文章 木薯NBS基因家族分析

...学还是不清楚。今天就用一个完全用公共数据库资源进行分析发文的例子来和大家分享下这方面的思路。 读前准备知识点 1. NBS-LRR是最大的抗性基因家族之一 ； 2. 根据N端的Domains不同NBS-LRR分为两个亚族，含TIR的TIR-NBS-LRR（TNL...

文章 R语言“had non-zero exit status”安装报错

...定安装成功。 4.缺少包的依赖。 5.依赖包冲突：依赖包版本过低或过高，需要remove或delete 6.R的依赖包的镜像不在国内，需要翻墙获取依赖包 7.使用R语言的人对Rstudio和RGUi没有正确安装，导致无法加载到路径中去 8.安装部分R...

问题 为什么在Rstudio画图不显示？

WGCNA分析，按照代码输入后，对样品进行层次聚类，代码运行没有问题，就是不显示图片。这个该如何解决？

文章 还不知道，如何选择适合自己的项目管理软件?

...备项目组织所需要的各种功能。例如，程序是否包含工作分析结构以及甘特图和网络图，资源平衡或均衡算法怎么样？系统能否排序和筛选信息、监控预算、生成定制的日程表，并协助进行跟踪和控制？它能否检查出资源配置不...

文章 Windows远程桌面设置及使用方法

...下： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）...

问题 如果用blastp来找到的基因家住成员D或从已发表的文献中已获知家族成员ID，得到了家族成员列表，后续的基因家族分析中都再用WRKY_domain_new_out_removed_redundant.txt,而不用confirmed_IDlist.txt。我用了一下后者，后续文件提取不成功。如果只有家族成员ID，没有hmmsearch的输出文件，后续的基因家族分析怎么做

问题 使用NCBI下载的基因组和gff文件进行基因家族分析时，保留编码蛋白基因的命令似乎无法识别NCBI的gff文件（描述中为日志，图片为尝试获取的gff文件）

以下是日志 [root@b3b8d8255335  13:06:20 ~]# cd $workdir [root@b3b8d8255335  13:06:34 /work/desaturase]# cd 01.data_prepare [root@b3b8d8255335  13:06:41 /work/desaturase/01.data_prepare]# ll total 0 -rwxr-xr-x 1 root root 152M Jul 23 16:04 Branchiostoma_floridae.fa.gz -rwxr-xr-x 1 root ...

问题 单细胞拎亚群后重新聚类分析，需要重新整合吗

有点不理解06.subset的代码，重新分析和03. seurat_cluster的代码很不一样，不用选integration的方法，也不用设置resolution和dimension。是因为rds文件已经包含了嘛？看运行过程，在reanalysis的时候，runpca前还是用log-transformation标准化了一...

文章 国宝吃竹子并非发自内心-比较基因组学分析揭示大熊猫“心路历程”

...。 基因组获取和同源基因筛选 为了实现后续一系列的分析目的，需要获得大熊猫和小熊猫的基因组信息。然而之前小熊猫还没有公开的基因组，而大熊猫的基因组由于公布比较早，质量也不够理想。 于是作者对小熊猫基因组...

文章 SCP FeatureDimPlot 报错

...P Seurat V5 支持不好,我们把V5的seurat文件的“RNA”改成以前版本的Assay，然后修改默认Assay为转换后的，这也不影响原来的，要用回原来的可以直接再修改一次默认Assay就好。 obj[["RNA4"]] <- as(object = obj[["RNA"]], Class = "Assay")DefaultAssa...

问题 在做WGCNA分析时，已经找到最相关的模块，想要用其中的lncRNA和基因根据pearson's correlation coefficients做一个热图（行为lncRNA，列为基因），但是根据 课程的代码并没有看见这部分计算的结果在哪里，不知道这个pearson's correlation coefficients如何计算？谢谢~

问题 isoseq3分析lima去除测序引物问题

大家好， 我用lima去除pacbio的barcode的过程中出现这样的问题： barcode序列是这样的： 5’ – pATCTCTCTCTTTTCCTCCTCCTCCGTTGTTGTTGTTGAGAGAGAT – 3’ lima ../m54220_181204_080956.subreads.ccs.bam primers.fasta test.demux.ccs.bam --isoseq --no-pbi  有谁能给...

文章 OPLS-DA分析

OPLS-DA分析，全称正交偏最小二乘法判别分析（OrthogonalPartialLeast Squares-DiscriminantAnalysis），它是在PLS-DA分析方法基础上，加入了正交变换的矫正，能够将X矩阵分解成与Y相关和不相关的两类信息，通过去除不相关的差异来筛选差异...

问题 最近在学习RNAseq有参转录组数据自主分析，在学习基因表达差异分析这一环节时出现了如下问题，应该是脚本的问题，具体问题如下

出现上述问题后，回到脚本，发现样本名称不一样，于是改成了我自己的样本"Carambola_T01","Carambola_T02","Carambola_T03"，再运行，但是又产生新的问题，如下，然后就不知道如何修改了                                           ...

文章 2019年国自然基金热点方向——CRISPR/Cas9技术

...工合成，在基因敲除成功后，对测序结果进行基因表达谱分析、染色体DNA拷贝数统计等，最终实现从sgRNA设计、合成到功能分析的一体化服务。 整个流程是这样的： 1、你提供科研方向 2、项目评估(是否具有创新性、是否适合...