文章 你懂荧光定量PCR吗？要点一二三帮你解惑

...测样品中的特定基因序列进行定量分析的方法。 Q-PCR三个重要指标1 扩增及溶解曲线 扩增曲线是PCR过程中，以循环数为横坐标，以荧光强度为纵坐标所绘制的曲线。主要用于反映Q-PCR的动态进程。 溶解曲线是用来验证扩增产...

文章 你懂荧光定量PCR吗？要点一二三帮你解惑

...测样品中的特定基因序列进行定量分析的方法。 Q-PCR三个重要指标 1 扩增及溶解曲线 扩增曲线是PCR过程中，以循环数为横坐标，以荧光强度为纵坐标所绘制的曲线。主要用于反映Q-PCR的动态进程。 溶解曲线是用来验证扩...

文章 picrust1 16S 微生物功能预测

...ictions_kegg.biom -m observed_species,shannon,chao1,simpson,goods_coverage,ace -o alpha_div_index.txt  #beta多样性分析,反应不同样品中功能组成的差异，没有进化树无法计算unifrac echo beta_diversity:metrics binary_jaccard,bray_curtis,binary_euclidean > beta_params.tx...

问题 泛基因家族分析的数据准备的里面有一个加载全局变量env.sh,请问这个有什么作用？里面改没改这个Ref=B73为自己的物种有什么区别呢，修改了要不要加这个基因组的具体路径？

 为什么我没改这个基因组名字为自己物种好像也没有啥影响？   说到影响就是 是不是会影响后面的命令的运行？ #将基因组序列文件和注释文件批量链接到当前文件夹 cat ../id.txt|while read ind;do ln -s ../data/${ind}.fa.gz ./ ln -s ....

文章 BSA分析中MutMap 分析：95% 99%阈值置信区间是如何计算的

R语言代码有兴趣可以了解一下： ###########genotype#############################genotype<-function(){count<-0 if (population_structure=="RIL"){x<-runif(1) if (x<=0.5){count<-1}else{count<-0} }else{for(i in 1:2){x<-runif(1) if (x<=0.5){number<-0.5}else{n...

问题 老师你好，我想问我在通过cox回归建立lncrna预后模型，最后通过多因素cox回归分析得到的结果，发现有些基因的p值＞0.05，这些基因是不是要剔除

文章 转录组如何与其他实验手段结合？（第二篇文献）

...糖基化反应的转录组文章，今天我们来看第二篇同样以这个转录组数据为基础的第二篇SCI文章，这一次作者关注点更加细致，下面听我娓娓道来：积雪草酸是由香树脂醇α-amyrin在C-2α, C-23 和C-28三个位置进行3次羟基化形成的。（...

文章 pfam数据库介绍及使用

...白质的功能由包含的多个domain共同决定，研究domain, 可以更好的研究蛋白质功能，而具有相同结构域的基因往往形成一个基因家族。 基因家族是来源于同一个祖先，由一个基因通过基因重复而产生两个或更多的拷贝而构成的一...

问题 代谢组富集分析时文档07.all_keggid.txt里是某个模式物种的全部代谢物还是公司检测出的所有代谢物？还有富集分析一般p值就可以吗

问题 您好，我也有这个问题，请问一下是数据怎么处理的吗？

...我在cytoscape中使用conet插件绘制互作网络图，我上传了两个文件，第一个文件是图一，第二个文件是图二，我不想用OTU的ID号做分析相，想做门水平的细菌，第二个表是抗性基因的数据，想观察抗性基因和门水平菌的共现性网络...

文章 基因家族docker 镜像使用方法

...最后的evalue值根据实际情况可调,注意脚本提取的是第一个domain，如要提取其他domain，请修改脚本27行$a[9]==1为第一个，$a[9]==2为第二个，依次类推perl script/domain_xulie.pl WRKY_hmm_out.txt Arabidopsis_thaliana.TAIR10.pep.all.fa WRKY_domain.fa 1.2e-28####...

文章 STRING蛋白互作数据库在线分析基因互作网络（PPI）

今天为大家介绍一个有名的搜索蛋白互作网络的数据库：STRING。教大家如何制作一个蛋白互作网络 STRING数据库介绍： nString数据库是一个搜索已知蛋白质之间和预测蛋白质之间相互作用的数据库，该数据库可应用于2031个物种，...

文章 SAW 空间转录组参考基因组制作

ensembl下载基因组序列： wget -c https://ftp.ensembl.org/pub/release-114/fasta/mus_musculus/dna/Mus_musculus.GRCm39.dna.toplevel.fa.gzwget -c https://ftp.ensembl.org/pub/release-114/gtf/mus_musculus/Mus_musculus.GRCm39.114.chr.gtf.gzgunzip Mus_musculus.GRCm39.114.chr.gtf.gz#保留染色体...

文章 服务器docker防止退出之后容器杀死导致任务中断

ERRO[0000] Error refreshing container af05fafe31f6bfb00c2599255c47e35813ecf5af9bbe6760ae8a4abffd343627: error acquiring lock 1 for container af05fafe31f6bfb00c2599255c47e35813ecf5af9bbe6760ae8a4abffd343627: file exists ERRO[0000] Error refreshing container b4620633d99f156bb59eb327a918220d67145f819...

问题 二代和三代sv数据合并出现问题，若能回答，万分感谢

用三代数据sv结果对二代数据进行基因分型，合并两个结果时出现问题，bcftools merge合并的结果，缺失率太大，导致用plink进行pca分析时因缺失率太高无法进行，survivor merge 1000 1 1 0 0 50，合并后样本名减少，并且计算Fst为几个固定...