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文章 agilent表达谱芯片注释信息提取

...范（相对于直接利用GEOquery下载芯片注释文件而言）。 2、若直接下载标准化数据的同时，利用GEOquery下载对应的GPL芯片平台信息往往出现报错，或者提取信息过程中出现提取错误，这里针对 格式相对整齐统一的这种agilent表达...

问题 老师您好，进行比较基因组分析时候，单拷贝直系同源群为0，后续的分析就出现了报错，这是什么原因，是我选择的基因组不合适还是其他原因。

2025-08-08 15:00:35 Running OrthoFinder algorithm 2025-08-08 15:00:35 ----------------------------- 2025-08-08 15:00:39 2025-08-08 15:00:39 : Initial processing of each species 2025-08-08 15:00:52 2025-08-08 15:00:52 : Initial processing of species 0 complete 2025-08-08 15:00:55 2025-08-08 15:00...

文章 安装picrust2 保存：pkg_resources.DistributionNotFound: The 'cython' distribution was not found and is required by biom-format

...tory and enter the directory: git clone https://github.com/picrust/picrust2.git cd Next, install the required dependencies listed here. Install PICRUSt2 into it's own environment using conda: conda env create -f picrust2-env.yaml source activate picrust2 pip install --no-deps --editable . F...

文章 组学大讲堂征稿通知

...命科学网友征集优质稿件，无论您是老师、学生还是社会工作人员，均可投稿。稿酬200元起，上不封顶。 不用去刷盘子洗碗打扫卫生了；也不用跑出5公里去偷偷做家教了；不要再去做那些内耗的工作；要做一个上进的学习型人...

问题 使用monocle2进行轨迹分析报错

使用单细胞转录组学课程中的代码使用monocle2进行轨迹分析报错，之前使用镜像3.0的时候没有问题，自从换成4.0后就出现了以下问题。 这是我的代码：Rscript $scripts/cell_trajectory_monocle2.r --rds ../05.Find_Markers/CD4.added.celltype.rds \  -g my...

问题 群体研究合辑work.sh脚本运行问题

在服务器上加载镜像reseq-v2.0运行work.sh脚本，前几个命令运行正常，# 数据质控：对原始序列进行去接头，删除低质量的reads等等，质控数据统计汇总：python $scriptdir/qc_stat.py -d $workdir/2.data_qc/ -o $workdir/2.data_qc/ -p all_sample_qc 运行报...

文章 R语言apply批量进行t.test

...利用apply()函数辅助完成计算过程。 譬如有如下数据，共2000行6列，对A组数据和B组数据进行t.test计算： > head(data,2)                        A1   A2   A3   B1   B2    B3TRINITY_DN100001_c0_g1 2.5 2.81 4.75 1.96 2.71...

文章 一个关于项目管理者与程序猿之间的笑话

...另外10个不是Bug。 4. 测试组发现其中5个改动根本无法工作，同时又发现了15个新Bug。 5. 重复3次步骤3和步骤4。 6. 鉴于市场方面的压力，为了配合当初制定的过分乐观的发布时间表，产品终于上市了。 7. 用户发现了137个...

文章 dellBIOS 更新

...说明 下载 1. 单击“立即下载”链接，以下载该文件。 2. 出现“导出合规性免责声明”窗口后，如果您接受协议，则单击“我同意”链接。 3. 出现“文件下载”窗口后，单击“保存”，以将文件保存到硬盘。 安装 您可以使...

问题 orthofinder运行出现ValueError错误

如图所示，请问是什么原因额

文章 qiime1 matplotlab绘图报错解决：_tkinter.TclError: no display name and no $DISPLAY environment variable

... run was: plot_taxa_summary.py -i /share/nas1/huangls/test/ampliseq-q1/16s2/4.Qiime_analysis/taxa_summary_plot/otu_table_no_singletons_rare_sorted_L2.txt,/share/nas1/huangls/test/ampliseq-q1/16s2/4.Qiime_analysis/taxa_summary_plot/otu_table_no_singletons_rare_sorted_L3.txt,/share/nas1/huangls/test/...

文章 linux中qrencode生成二维码

.... 安装qrencode [root@cluster 13:54:06 ~/code]$ yum -y install qrencode 2.语法格式 Usage: qrencode [OPTION]… [STRING] 3. 选项参数OPTIONS -o：输出的二维码文件名。如test.png。需要以.png结尾。-表示输出到控制台。-s：指定图片大小。默认为3个像素。...

文章 RNA-seq发文必备技能——GEO数据库上传

...进行数据的上传了。保证网络正常就可以完成相应的上传工作（如果数据量较大，保证网络正常之外，计算机要保证不能出现休眠等停止工作的情况）。 第五步 给GEO管理员发邮件 最后一步就是给GEO数据库的管理者发邮件。网...

问题 基因家族解析报错

...不为0。这几天运行了好几次，都是卡在这个步骤上。在2024年年初利用你们提供的共享服务器解析另外一个物种的时候，用的是同样的代码，并没有报错。请问是代码的问题，还是什么？如果是代码的问题该如何调整，让解析顺...

文章 肠道微生物诊断慢性肾病-随机森林分析文献复现 IF=15分文章

...属第一医院的余祖江团队、刘章锁团队及吴歌。Advanced Science[IF:15.84]  DOI: 10.1002/advs.202001936研究概述：该研究从中国郑州和杭州收集健康人与CKD患者的粪便样本共520份，通过微生物16S rRNA基因高通量测序，并用现在十分火热的机...