...ackages('pheatmap')#安装R包 library(pheatmap)#加载R包 画图 画个基础图形 Rscript heatmap.r -i fpkm.txt -s -n heatmap绘制图形，并保存文件。 画的图拍你可以根据自己的喜好进行调整，包括横, 纵轴； 颜色，聚类；长宽比例都可以进行调...
前面几个步骤都没问题，出来的文件也都正常，也检查了全局变量，请问该怎么改？
...基因家族的HMM模型，搜索物种的蛋白质数据库，得到了10个该基因家族的基因， 但是拿到ncbi和pfam去做蛋白质结构域检测，发现，这10个基因的结构域除了都只含有同一个结构域，没有包含其他的结构域了，这正常吗？ 是我在...
1.下载数据： #wget -c https://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/taxdump.tar.gz#wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/livelists/gi2acc_mapping/gi2acc_lmdb.db.gz#wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/livelists/gi2acc_mapping/gi2accession.py#wget -c https://ftp.ncbi.nih.gov/blast/...
...下可视化方法，其实有一个网站已经帮我们总结好了：https://pangenome.github.io/ ，有的是专门的可视化软件，有的是综合软件，不仅可以可视化还可以分析构建泛基因组，下面列出我用过的感觉不错的三个软件：Bandge，odgi，Sequenc...
...得出的均方，F值为两个均方的比值（效应项/误差项），P值为显著性。 以上就是使用Excel 2010软件进行单因素方差分析方法的介绍。在“网易云课堂”上搜索“组学大讲堂”有更多精彩教程视频供您观看学习。 更多生物信息课...
...疗方法。 文章： 分析思路： 数据介绍： 来自GEO两个表达数据，包括AMD患者和正常对照： 主要结果： 1.两个数据集，分别以患者和对照为分组筛选差异基因： 2. 共有的差异表达基因（107个）表达热图展示: 3.差异表...
我们课题组研究的物种，基因组质量不太好，所以做转录组的时候想按有参、无参都分析一遍，最近想买个服务器，不知道应该按什么标准去买了
...答，有些问题想跟您请教：在绘制微观图时，我用的是六个物种的基因组，看它们共有的一个家族基因的共线性，block文件如图所示 但是这里它涉及了多个物种的多条染色体，在做layout文件的时候我有点犯难了，我想要的效果...
CORNERSTONE最近在知乎看到一个关注度很高的问题“小公司如何管理好团队？”题主列举了一系列十几人的小团队目前面临的问题，无外乎： “如何让你的团队跟你是一条心做事，大家劲往一处使？”“我不在的时候，其他人...
官方使用说明：http://resources.qiagenbioinformatics.com/tech-notes/HGMD_Tech_Note.pdf 但是我们需要转换一下，使ANNOVAR能够支持vcf批量注释，转换perl脚本如下： perl ./prepare_hgmd.pl HGMD_PRO_2016.4_hg19.vcf hg19_HGMD_PRO_2016.4.txt my ($dbfile) = $ARGV[0];my ($o...
...格。这些人习惯于听到任务以后，什么都不考虑，召集几个员工就埋头干，也不管自己理解的任务跟领导交代的任务是否一致。 华为项目经理的这种工作态度值得提倡，也令人敬佩，这也是华为之所以能够迅速行动的关键之...
...因组，其基因组大小为12.28Gb，contig N50=228Kb，共包括73177个蛋白编码基因（隶属于15238个基因家族），是陆地植物中基因家族数量最多的物种之一。凤丹牡丹扩张的基因家族主要与DNA复制和脂肪酸代谢相关。 图2 凤丹牡丹巨大的...
...er.vcf.gz文件和clean.vcf.gz文件绘制出的图是不一样的。第二个问题是：请问老师LD衰减分析中bin.gz文件是怎么生成的？结果文件中好像只有stat.gz文件。