是：请问老师LD衰减分析中bin.gz文件是怎么生成的？结果文件中好像只有stat.gz文件。
CLUMPAK这个软件很古老,安装起来也很麻烦,记录一下https://tau.evolseq.net/clumpak/download/CLUMPAK.zip 安装包下载路径解压以后添加库的位置到环境 export PERL5LIB=path/CLUMPAK:$PERL5LIB 还需要装一下这个几个模块 perl -MCPAN -e 'install "Cwd"' perl -MCP...
...操作时那三个品系都被删除了，我应该怎么改一下"s/_/\t/g"|这个命令啊。 #提取基因的位置坐标信息 cat ${svgene}_gene.list|sed "s/_/\t/g"|while read -r gene sp; do grep "$gene" ../01.data_prepare/$sp.longest_isoform.gff3 >> ${svgene}.gff3;done
...ParaAT 多序列比对查看运行完成的日志文件时，一共有148个这样的报错情况： 在将氨基酸序列（pep）转换为核酸序列（nuc）时发现了不一致性 我查找了其中三个ID对应的cds和pep序列，碱基/氨基酸个数为：cds=pep*3+3，是3倍关系 ...
...可以不加括号“{}”使用，但是使用括号限制变量确实是个良好的编程习惯，此外，在shell中关于变量的使用还有一些常见的规则与用法，比如： 变量不能出现在单引号内，只能用双引号引用变量，因为单引号中的内容会原样输...
...报错 #16S 分析 deblur qiime deblur denoise-16S \ --i-demultiplexed-seqs ../01.import_data/demux-joined-filtered.qza \ --p-trim-length 400 \ --p-sample-stats \ --p-jobs-to-start 10 \ --p-min-reads 2 \ --o-representative-sequences deblur-repset-seqs.qz...