文章 R语言绘制维恩图空值NA处理

绘制venn图的时候，我们数据的ID中有缺失值，也就是不同的ID行数不一样，需要绘制韦恩图，那么空值就读成了NA，需要去除才行； 数据如下，不同比较组的得到的差异基因ID，需要用R绘制韦恩图： 代码及注意事项如下： l...

问题 做WGCNA分析时，课件给的trait_D.txt文件是自己做的还是都可以用，我现在有LncRNA和mRNA差异表达的数据，想用WGCNA做它们的共表达，应该如何操作？

问题 求问如何用R或者perl脚本来提取fromNode中包含某些ID的行？下图只是示例，weight值选取0.5时文件太大无法用excel筛选，所以想求R或者perl脚本。

问题 如果是基于已知的两个遗传位点，用GWAS分方法的目的是研究这两个位点随时间序列的跟踪，处于这样的目的40个品种够吗，出于这样的目的的话对品种数量有要求吗？

文章 kaks和dnds是什么？

Ka/Ks分析是生物信息学中最常见的分析之一，它在研究核酸分子进化方面有重要应用，如果你还不知道的话——咳咳！注意听讲了！ 01 “什么是Ka/Ks?” 在遗传学中，Ka/Ks表示的是两个蛋白编码基因的非同义替换率（Ka）和同...

文章 Rocks reinstall on compute node, after disk rebuild, fails

...t list, because I don't know how you partitioned your FE. But you get the idea: check the local OS partitions. I suspect that most of your problems stem from running insert-ethers too many times when you should have used "rocks set host boot compute-0-0 action=install". Bart

文章 转录本组装软件StringTie的使用说明

...StringTie 组合。其Protocol 发表在Nature Protocol 上“Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie and Ballgown”  其中StringTie 在组装转录本的完整度，精度和速度方面都较以往的cufflinks 有很大的提升。 StringTie 使用说...

问题 isoseq3流程reads数量问题

老师您好，我在ncbi下载来pacbio的h5文件，转换成了subread.bam，里面reads大概是100W，接着用CCS处理得到ccs.bam里面reads大概是4W，之后用lima处理ccs.bam得到的结果大概用1000条reads，请问reads变得这么少了是哪里出现了问题呢？

文章 利用SNP构建指纹图谱！SNPT的使用教程！

...样品，也就是指纹图谱DNA fingerprinting，这在实际科研生产中是非常有用的、实用的，今天我给大家分享一款软件—SNPT，它可以帮助您从万千SNP变异中筛选出您最想得到的SNP组合，用于指纹图谱的构建。 软件介绍 SNPT下载地址：...

问题 老师您好，我想请问一下用TBtools提取的gff文件做基因结构分析时某个基因显示有13个外显子，但是将这个基因序列提交到NCBI时却显示有12个外显子。请问这是什么情况啊

问题 老师从gff文件中用mRNAID_to_geneid.pl提取gene和mRNA之间的对应关系时报错Protocol error是什么原因，脚本没有自己更改，用别人电脑可以，在自己电脑操作就不行。

问题 关于TCGA临床数据中非数值类型的数据如何处理？如图划线部分，这些肿瘤分型数据如何转化为数值，有没有参照的标准，性别这种可以用1,2代替，但类型多的数据如何处理呢？感谢老师!

问题 请问到进化树分析那部分的结构域序列多序列比对，我这有两个结构域是要分开来分析还是把两个结构域的那个domain final fa文件合并后用一个文件进行分析

文章 一条命令能解决多少数据处理问题？

...你用命令解决问题。 课程里详细介绍了在生物信息分析中Linux常用命令的使用方法。包括权限与分组、文件查看head以及tail命令、文本搜索grep命令，管道及重定向命令、统计命令wc、选取命令cut、文本排序sort及去重uniq命令、编...

文章 华科一教授论文抄袭：篮球论文抄足球论文，踢“篮球”你见过没？

...这两天，就有一个很奇葩的新闻， 事情是这样的： 华中科技大学某副教授万某， 在2009年6月获得了湖北大学教育学硕士学位， 这位教授当时的硕士学位论文题目是：湖北省普通高校篮球队现状调查与发展对策研究， 然而，...