问题 老师您好，xena里下载的经过log（counts+1）的值可以直接用DESeq2包进行差异分析吗，还是需要再转换回去？

文章 实用技术——Eclipse 常用快捷键

...diterCtrl+Shift+G:在workspace中搜索引用Ctrl+Shift+P定位到对于的匹配符(譬如{})(从前面定位后面时,光标要在匹配符里面,后面到前面,则反之)Ctrl+J正向增量查找(按下Ctrl+J后,你所输入的每个字母编辑器都提供快速匹配定位到某个单词,如果...

问题 binning物种注释的时候，gtdbtk软件和数据包已经更新，旧版的匹配不上，请问应该怎么更新一下软件，谢谢

文章 TBtools，不仅仅是生信小工具

...有趣，所以在这贴一下文章。 截至2019.6.21，TB tools最新版本为1.6。太老的版本是不会有的，大家就别找了，更新最新版的吧！贪吃蛇 之前的TBtools版本中，已有不少朋友可以找到Game菜单，其中只有一个游戏，贪吃蛇。 游戏...

文章 muscle软件介绍

...的时候，大多数情况下可以优先使用 MUSCLE。有本地版和在线版，在线版网址如下：http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/。 2、算法原理算法：MUSCLE 先使用渐进式比对(progressive alignment)获得初始的多序列比对，再使用横向精炼(horizontal r...

文章 SignalP：信号肽预测工具

...物都可以进行预测。目前服务器提供的是SignalP 5.0版本。在线服务器网址：http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/ A．序列输入方式： 有两种方式：一种是直接输入FASTA格式的氨基酸序列，可以是一条也可以是多条；另一种是本地上传...

文章 perl中的正则表达式

...正则表达式有三种存在形式,他们分别是：         匹配：m/<regexp>/（还可以简写为/<regexp>/,略去m）         替换：s/<pattern>/<replacement>/         转化：tr/<pattern>/<replacemnt>/         这...

文章 perl——当split函数用空格做分隔符时

...   ## 默认分隔符print "\n";print join " ! ", split /\s+/;  ## 正则匹配空格print "\n";print join " | ", split ' ';    ## 直接量空格print "\n";##### 输出结果##  a | b | c | d | e##   ! a ! b ! c ! d ! e##  a | b | c | d | e 默认分隔符split和直接量分隔符split '...

文章 TCGA差异表达分析结果，构建ceRNA调控网络

...靶位点呢： 1. miRNA 靶向 编码蛋白的mRNA  这个可以采用在线服务网站miRWalk 进行预测。使用方法也比较简单，适合对少量的miRNA 和基因进行预测，如果要进行批量的预测，可以下载网站上整理好的预测结果，在本地完成预测 2. ...

文章 R中数据框之间的合并dplyr

1、转换与合并left_join(a, b, by = “x1”)： 向数据集a中加入匹配的数据集b记录（行）。right_join(a, b, by = “x1”)： 向数据集b中加入匹配的数据集a记录。inner_join(a, b, by = “x1”)： 合并数据。仅保留匹配的记录。full_join(a, b, by = “x1...

文章 MUSCLE软件介绍

...的时候，大多数情况下可以优先使用 MUSCLE。有本地版和在线版，在线版网址如下：http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/。 2、算法原理 算法：MUSCLE 先使用渐进式比对(progressive alignment)获得初始的多序列比对，再使用横向 精炼(horizont...

文章 Perl正则表达式

...正则表达式有三种存在形式,他们分别是：         匹配：m/<regexp>/（还可以简写为/<regexp>/,略去m）         替换：s/<pattern>/<replacement>/         转化：tr/<pattern>/<replacemnt>/         这...

文章 perl语言标量SCALAR

...print "this is $var"  #内插 ; -> '' this is str" perl遵循最长匹配，当$var 和 $varing 都存在时，print "varing" ，匹配$varing  不匹配$var 想匹配$var需要这样：${var}ing          sh中$(ls)   2.转义字符  \t 表示tab空白 \n 表示换行符   3....

文章 扩增子16S/ITS/18S微生物多样性课程更新-机器学习随机森林分析

...属随机森林方法，应用的也最多。近年来，利用机器学习分析微生物组数据发了不少高分文章，CNS级别文章中频频出现机器学习分析结果的展示，以下为分析原理及文献解读连接：《随机森林在微生物数据应用-文献讲解》、《 ...

文章 启动子序列提取-EPD真核生物启动子数据库！

...碟；但是对于生信小白来说就难上青天了；不过还有一些在线数据库是可供我们查找提取启动子序列之用，常见的比如NCBI，ensembl，UCSC 等等；但小编觉得那些都不怎么好用，上周我们其实给大家分享过一个非常好用的植物启动...